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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Research on knot theory and its application

Research Project

Project/Area Number 16H03928
Research InstitutionSaitama University

Principal Investigator

下川 航也  埼玉大学, 理工学研究科, 教授 (60312633)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 石原 海  山口大学, 教育学部, 講師 (40634762)
小沢 誠  駒澤大学, 総合教育研究部, 教授 (50308160)
三松 佳彦  中央大学, 理工学部, 教授 (70190725)
山口 祥司  秋田大学, 教育文化学部, 准教授 (30534044)
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2021-03-31
Keywords結び目 / DNA / トポロジー
Outline of Annual Research Achievements

この研究は、結び目理論、および、3次元トポロジーの研究を行い、その成果を、染色体のトポロジー、DNA組換え、高分子ポリマー等の研究へと応用するものである。
今年度は、Xer-dif-FtsKによるDNA絡み目解消に関する論文を発表した(Scientific Reports 7, (2017))。また、チューブ領域内の結び目の最小ステップ数に関する論文を発表した(J. Phys. A: Math. Theor. 50 (2017))。染色体のトポロジーについてはJavier Arsuaga氏、Mariel Vazquez氏とともにheat mapと染色体の局所結び目に関する結果、および、格子結び目のトポロジーに関してはChris Soteros氏とともに結び目の局在化に関する結果を得ている。研究分担者の石原氏、小沢氏とは、3次元多様体のハンドル体分解とその応用の研究を行った。
今年度は、2017年8月8日-10日にお茶の水女子大学において、国際ワークショップ「Knots and Polymers: Aspects of topological entanglement in DNA, proteins and graph-shaped polymers」(世話人: 出口哲生(お茶の水女子大学)、手塚育志(東京工業大学)、下川航也(埼玉大学))を開催し、著名海外研究者を招待し講演して頂いた(講演者数20名(海外講演者10名) 参加者44名)。このワークショップのプロシーディングは、雑誌Reactive and Functional Polymers(Elsevier 社から出版予定である。また、Encounter with Mathematics、および、東北結び目セミナーの開催を援助し、研究討論を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

今年度は、結び目理論のDNA組換えへの応用研究の論文をScientific Reportsに発表し、格子結び目に関する論文をJ. Phys. A: Math. Theor.に発表し、順調に成果を得ている。また、染色体のトポロジーに関する結果もまとまり、公表が間近である。8月には国際ワークショップを開催することが出来、研究討論を行うことが出来た。以上を鑑み、研究はおおむね順調に進展していると判断した。

Strategy for Future Research Activity

今後もこれまで通り、染色体のトポロジー、格子結び目とポリマーのトポロジー、DNA組換え酵素、3次元ハンドル体分解とネットワークの分類等を中心に研究を行う。
2019年1月末には、東京工業大学において、国際ワークショップ"Polymers meet Topology"を、出口哲生氏(お茶の水女子大学)、手塚育志氏(東京工業大学)とともに開催し、多くのトポロジーや高分子の研究者を招待し、活発な研究討論と成果発表を行う予定である。

  • Research Products

    (9 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results) Remarks (2 results) Funded Workshop (1 results)

  • [Int'l Joint Research] UC Davis(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      UC Davis
  • [Int'l Joint Research] University of Saskatchewan(カナダ)

    • Country Name
      CANADA
    • Counterpart Institution
      University of Saskatchewan
  • [Journal Article] Bounds for minimum step number of knots confined to tubes in the simple cubic lattice2017

    • Author(s)
      Ishihara Kai、Pouokam Maxime、Suzuki Atsumi、Scharein Robert、Vazquez Mariel、Arsuaga Javier、Shimokawa Koya
    • Journal Title

      Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical

      Volume: 50 Pages: 215601~215601

    • DOI

      https://doi.org/10.1088/1751-8121/aa6a4f

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Pathways of DNA unlinking: A story of stepwise simplification2017

    • Author(s)
      Stolz Robert、Yoshida Masaaki、Brasher Reuben、Flanner Michelle、Ishihara Kai、Sherratt David J.、Shimokawa Koya、Vazquez Mariel
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 12420

    • DOI

      doi:10.1038/s41598-017-12172-2

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] On chirality of molecular graphs2018

    • Author(s)
      Koya Shimokawa
    • Organizer
      Cyclic & Topologically Complex Polymers, Spring 2018 American Chemical Society Meeting
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Lattice knots and links confined in tube regions2017

    • Author(s)
      Koya Shimokawa
    • Organizer
      Conference on Means, Methods and Results in the Statistical Mechanics of Polymeric Systems II, Fields Institute, University of Toronto, Canada
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 下川航也 ホームページ

    • URL

      http://www.rimath.saitama-u.ac.jp/lab.jp/KoyaShimokawa.html

  • [Remarks] 国際ワークショップ Knots and Polymers

    • URL

      http://www.rimath.saitama-u.ac.jp/lab.jp/kshimoka/knotsandpolymers2017J.html

  • [Funded Workshop] 国際ワークショップ Knots and Polymers: Aspects of topological entanglement in DNA, proteins and graph-shaped polymers2017

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-02-28  

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