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2016 Fiscal Year Annual Research Report

簡潔データ構造の理論と応用

Research Project

Project/Area Number 16H02781
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

定兼 邦彦  東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 教授 (20323090)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2021-03-31
Keywords簡潔データ構造 / データ圧縮
Outline of Annual Research Achievements

Hybrid DenseZDD の効率的実装を行った.ZDD は集合族をコンパクトに表現するデータ構造であり,DenseZDD はそのデータ構造をさらに圧縮した簡潔データ構造である.DenseZDD は静的なデータ構造であり,要素の追加・削除は行えない.それを可能にするために提案されたものが Hybrid DenseZDD であり,静的な DenseZDD と動的な ZDD を組み合わせたものである.Hybrid DenseZDD はDenzumiらにより2014年に提案されたものだが,その効率的な実装はこれまで存在しなかった.
本研究ではその効率的な実装を行った.工夫を要する点は,動的な ZDD を圧縮して DenseZDD に変換する際に必要な作業領域を削減する必要があるということである.変換の処理順序を工夫することで,必要な計算機のメモリを動的なZDDのサイズに比例するようにした.計算機実験により,提案手法は従来の ZDD よりも少ないメモリで動作し,速度低下も少ないことを示した.
また,文字列集合を格納する圧縮されたトライ構造を開発した.これは整数集合での直前/直後の数 (predecessor/successor) を求めるデータ構造を基にしており,パタンの検索,挿入,削除を高速に実現できる.実験により,標準的なコンパクトトライ構造よりも高速であり,ノード数は少なくなることを示した.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

集合族を表現するデータ構造については,目標通りの成果が得られた.

Strategy for Future Research Activity

幾何データ,特に地図データや高次元点データの検索のためのデータ構造の開発を行う.

  • Research Products

    (7 results)

All 2016 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] 香港大学(中国 (香港))

    • Country Name
      その他の国・地域
    • Counterpart Institution
      香港大学
  • [Int'l Joint Research] Universitat Politecnica de Valencia(スペイン)

    • Country Name
      SPAIN
    • Counterpart Institution
      Universitat Politecnica de Valencia
  • [Journal Article] Engineering Hybrid DenseZDDs2016

    • Author(s)
      Taito Lee, Shuhei Denzumi, Kunihiko Sadakane
    • Journal Title

      Proceedings of SEA

      Volume: LNCS 9685 Pages: 201-216

    • DOI

      10.1007/978-3-319-38851-9_14

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Packed Compact Tries: A Fast and Efficient Data Structure for Online String Processing2016

    • Author(s)
      Takuya Takagi, Shunsuke Inenaga, Kunihiko Sadakane, Hiroki Arimura
    • Journal Title

      Proceedings of IWOCA

      Volume: LNCS 9843 Pages: 213-225

    • DOI

      10.1007/978-3-319-44543-4_17

  • [Journal Article] Space-Efficient Dictionaries for Parameterized and Order-Preserving Pattern Matching2016

    • Author(s)
      Arnab Ganguly, Wing-Kai Hon, Kunihiko Sadakane, Rahul Shah, Sharma V. Thankachan, Yilin Yang
    • Journal Title

      Proceedings of CPM

      Volume: 54(2) Pages: 1-12

    • DOI

      10.4230/LIPIcs.CPM.2016.2

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Pair-End Inexact Mapping on Hybrid GPU Environments and Out-Of-Core Indexes2016

    • Author(s)
      Jose Salavert Torres, Andres Tomas, Ignacio Medina, Kunihiko Sadakane, Ignacio Blanquer
    • Journal Title

      Current Bioinformatics

      Volume: 11(4) Pages: 459-469

    • DOI

      10.2174/1574893611666160212235359

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] MEGAHIT v1.0: A Fast and Scalable Metagenome Assembler driven by Advanced Methodologies and Community Practices2016

    • Author(s)
      Dinghua Li, Ruibang Luo, Chi-Man Liu, Chi-Ming Leung, Hing-Fung Ting, Kunihiko Sadakane, Hiroshi Yamashita, Tak-Wah Lam
    • Journal Title

      Methods

      Volume: 102 Pages: 3-11

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2016.02.020

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-01-16   Modified: 2022-02-16  

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