50座位同時増幅・検出による高感度で識別力の高いSNPsタイピング法の開発

2004 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16790361
• Research Institution: Okayama University
• Principal Investigator: 稲垣 幸代 岡山大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助手 (00325086)
• Keywords: SNPs / 1塩基伸長反応 / 親子鑑定 / 個人識別

Research Abstract

本研究の目的は、マルチプレックス1塩基伸長反応による各染色体上の50座位のSNPs同時検出法を確立し、親子鑑定、個人識別等のDNA鑑定に利用することである。16年度は、既に構築した39座位のSNPs同時検査法に新たなSNPsを加えた検査法の確立を目指した。
実施内容としては、まず、JSNPデータベースを用いて、IMS-JST097271(Chr19)、IMS-JST144259(Chr20),IMS-JST005237(Chr21),IMS-JST148469(Chr22)、さらに人獣鑑別のためにミオグロビン遺伝子上のヒト特異的な1塩基の合計5座位の増幅プライマーを設計し、42-plex PCRで増幅した。次に、グループFとした上記の5座位をグループ内で座位ごとに長さを変えてSNPs検出用プライマーを設計した。鋳型DNAに、検出用プライマー、ABI PRISM SNaPshot Multiplex Kitの反応液を添加し,マルチプレックス1塩基伸長反応を行った。1塩基伸長反応により、各プライマーから生成した長さの異なる蛍光標識フラグメントをABI PRISM 310 Genetic Analyzerでマルチインジェクション法により一度に検出し、Gene Scan Analysis Softwareにより解析した。
この結果、グループFでは、ミオグロビン遺伝子上の1座位を除く4座位の追加に成功した。しかし他グループでピーク高が低くなった座位も出現したため、増幅プライマーの配列や量、PCR条件等の更なる検討が必要であると考える。今後は、各座位ピーク高が明瞭に観察できるようにプライマーの配列や量、PCR条件の改善を行うとともに、さらに座位数を増やし、微量及び陳旧化した試料おいても十分に判定が可能な高感度な方法の構築を目指す。