2005 Fiscal Year Annual Research Report
non-LTR型レトロトランスポゾンRlBmの標的部位認識機構の解明
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16780042
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
藤本 浩文 国立感染症研究所, 放射能管理室, 研究官 (60373396)
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| Keywords | レトロトランスポゾンR1Bm / human AP endonuclease (hAP1) / 分子動力学的(MD)シミュレーション / Amber7 |
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| Research Abstract |
R1BmはカイコrRNA遺伝子配列に部位特異的に挿入することが確認されているnon-LTR型レトロトランスポゾンである.R1Bmがもつ2つのORFのうちORF2には、human AP endonuclease 1(hAP1)に相同なドメインをもつタンパク質がコードされており、その中の42アミノ酸残基が特定のDNA配列認識に必須であると考えられている.R1Bmタンパク質がどのように標的配列を認識するのかを、計算化学的手法を利用して解明することを目的に、一昨年度クラスターPCを導入し、大規模シミュレーションが行えるようシステムを構築・調整を行った.
昨年度本システムを用い、タンパク質データベースからダウンロードしたhAP1のendonucleaseと相同なドメインを持つタンパク質の結晶構造データと、R1Bmの標的配列を含むDNA分子とを組み合わせたシミュレーションの系を設計し、MD計算用ソフトウエアAmber7を用いてMDシミュレーションを行った.現在、計算を実行中である.このシミュレーション結果から、タンパク質・DNA両分子間の相互作用の中心となる部位の候補が選定され、その候補部位のアミノ酸を置換した配列を用いてR1Bmの宿主ゲノムへの挿入の有無を確認することで、シミュレーションによる計算結果の妥当性を評価可能であると考えている.
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Research Products
(1 results)
