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2017 Fiscal Year Annual Research Report

原子間力顕微鏡を用いた固液界面における構造ゆらぎと水和構造との相関に関する研究

Research Project

Project/Area Number 16H03870
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

小林 圭  京都大学, 工学研究科, 准教授 (40335211)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywords原子間力顕微鏡 / 3次元フォースマッピング / 瞬時周波数法 / 固液界面物性
Outline of Annual Research Achievements

既存の原子間力顕微鏡(AFM)における探針走査領域近傍にナノピペット開口を配置できるように慣性駆動機構を新たに導入した。本装置を用いて、溶液環境のその場変化や分子の注入を行うことができるようになった。29年度は、マイカ基板および脂質二重膜上へストレプトアビジン(SA)を局所的に注入し、SAの2次元結晶の成長過程のその場観察に成功した。また、溶液中のカチオンによって成長様式が異なることを見出した。さらに、SAへ特異的に結合するビオチン分子を注入し、ビオチン結合によって誘起される構造変化計測を行ったところ、基板によってSAの吸着姿態が異なることに対応し、構造変化の様子も基板によって異なることが分かった。また、マイカ基板上のSAの2次元結晶の固液界面における3次元水和構造計測に成功した。
さらに、脂質二重膜上のSAの2次元結晶上へ両末端をビオチンで修飾したDNA分子を注入したところ、DNAの両末端がSAに結合し、二重らせん構造が基板に弱吸着して構造がゆらいでいる状況を作製することに成功した。
一方、Au(111)基板上に緻密な膜を事故死色的に形成することが知られているアルカンチオールの自己組織化単分子膜(SAM)を用いて、末端官能基と表面構造が異なるSAMの水和構造計測を行った。ヒドロキシル基で終端されたSAMにおいて、√3x√3R30°構造およびc(4×2)超格子構造が確認され、それぞれ表面構造を反映した水和構造が観察され、表面構造のわずかな違いが水和構造に違いをもたらすことが明らかとなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

28年度には、カンチレバーの振動波形を高速デジタイザにより記録し、振動波形をデジタルフィルタ処理した後、ヒルベルト変換により解析信号を得て、解析信号の瞬時周波数を計算する、瞬時周波数法を開発した。また、29年度には、マイカ基板および脂質二重膜上へストレプトアビジン(SA)を局所的に注入し、SAの2次元結晶の成長過程のその場観察に成功し、成長様式やビオチン結合時の構造変化のその場計測に成功した。瞬時周波数法を用いたフォースマッピング法によりSAの2次元結晶等構造ゆらぎを有する試料系において水和構造計測を行う準備が整ってきており、研究は順調に進展している。
さらに、フォースマッピング法の高度化に関して、瞬時周波数法を有機薄膜トランジスタ(OTFT)のキャリアダイナミクス評価に応用した。OTFTの高性能化のためには、微視的スケールでの有機薄膜へのキャリア注入・排出機構を解明することが必要不可欠である。そのため、瞬時周波数法を用いてOTFTの時間分解静電気力顕微鏡 (tr-EFM) を開発し、OTFTにおけるキャリアの過渡応答の可視化に成功した。したがって、当初予定していた以上の成果が得られていると言える。

Strategy for Future Research Activity

瞬時周波数法を用いたフォースマッピング法により、SAの2次元結晶等の構造ゆらぎを有する試料系において水和構造計測を行っていく。また、溶液環境やSAの構造変化、もしくはSAMの末端官能基の違いに起因する水和構造の違いを計測し、構造ゆらぎと水和構造の相関に関する知見を得る。さらに、2次元(XY)走査中にカンチレバーの熱振動や非線形成分を記録することで水和構造を計測する手法を実装し、構造ゆらぎを有する系の水和構造計測への有用性について検討していく。

  • Research Products

    (19 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 10 results)

  • [Int'l Joint Research] Aalto University(Finland)

    • Country Name
      Finland
    • Counterpart Institution
      Aalto University
  • [Journal Article] Flexible DNA Path in the MCM Double Hexamer Loaded on DNA2017

    • Author(s)
      Kohji Hizume, Hiroaki Kominami, Kei Kobayashi , Hirofumi Yamada, and Hiroyuki Araki
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 56 Pages: 2435-2445

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.6b00922

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Atomic-resolution three-dimensional hydration structures on a heterogeneously charged surface2017

    • Author(s)
      KenichiUmeda, Lidija Zivanovic, Kei Kobayashi, Juha Ritala, Hiroaki Kominami, Peter Spijker, Adam S Foster, and Hirofumi Yamada
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 8 Pages: 2111(1-9)

    • DOI

      10.1038/s41467-017-01896-4

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] streptavidin 2次元結晶の成長過程と特異結合による構造変化過程の観察2018

    • Author(s)
      濱田 貴裕、木南 裕陽、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第65回応用物理学関係連合講演会
  • [Presentation] FM-AFMによる長鎖アルカンチオール自己組織化単分子膜の分子スケール水和構造計測2018

    • Author(s)
      藤田 朗人、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第65回応用物理学関係連合講演会
  • [Presentation] maging of Two-dimensional Crystal Growth of Streptavidin Injected from a Glass Pipette by FM-AFM2017

    • Author(s)
      T. Hamada, H. Kominami, M. Miyamoto, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      International Scanning Probe Microscopy Conference (ISPM2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular-scale Investigations of Hydration Structures of Alkanethiol Self-assembled Monolayers of Different Functional Groups by FM-AFM2017

    • Author(s)
      A. Fujita, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      International Scanning Probe Microscopy Conference (ISPM2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] High-resolution Imaging and Surface Charge Measurement of Right-handed and Left- handed DNA by FM-AFM in Aqueous Solution2017

    • Author(s)
      H. Kominami, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      International Scanning Probe Microscopy Conference (ISPM2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Effect of pH on Two-dimensional Crystal Formation of Streptavidin on Mica2017

    • Author(s)
      Z. Cui, K. Kobayashi, Y. Hirata, and H. Yamada
    • Organizer
      International Scanning Probe Microscopy Conference (ISPM2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 液中 FM-AFM による Z 型 DNA のナノスケール構造観察 および表面電荷密度計測2017

    • Author(s)
      木南 裕陽、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第78回応用物理学関係連合講演会
  • [Presentation] 末端官能基の異なるアルカンチオールの相分離自己組織化単分子膜の作製とFM-AFM水和構造計測2017

    • Author(s)
      藤田 朗人、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第78回応用物理学関係連合講演会
  • [Presentation] 低pH 環境におけるマイカ基板上streptavidin 2 次元結晶2017

    • Author(s)
      崔 子鵬、小林 圭、平田 芳樹、山田 啓文
    • Organizer
      第78回応用物理学関係連合講演会
  • [Presentation] 脂質二重膜およびマイカ表面混在条件下におけるstreptavidin 2 次元結晶の成長過程のその場観察2017

    • Author(s)
      濱田 貴裕、木南 裕陽、小林 圭、山田 啓文
    • Organizer
      第78回応用物理学関係連合講演会
  • [Presentation] Investigation of Hydration Structures of Phase-Separated Alkanethiol Self-Assembled Monolayers by FM-AFM2017

    • Author(s)
      A. Fujita, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      The 20th International Conference on Non-Contact Atomic Force Microscopy (NC-AFM2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Effect of pH on Two-dimensional Streptavidin Crystals on Mica2017

    • Author(s)
      Z. Cui, K. Kobayashi, Y. Hirata, and H. Yamada
    • Organizer
      The 20th International Conference on Non-Contact Atomic Force Microscopy (NC-AFM2017)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Surface charge density measurements of Z-form DNA by FM-AFM force mapping2017

    • Author(s)
      H. Kominami, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      The 8th International Symposium on Surface Science (ISSS-8)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] FM-AFM Imaging of Two-dimensional crystal growth of streptavidin injected from a glass pipette2017

    • Author(s)
      T. Hamada, H. Kominami, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      The 8th International Symposium on Surface Science (ISSS-8)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Functional visualization of biomolecules by frequency modulation AFM and 3- dimensional force mapping2017

    • Author(s)
      H. Kominami, K. Kobayashi, and H. Yamada
    • Organizer
      11th International Symposium on Atomic Level Characterizations for New Materials and Devices ’17 (ALC’ 17)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Effect of pH on two-dimensional crystal formation of streptavidin2017

    • Author(s)
      Z. Cui, K. Kobayashi, Y. Hirata, and H. Yamada
    • Organizer
      11th International Symposium on Atomic Level Characterizations for New Materials and Devices ’17 (ALC’ 17)
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-12-17  

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