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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Reaction dynamics of nano- and bio-molecules with multiple reaction sites and its atom-resolved energy picture

Research Project

Project/Area Number 16H04091
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

河野 裕彦  東北大学, 理学研究科, 客員研究者 (70178226)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小関 史朗  大阪府立大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (80252328)
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywords多電子ダイナミクス / 1電子有効ポテンシャル / ヒドロキシルラジカル / DNA鎖切断 / 光駆動分子モーター / 強レーザーパルス / X線自由電子レーザー / クーロン爆発
Outline of Annual Research Achievements

OHラジカルによるDNA鎖切断や光駆動分子モーターなど励起状態が関与するダイナミクスを中心に研究を進めた。放射線や光によるラジカル発生モデルとして,二次電子によって電子励起された水多量体カチオンのダイナミクスを開発した非断熱動力学法を使って追跡した。その結果,2 eVより高い運動エネルギーをもつOHも発生し,DNA周辺の水分子の壁を透過してDNAの糖からHを引き抜き,リン酸基のP-O結合を切断することがわかった。高エネルギーOHが高密度で発生するほど,2本鎖切断が起こりやすい。
2つのシクロペンタジエン5員環(ナフタレンが縮合)が二重結合でつながったキラル分子モーターの励起状態経由トランスーシス異性化のシミュレーションも行った。光励起から数ピコ秒という短い時間で異性化が起こっており,光照射中に高速で異性体間を遷移している可能性を示した。
強い光によるイオン化に関しては,多配置時間依存Hartree-Fock法を使って多電子波動関数の時間変化を追い,新たなトンネルイオン化描像を提案した。具体的には,各分子軌道(自然軌道)が従う有効一体ポテンシャルを導出して,電子相関を反映した一体描像を確立した。CO分子の場合,レーザー電場によって電子にC方向に力がかかったときにだけ,電場で歪んだ一体ポテンシャル障壁の上に電子間の相互作用による“こぶ”が形成され,その外側にある電子密度成分が主にイオン化することがわかった。電場が逆方向のときは,ポテンシャル障壁が遠方に形成されイオン化が抑制される。
X線照射された重原子含有分子は,内殻イオン化後の多段階オージェ緩和により価数が上昇し,クーロン爆発によって原子イオンが放出される。X線自由電子レーザーと近赤外パルスを組み合わせた時間分解の実験結果を速度論モデルを使って解析し,各電荷状態の生成・緩和速度(フェムト秒オーダー)の決定に成功した。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Remarks

研究全般に関しては東北大学大学院理学研究科化学専攻数理化学研究室のHP http://web.tohoku.ac.jp/mcl/ja/index.html
にある。

  • Research Products

    (34 results)

All 2020 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (6 results) Journal Article (15 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 15 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 8 results) Book (1 results) Remarks (3 results)

  • [Int'l Joint Research] Ludwig-Maximilians-Universitaet Munich/Max Planck Institute of Quantum Optics/Universitaet Heidelberg(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Ludwig-Maximilians-Universitaet Munich/Max Planck Institute of Quantum Optics/Universitaet Heidelberg
    • # of Other Institutions
      1
  • [Int'l Joint Research] The Ohio State University/Kansas State University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      The Ohio State University/Kansas State University
  • [Int'l Joint Research] University of Turku(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      University of Turku
  • [Int'l Joint Research] Universite Claude Bernard Lyon 1/Synchrotron SOLEIL(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Universite Claude Bernard Lyon 1/Synchrotron SOLEIL
  • [Int'l Joint Research] National Tsing Hua University/National Chiao Tung University(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      National Tsing Hua University/National Chiao Tung University
  • [Int'l Joint Research]

    • # of Other Countries
      3
  • [Journal Article] Analysis of the multielectron dynamics in intense laser-induced ionization of CO by the time-dependent effective potentials for natural orbitals"2020

    • Author(s)
      S.Ohmura, T.Kato, H.Ohmura, S.Koseki, H.Kono
    • Journal Title

      J.Phys.B

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      -

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Diffractive Imaging of C60 Structural Deformations Induced by Intense Femtosecond Midinfrared Laser Fields2019

    • Author(s)
      H. Fuest, Y. H. Lai, C. I. Blaga, K. Suzuki, J. Xu, P. Rupp, H. Li, P. Wnuk, P. Agostini, K. Yamazaki, M. Kanno, H. Kono, M. F. Kling, and L. F. DiMauro
    • Journal Title

      Physical Review Letters

      Volume: 122 Pages: 053002 6 pages.

    • DOI

      10.1103/PhysRevLett.122.053002

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Unbiased Rotational Motions of an Ellipsoidal Guest in a Tight Yet Pliable Host2019

    • Author(s)
      Zhe Sun, Tatsuru Mio, Tomohiko Okada, Taisuke Matsuno, Sota Sato, Hirohiko Kono and Hiroyuki Isobe
    • Journal Title

      Angewandte Chemie International Edition

      Volume: 58 Pages: 2040~2044

    • DOI

      10.1002/anie.201812771

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Visible photodissociation of the CO2 dimer cation: fast and slow dissociation dynamics in the excited state2019

    • Author(s)
      Yuji Nakashima, Kenichi Okutsu, Keita Fujimoto, Yuri Ito, Manabu Kanno, Motoyoshi Nakano, Keijiro Ohshimo, Hirohiko Kono, and Fuminori Misaizu
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 21 Pages: 3083~3091

    • DOI

      10.1039/c8cp07068g

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Real-time observation of X-ray-induced intramolecular and interatomic electronic decay in CH2I22019

    • Author(s)
      Hironobu Fukuzawa, Tsukasa Takanashi, Edwin Kukk, Koji Motomura, Shin-ichi Wada, Kiyonobu Nagaya, Yuta Ito, Toshiyuki Nishiyama, Christophe Nicolas, Yoshiaki Kumagai, Denys Iablonskyi, Subhendu Mondal, Tetsuya Tachibana, Daehyun You, Syuhei Yamada,Kohei Ochiai, Manabu Kanno, Kaoru Yamazaki, Hirohiko Kono, Kiyoshi Ueda
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 10 Pages: 2186 1-8

    • DOI

      10.1038/s41467-019-10060-z

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Capturing the photo-induced dynamics of nano-molecules by X-ray free electron laser induced Coulomb explosion2019

    • Author(s)
      Kaoru Yamazaki, Naoyuki Niitsu, Manabu Kanno , Kiyoshi Ueda , and Hirohiko Kono
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 151 Pages: 124305~124305

    • DOI

      10.1063/1.5115072

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 複雑系に有効な非断熱分子動力学計算法の開発と分子モーター光異性化反応への適用2019

    • Author(s)
      菅野 学, 高橋みなみ, 花崎 浩太, 原田 宣之, 河野裕彦
    • Journal Title

      SENAC

      Volume: 52 Pages: o.1 3-13

    • Open Access
  • [Journal Article] E = hvの呪縛を解く高強度レーザー場の化学2019

    • Author(s)
      河野裕彦
    • Journal Title

      量子の世界

      Volume: 10 Pages: 1-5

    • Open Access
  • [Journal Article] Automatic spatial extension of a time-dependent wavefunction expanded in terms of Gaussians: Application to multidimensional tunneling2018

    • Author(s)
      Yuta Arai, Kazuma Suzuki, Manabu Kanno, Hirohiko Kono
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 708 Pages: 170~176

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2018.07.022

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Ultrafast nonradiative transition pathways in photo-excited pyrazine: Ab initio analysis of time-resolved vacuum ultraviolet photoelectron spectrum2018

    • Author(s)
      Benoit Mignolet, Manabu Kanno, Noriyuki Shimakura, Shiro Koseki, Françoise Remacle, Hirohiko Kono, Yuichi Fujimura
    • Journal Title

      Chemical Physics

      Volume: 515 Pages: 704~709

    • DOI

      10.1016/j.chemphys.2018.07.015

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Pulse shape and molecular orientation determine the attosecond charge migration in Caffeine2018

    • Author(s)
      Thomas A. Niehaus, Mehdi Meziane, Franck Lepine, Alexandre Marciniak, Kaoru Yamazaki, and Hirohiko Kono
    • Journal Title

      The European Physical Journal B

      Volume: 91 Pages: 7 pages

    • DOI

      10.1140/epjb/e2018-90223-5

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Laser-Control of Ultrafast π-Electron Ring Currents in Aromatic Molecules: Roles of Molecular Symmetry and Light Polarization2018

    • Author(s)
      Manabu Kanno, Hirohiko Kono, Yuichi Fujimura
    • Journal Title

      Applied Sciences

      Volume: 8 Pages: 2347~2347

    • DOI

      10.3390/app8122347

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] An efficient approximate algorithm for nonadiabatic molecular dynamics2018

    • Author(s)
      Kota Hanasaki, Manabu Kanno, Thomas A. Niehaus, and Hirohiko Kono
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 149 Pages: 244117~244117

    • DOI

      10.1063/1.5046757

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] XFELによる内殻イオン化と超高速電子・エネルギー移動の動力学理論 Core-ionization by XFEL and theory of ultrafast dynamics of energy and charge transfer2018

    • Author(s)
      河野裕彦,菅野学,中村公亮,花崎浩太,及川啓太,岡田朝彦,落合宏平
    • Journal Title

      センターレポート(自然科学研究機構 岡崎共通研究施設 計算科学研究センター)

      Volume: 18 Pages: 185-188

    • Open Access
  • [Journal Article] X 線自由電子レーザーによる分子の超高速崩壊の シミュレーションモデル2018

    • Author(s)
      中村公亮,落合宏平,花崎浩太,菅野 学,山崎 馨, 高梨 司,福澤宏宣,上田 潔,永谷清信,河野裕彦
    • Journal Title

      SENAC

      Volume: 51 Pages: No. 1 p.3-13

    • Open Access
  • [Presentation] Field-induced ultrafast dynamics of molecules: Development from fundamentals to applications2019

    • Author(s)
      Hirohiko Kono
    • Organizer
      International symposium on “Ultrafast Molecular Dynamics”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Time-dependent effective potential for the ultrafast electron dynamics of molecules in intense laser fields: Application to anisotropic ionization of CO2019

    • Author(s)
      Hirohiko Kono, Shu Ohmura, Tsuyoshi Kato, Hideki Ohmura
    • Organizer
      ICPEAC2019, Douville
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Anisotropic tunnel ionization of CO: Signature of multielectron correlation in effective potential2019

    • Author(s)
      Hirohiko Kono
    • Organizer
      ISUILS2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Theoretical approaches to the electronic and Reaction dynamics of molecules induced by intense laser fields2018

    • Author(s)
      Hirohiko Kono, Shu Ohmura, Tsuyoshi Kato, Manabu Kanno, Kota Hanasaki
    • Organizer
      ACS National Meeting & Expo, “Strong Field Chemistry”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Multiconfigurational theories for the dynamics of molecules in intense laser fields: Anisotropic ionization of CO and structural deformation of C60,2018

    • Author(s)
      Hirohiko Kono, Tsuyoshi Kato, Shu Ohmura, Kaoru Yamazaki, Manabu Kanno,
    • Organizer
      International Symposium on Ab Initio Electron Dynamics Simulations
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光誘起超高速動力学の複雑系への展開を目指して2018

    • Author(s)
      河野裕彦
    • Organizer
      福井謙一記念研究センターワークショップ「複合系の理論化学・計算化学:最近の研究状況と展望」
    • Invited
  • [Presentation] 光誘起分子動力学の複雑系への展開2018

    • Author(s)
      河野裕彦
    • Organizer
      光子場科学研究懇談会平成29年度第3回懇談会
    • Invited
  • [Presentation] 動力学理論の光誘起高速ダイナミクスへの展開2018

    • Author(s)
      河野裕彦
    • Organizer
      第12回分子科学討論会2018福岡
    • Invited
  • [Presentation] XFELに誘起されるヨウ素含有分子およびフラーレンのクーロン爆発とその反応動力学モデルの開発2018

    • Author(s)
      落合 宏平,中村 公亮,山崎 馨,菅野 学,高梨 司,福澤 宏宣,遠野 健介,永谷 清信,上田 潔,河野 裕彦
    • Organizer
      第12回分子科学討論会2018福岡
  • [Book] Chap.5 “Time-dependent Multiconfigurational Theories of Electronic and Nuclear Dynamics of Molecules in Intense Laser Fields” in Attosecond Molecular Dynamics, eds. Marc J. J. Vrakking, Franck Lepine2018

    • Author(s)
      T. Kato, K. Yamanouchi and H. Kono
    • Total Pages
      44
    • Publisher
      Royal Society of Chemistry, Cambridge
  • [Remarks] 研究紹介「分子制御から分子マシンへ」

    • URL

      http://www.chem.tohoku.ac.jp/research/research_outcome/p008.html

  • [Remarks] プレスリリース「X線自由電子レーザーの超短パルスでリボ核酸塩基分子中の電荷と原子の動きを可視化!」

    • URL

      https://www.tohoku.ac.jp/japanese/2016/06/press20160617-01.html

  • [Remarks] プレスリリース「X線照射で始まる超高速反応の観測に成功 レントゲンによるX線の発見から120年で初」

    • URL

      https://www.sci.tohoku.ac.jp/news/20190517-10277.html

URL: 

Published: 2021-01-27  

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