2004 Fiscal Year Annual Research Report
オオムギcDNAマイクロアレイを用いた高速ジェノタイピング法の開発と利用
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16780002
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| Research Institution | Okayama University |
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Principal Investigator |
最相 大輔 岡山大学, 資源生物科学研究所, 助手 (90325126)
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| Keywords | オオムギ / ジェノタイピング / マイクロアレイ |
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| Research Abstract |
研究代表者の属する岡山大学では約1万点のオオムギ系統を保有しており,これらを材料にオオムギが持つ遺伝的多様性について理解を深めることを目的に,オオムギゲノム解析の研究リソースの構築に取り組んでいる.これまでに約14万のオオムギESTから約1万のunigenesを得,これらを用いた高密度transcriptマップの作製を進めており,既に2,000以上のESTをオオムギ染色体に位置付けている(南角ら,2004).本研究では染色体上に位置付けられたオオムギESTとマイクロアレイとを組み合わせ,迅速に且つ大量の遺伝子座の多型を検出する方法の確立を目的としている.今年度は,(1)Amplified Fragment Length Polymorphisms(AFLP)法を応用したプローブとなるDNA断片の長さの均一化と濃縮,(2)rambda DNAを用いた再現性のある多型検出と検出限界の設定について検討した.
(1)ハイブリダイゼーシヨンのプローブは,制限酵素処理したゲノムDNAの両末端に既知配列をリンカーとして連結し,既知配列由来のプライマーを用いたPCRによりゲノムDNAの消化断片を増幅することにより,DNA断片長の均一化を達成すると共に,上述のリンカー配列にSP6/T7プロモーターを導入して,cRNA法によるCy3/Cy5ラベルすることで,ダイレクトラベリング法よりも高いラベル効率を得た.
(2)平成16年度科学研究費補助金交付申請書の研究実施計画に示した方法に加えて,高密度transcriptマップ構築に集団利用している醸造用品種「はるな二条」X H602(ssp.spontaneum)のDH雑種集団の両親を(1)の方法で標識して,約2,000のcDNAマイクロアレイに対して実験を行い,多数の傾向強度の異なるシグナルを検出している.
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Research Products
(2 results)
