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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Establishment of fundamental technology for nanopore sensing device based on opto-electro detection principle by fusion process of MEMS and DNA

Research Project

Project/Area Number 16H03841
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

田畑 修  京都大学, 工学研究科, 教授 (20288624)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 菅野 公二  神戸大学, 工学研究科, 准教授 (20372568)
川合 健太郎  大阪大学, 工学研究科, 助教 (90514464)
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywordsナノプロセス / DNA / 流体デバイス / ナノポアシーケンシング / SERS
Outline of Annual Research Achievements

(1)矩形DNAオリガミの表裏に球形金粒子(直径15nm)を固定した後、この高次複合体をシリコン基板上に固定し、UV照射によりDNAナノ構造を除去することにより、シリコン基板上に金ナノ粒子二量体構造を形成でき、基板洗浄後も安定に基板上に保持できることを検証した。

(2)シリコン基板上にナノトレンチを用いたセルフアセンブル法により形成した粒子間ギャップ1nm程度の球形金ナノ粒子(直径100nm)二量体構造を形成し,まず,4,4’-ビピリジン分子の極低濃度溶液を用いた短時間ラマン分光計測において,ラマン強度の離散的な分布から1分子検出の可能性を示した。次に,10pMの極低濃度溶液においてアデニン(A),グアニン(G),シトシン(C),チミン(T)の4種類の特徴的なピークが確認され,塩基の検出・同定が可能であることを明らかにした。さらにAGCTAGCTの8塩基オリゴマーを用いた計測では,AおよびGのピークとデオキシリボース,リン酸のピークが確認された。これらの結果から,二量体構造を用いたSERSによるDNA塩基識別の可能性を示した。

(3)異方性ウェットエッチングによって形成したシリコン酸化膜の自立薄膜にFIBを用いて100-300nm程度のナノポアを形成し、そのナノポア部へ単分子膜を転写することでグラフェン等の自立膜を形成した。その後、フォーカス距離とドーズ量を最適化したヘリウムイオンビームによってグラフェンにナノポア加工を行い、最小約1.5nmナノポアを実現した。また、電解液中での電圧印可による絶縁破壊において印加電圧と印加時間を最適化することでシリコン酸化膜の自立膜への2~10nmナノポア形成を実現した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

無機材料メンブレン膜へのナノポア形成、金ナノ粒子二量体を用いたSERSによるDNA塩基の検出技術、およびDNAナノ構造を用いた直径15nmの金ナノ粒子二量体作製技術の構築は順調に進んでいる。しかし、金ナノ粒子のサイズをSERSに必要な50nm程度に大きくした場合、DNAナノ構造を用いた二量体形成収率が極めて低いという問題が明らかとなった。

Strategy for Future Research Activity

平成29年度は、それぞれの研究者が構築した要素技術をベースに、研究者間の連携をより密にして研究を推進する。
前年度明らかとなった課題については、DNAナノ構造を鋳型として金ナノ構造を作製する先行研究結果を参考に実験を進め、金ナノ粒子のサイズと形状を制御してSERSに適した金ナノ粒子二量体を形成する技術構築を進める予定である。

  • Research Products

    (25 results)

All 2017 2016 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 11 results,  Invited: 3 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] ソウル国立大学(韓国)

    • Country Name
      KOREA (REP. OF KOREA)
    • Counterpart Institution
      ソウル国立大学
  • [Journal Article] Characterization method of relative Raman enhancement for surface enhanced Raman spectroscopy using gold nanoparticle dimer array2017

    • Author(s)
      Koji Sugano, Kohei Ikegami, Yoshitada Isono
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 56 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Single-molecule surface-enhanced Raman spectroscopy of 4,4'-bipyridine on a prefabricated substrate with directionally arrayed gold nanoparticle dimers2017

    • Author(s)
      Koji Sugano, Kiyohito Aiba, Kohei Ikegami, Yoshitada Isono
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 56 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Surface-Enhanced Raman Spectroscopy Analysis Device with Gold Nanoparticle Arranged Nanochanne2017

    • Author(s)
      Toshimitsu Takeshita, Keisuke Suekuni, Kiyohito Aiba, Koji Sugano, Yoshitada Isono
    • Journal Title

      Electronics and Communications in Japan

      Volume: 100 Pages: 33, 41

    • DOI

      doi.org/10.1002/ecj.11945

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Measuring the Influence of Crossover in the Radial Structural and Mechanical Properties of DNA Origami Nanotube2017

    • Author(s)
      Zhipeng Ma, Kentaro Kawai, Yoshikazu Hirai, Toshiyuki Tsuchiya, Osamu Tabata
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 56 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Constructing higher order DNA origami arrays using DNA junctions of anti-parallel/parallel double crossovers2016

    • Author(s)
      Zhipeng Ma, Seongsu Park, Naoki Yamashita, Kentaro Kawai, Yoshikazu Hirai, Toshiyuki Tsuchiya, Osamu Tabata
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics

      Volume: 55 Pages: 06GL04-1, 7

    • DOI

      10.7567/JJAP.55.06GL04

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Investigation of the self-assembly process for discrete and polymerized bivalve DNA origami structures2016

    • Author(s)
      Zhipeng Ma, Seongsu Park, Naoki Yamashita, Yoshikazu Hirai, Toshiyuki Tsuchiya, Osamu Tabata
    • Journal Title

      IEEJ Transactions on Electrical and Electronic Engineering

      Volume: 11 Pages: S164, S170

    • DOI

      10.1002/tee.22249

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ボトムアップナノ構造形成技術とバイオ・ケミカルセンサへの応用2017

    • Author(s)
      菅野公二
    • Organizer
      平成29年電気学会全国大会
    • Place of Presentation
      富山県富山市
    • Year and Date
      2017-03-15 – 2017-03-17
    • Invited
  • [Presentation] ヘリウムイオン顕微鏡を用いたSiO2膜上の単分子膜へのナノポア形成2017

    • Author(s)
      林 拓海、川合 健太郎、有馬 健太、森田 瑞穂
    • Organizer
      第64回応用物理学会春季学術講演会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市
    • Year and Date
      2017-03-14 – 2017-03-17
  • [Presentation] Surface-Enhanced Raman Spectroscopy Analysis of DNA bases using Arrayed and Single Dimer of Gold Nanoparticle2017

    • Author(s)
      Kohei Ikegami, Koji Sugano, Yoshitada Isono
    • Organizer
      The 30th IEEE International Conference on Micro Electro Mechanical Systems (MEMS2017)
    • Place of Presentation
      Las Vegas, USA
    • Year and Date
      2017-01-22 – 2017-01-26
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 単一金ナノ粒子二量体を用いたアデニンの表面増強ラマン分光検出2016

    • Author(s)
      丸岡克成, 池上晃平, 菅野公二, 磯野吉正
    • Organizer
      電気学会フィジカルセンサ/マイクロマシン・センサシステム合同研究会
    • Place of Presentation
      茨城県つくば市
    • Year and Date
      2016-12-19 – 2016-12-19
  • [Presentation] Highly-Sensitive and Rapid Detection of DNA bases using Surface-Enhanced Raman Spectroscopy with Gold Nanoparticle Dimer Array2016

    • Author(s)
      Kohei Ikegami, Koji Sugano, Yoshitada Isono
    • Organizer
      International Symposium on Micro-Nano Science and Technology2016
    • Place of Presentation
      Tokyo, Japan
    • Year and Date
      2016-12-16 – 2016-12-18
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Radial Mechanical Property of a Crossover Density-Varied DNA Nanotube2016

    • Author(s)
      Zhipeng Ma, Seongsu Park, Naoki Yamashita, Kentaro Kawai, Do-Nyun Kim, Yoshikazu Hirai, Toshiyuki Tsuchiya, and Osamu Tabata
    • Organizer
      The 29th International Microprocesses and Nanotechnology Conference (MNC 2016)
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2016-11-08 – 2016-11-11
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Single-Molecule Surface-Enhanced Raman Spectroscopy of 4,4'-bipyridine on Fabricated Substrates with Directionally Arrayed Gold Nanoparticle Dimers2016

    • Author(s)
      Koji Sugano, Kiyohito Aiba, Kohei Ikegami, Yoshitada Isono
    • Organizer
      29th International Microprocesses and Nanotechnology Conference (MNC2016)
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2016-11-08 – 2016-11-10
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Characterization Method of Relative Raman Enhancement for Surface Enhanced Raman Spectroscopy Using Gold Nanoparticle Dimer Array2016

    • Author(s)
      Kohei Ikegami, Koji Sugano, Yoshitada Isono
    • Organizer
      29th International Microprocesses and Nanotechnology Conference (MNC2016)
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2016-11-08 – 2016-11-10
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNA as an Engineering Material to Bridge between MEMS and Nanotechnology2016

    • Author(s)
      Osamu Tabata
    • Organizer
      DNA as an Engineering Material to Bridge between MEMS and Nanotechnology
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      2016-11-08 – 2016-11-08
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 金ナノ粒子二量体配列を用いたDNA塩基の高感度・高速表面増強ラマン分光2016

    • Author(s)
      池上晃平,菅野公二,磯野吉正
    • Organizer
      第33回「センサ・マイクロマシンと応用システム」シンポジウム
    • Place of Presentation
      長崎県平戸市
    • Year and Date
      2016-10-24 – 2016-10-26
  • [Presentation] Control of nanopore formation to insulator membrane in electrolyte solution2016

    • Author(s)
      Kentaro Kawai, Takumi Hayashi, Yuichi Shibuno, Zhipeing Ma, Naoki Yamashita, Seongsu Park, Kenta Arima, Mizuho Morita, Osamu Tabata
    • Organizer
      The 20th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (microTAS2016)
    • Place of Presentation
      Dublin, Ireland
    • Year and Date
      2016-10-09 – 2016-10-13
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Single Molecule SERS with Directionally Arrayed Gold Nanoparticle Dimers on Substrate2016

    • Author(s)
      Koji Sugano
    • Organizer
      Pacific Rim Meeting on Electrochemical and Solid-state Science 2016 (PRiME2016)
    • Place of Presentation
      Hawaii, USA
    • Year and Date
      2016-10-02 – 2016-10-07
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Nanopore Formation to thin SiO2 membrane in electrolyte Solution using dielectric breakdown2016

    • Author(s)
      Kentaro Kawai, Takumi Hayashi, Yuichi Shibuno, Zhipeing Ma, Naoki Yamashita, Seongsu Park, Kenta Arima, Mizuho Morita, Osamu Tabata
    • Organizer
      Eurosensors 2016
    • Place of Presentation
      Budapest, Hungary
    • Year and Date
      2016-09-04 – 2016-09-07
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 絶縁薄膜への電圧印可による液中ナノポア形成2016

    • Author(s)
      川合健太郎,有馬健太,森田瑞穂,渋野雄一,朴 晟洙,山下直輝,馬 志鵬,田畑 修
    • Organizer
      平成28年電気学会E部門総合研究会 E部門合同研究会
    • Place of Presentation
      石川県金沢市
    • Year and Date
      2016-06-29 – 2016-06-30
  • [Presentation] Mechanical Stability for the Connections of DNA Origami Using Anti-Parallel/Parallel Double Crossovers2016

    • Author(s)
      Zhipeng Ma, Seongsu Park, Naoki Yamashita, Kentaro Kawai, Do-Nyun Kim, Yoshikazu Hirai, Toshiyuki Tsuchiya, Osamu Tabata
    • Organizer
      The 11th IEEE International Conference on Nano/Micro Engineered and Molecular Systems (IEEE-NEMS 2016)
    • Place of Presentation
      Miyagi, Japan
    • Year and Date
      2016-04-17 – 2016-04-20
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Nanopore Formation in Electrolyte Solution to SiO2 Membrane Using Pulse-Voltage Injection2016

    • Author(s)
      Kentaro Kawai, Yuichi Shibuno, Takumi Hayashi, Zhipeng Ma, Naoki Yamashita, Seongsu Park, Kosuke Tanabe, Kenta Arima, Mizuho Morita, Osamu Tabata
    • Organizer
      The 11th IEEE International Conference on Nano/Micro Engineered and Molecular Systems (IEEE-NEMS 2016)
    • Place of Presentation
      Miyagi, Japan
    • Year and Date
      2016-04-17 – 2016-04-20
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] DNAオリガミ犠牲層による金ナノ粒子二量体作製

    • URL

      http://www.nms.me.kyoto-u.ac.jp/2017/04/audimerusingdnaorigami/

  • [Remarks] 金ナノ粒子直鎖配列を用いた表面増強ラマン分光(SERS)マイクロ・ナノ流体デバイス

    • URL

      http://www.research.kobe-u.ac.jp/eng-isonolab/research.html#sersfluidic

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Published: 2018-01-16  

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