2019 Fiscal Year Annual Research Report
Identification of nuclear and cytoplasmic genes for overcoming crossing incompatibility of the Capsicum genus
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16H02535
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| Research Institution | Kindai University |
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Principal Investigator |
細川 宗孝 近畿大学, 農学部, 教授 (40301246)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大野 翔 京都大学, 農学研究科, 助教 (10722001)
白澤 健太 公益財団法人かずさDNA研究所, 先端研究開発部, 主任研究員 (60527026)
安井 康夫 京都大学, 農学研究科, 助教 (70293917)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | トウガラシ / 座止 / NGS / 雑種不和合性 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
正常個体および座止個体177個体について、7種類のdCAPSマーカーを用いてマーカー選抜を行ったところ、作成したマーカーのリファレンス配列における位置が第10染色体の端に近いほど組換え価が小さく、目的遺伝子と距離が近いことが示唆された。この結果から、QTL-seq による予測範囲の外側、つまり、UCD219223145からテロメア側に遺伝子の位置を予測することができた。さらに、これまでのプライマーよりも外側で作成したプライマーAを用い1091個体についてマーカー選抜を行ったところ、組換え系統が5個体確認できた。また、このプライマーAにおける組換え価は0.46%であり、他のプライマーを用いた場合の組換え価と比較して小さかった。よって、B(b)遺伝子はリファレンス配列におけるプライマーAの位置よりも外側にあることが示唆された。これまでのプライマーはすでにテロメア付近であるが、テロメアまでは2,445,537塩基(約2Mb)あることが予想された。さらに、形質が正常・ジェノタイプが座止と判定された2系統のリシークエンスから、さらに、候補領域は約1.3Mbに狭められた。リシークエンスの結果得られた第10染色体上に座乗するB(b)候補遺伝子168個のうち、logFCが2以上のものを遺伝子発現に変動がある遺伝子としてピックアップした。座止個体の茎頂分裂組織において遺伝子発現が上昇していた遺伝子は12個、正常個体の茎頂分裂組織において遺伝子発現が上昇していた遺伝子は14個存在した。座止個体の茎頂分裂組織において遺伝子発現が上昇していた遺伝子に関しては、病害抵抗性に関与する遺伝子が多く見られた。遺伝子の特定はまだであるが、今後は組み換え系統の詳細なSNP解析等が必要になると考える。
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| Research Progress Status |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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