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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Establishment of fundamental technology for nanopore sensing device based on opto-electro detection principle by fusion process of MEMS and DNA

Research Project

Project/Area Number 16H03841
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

田畑 修  京都大学, 工学研究科, 教授 (20288624)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 菅野 公二  神戸大学, 工学研究科, 准教授 (20372568)
川合 健太郎  大阪大学, 工学研究科, 助教 (90514464)
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywordsナノポアセンシング / DNA / MEMS
Outline of Annual Research Achievements

DNAナノ構造に直径30nmの金ナノ粒子を2個結合し、DNAナノ構造を分解することによってシリコン基板上への二量体形成に成功した。基板上にランダム配置した金ナノ粒子二量体によるSERS分子検出を実施した結果、検体分子に由来するSERSシグナルの高感度検出に成功した。金ナノ粒子二量体のナノポア近傍への固定に向け、DNAナノ構造の固定化を実施した結果、56%の高い固定化率を達成した。直径5nmの金ナノ粒子を成長させDNAナノ構造の形状に沿った大粒径金ナノ粒子の二量体を形成した結果、5%以下の収率で所望の二量体が形成されることを確認した。
金ナノ粒子二量体を用いたSERSによる光学的DNA塩基識別に関して、8鎖長DNAオリゴマー内に含まれる単一のアデニンからラマンピークを得るとともに、ラマンシフトのばらつきから空間分解能について検証した。電気的DNA検出・識別実現のため、ナノギャップを有する金配線を作製し、DNAオリゴマー分散溶液を滴下した際のトンネル電流時間変化から16鎖長DNAオリゴマーの検出に成功した。高いレーザ光強度で検出確率が向上することを明らかにした。
銅媒基板上へCVD成膜させたグラフェンを間接転写法によりた異方性ウェットエッチングした酸化膜付シリコン基板に転写し、スピンコート法により塗布した金ナノ粒子をマーカーとしてフォーカス調整とドーズ量を最適化したHeイオンビームを用い、あらかじめ設定した描画シーケンスにより任意の間隔と孔径を持ったグラフェンナノポアアレイを作製した。作製したナノポア基板の両面に銀/塩化銀電極を挿入したDNA溶液チャンバーを接続して電圧を印加し、パッチクランプアンプによる微小電流測定によりDNAセンシングを行った。迅速な熱交換が可能なマイクロ流路を用い、従来のDNAナノ構造体作製法に比べ最大20倍のアニール時間の短縮と歩留まりの改善を実現した。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 3 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] AFMリソグラフィで作製したナノ領域へのDNAオリガミの特異的固定2019

    • Author(s)
      山下直輝, 朴 晟洙, 馬 志鵬, 川合 健太郎, 平井 義和, 土屋 智由, 田畑 修
    • Journal Title

      電気学会論文誌E(センサ・マイクロマシン部門誌)

      Volume: 139-E Pages: 95-102

    • DOI

      https://doi.org/10.1541/ieejsmas.139.95

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] リンカーによる三角形DNAオリガミ二量体形成における支配要因の解明2018

    • Author(s)
      稲垣達也, 朴晟洙, 山下直輝, 馬志鵬, 川合健太郎, 平井義和, 土屋智由, 田畑修
    • Journal Title

      電気学会論文誌E(センサ・マイクロマシン部門誌)

      Volume: 138-E Pages: 171-177

    • DOI

      https://doi.org/10.1541/ieejsmas.138.171

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nanopore Fabrication of Two-Dimensional Materials on SiO2 Membranes Using He Ion Microscopy2018

    • Author(s)
      T. Hayashi, K. Arima, N. Yamashita, S. Park, Z. Ma, O. Tabata, K. Kawai
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Nanotechnology

      Volume: 17 Pages: 727-730

    • DOI

      10.1109/TNANO.2018.2840721

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Surface-Enhanced Raman Spectroscopy of DNA Bases Using Gold Nanoparticle Dimer Array2018

    • Author(s)
      Katsunari Maruoka, Kohei Ikegami, Akio Uesugi, Koji Sugano, Yoshitada Isono
    • Organizer
      31st International Microprocesses and Nanotechnology Conference (MNC2018)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Si薄膜被覆金ナノグレーティング構造の近赤外域光吸収スペクトル偏光依存性2018

    • Author(s)
      新居直之, 上杉晃生, 菅野公二, 磯野吉正
    • Organizer
      第34回「センサ・マイクロマシンと応用システム」シンポジウム
  • [Presentation] MEMS & NEMS - Past, Present and Future -2018

    • Author(s)
      OSAMU Tabata
    • Organizer
      The 1st IEEE International Conference on Micro/Nano Sensors for AI, Healthcare, and Robotics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Micro/Nano Sensor - Present and Future -2018

    • Author(s)
      OSAMU Tabata
    • Organizer
      1st Internationale Symposium on Micro/Nano Sensors for Healthcare and Smart City
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Nanopore Fabrication and DNA sensing on Two-Dimensional Materials using Helium Ion Microscopy2018

    • Author(s)
      Kentaro Kawai, Takumi Hayashi, Kenta Arima, Kazuya Yamamura, Osamu Tabata
    • Organizer
      The 13th Annual IEEE International Conference on Nano/Micro Engineered and Molecular Systems (IEEE-NEMS 2018)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Effect of Temperature Distribution in Microtube and Microfluidic Channel for DNA Origami Assembly2018

    • Author(s)
      K. Hara, T. Inagaki, N. Yamashita, K. Arima, K. Yamamura, O. Tabata, K. Kawai
    • Organizer
      The 22nd International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (MicroTAS 2018)
    • Invited
  • [Presentation] マイクロ流路を用いたDNA自己組織ナノ構造体の高速作製2018

    • Author(s)
      原 啓太、稲垣 達也、山下 直輝、有馬 健太、山村 和也、田畑 修、川合 健太郎
    • Organizer
      第35回「センサ・マイクロマシンと応用システム」シンポジウム
  • [Presentation] 三次元DNAオリガミ構造作製におけるアニール条件及びDNA濃度比の影響2018

    • Author(s)
      中村亮太、原 啓太、有馬 健太、山村 和也、田畑 修、川合 健太郎
    • Organizer
      第35回「センサ・マイクロマシンと応用システム」シンポジウム
  • [Remarks] Control of Gold Nano Dimer Structure

    • URL

      http://www.nms.me.kyoto-u.ac.jp/en/2018/06/nanodimer/

  • [Remarks] Creating Gold Nanoparticle Dimers

    • URL

      http://www.nms.me.kyoto-u.ac.jp/en/2017/04/sacrifitialdnaorigami/

URL: 

Published: 2019-12-27  

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