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2017 Fiscal Year Annual Research Report

鉄酵素活性機構の解明を加速する高分解能・高感度核共鳴振動分光装置の開発

Research Project

Project/Area Number 16H04172
Research InstitutionJapan Synchrotron Radiation Research Institute

Principal Investigator

依田 芳卓  公益財団法人高輝度光科学研究センター, 利用研究促進部門, 主幹研究員 (90240366)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywords量子ビーム / 酵素反応 / 核共鳴振動分光 / 生物化学 / 核共鳴散乱
Outline of Annual Research Achievements

核共鳴振動分光法は複雑な構造を有する酵素のなかで、活性中心にある鉄の振動のみを抽出できるという大きな特徴をもつ。活性中心に金属をもつ金属酵素のなかで鉄酵素は水素を酸化還元するヒドロゲナーゼをはじめ、エネルギー問題・食糧問題・医療などと密接に関わっているものが多い。一方で、分解能や強度の不足により、観測したい試料・振動モードが限定されることは利用の大きな障壁となっている。本研究では、極めて重要でありながらこれまで測定困難であった鉄酵素の活性機構の解明に資するため、鉄酵素試料に最適化された高分解能・高感度の核共鳴振動分光装置を開発することを目的としている。
平成29年度には本研究で開発する高分解能・高感度核共鳴振動分光装置の主要部分となる高分解能モノクロメータシステムを設計・製作した。
また、SPring-8で最も強度が強く鉄酵素の核共鳴振動分光を行ううえで最適なBL19LXUにおいてビーム評価を行った。その結果、BL19LXUにおいては高分解能モノクロメータに入射するX線の縦方向の発散が0.4秒程度と十分に小さいことがわかった。この値はBL09XUで平行化レンズを用いて実現された平行度と同程度である。予想外であったが、これはBL19LXUのビームラインモノクロメータの冷却方式が年度初めに更新され、結晶ひずみが低下したとともに、14.4keVでの熱負荷がビームラインの結晶を集光方向にベントさせているためと推測されている。
また、平成29年度はSPRUC核共鳴散乱研究会において「核共鳴非弾性散乱の生物学的分野への応用」というセッションを企画し、化学・医学・計算工学など多様な分野から4名の講演者を招待し、核共鳴振動分光の発展や将来計画立案に役立つ議論を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

計画では年度の早期に高分解能モノクロメータシステムおよび非対称Ge331反射と異なる非対称度をもつ2つのSi975反射の非対称パラメータを最適化した新しい光学系を構築し、その評価を行う予定であった。しかしながら、半導体市況の世界的な活況のあおりを受け、部材となる精密部品の高騰ならびに長い納入期間のため、高分解能モノクロメータシステムが年度末での納品となるとともに、金額面で光学系の準備をすることができなかった。
一方、BL19LXUでのビーム評価の結果は良好であり、BL09XUで平行化レンズを用いて実現された平行度と同程度であるため、新しい光学系を設計する際に最適化のパラメータが共通化できることが判明している。
以上のことから計画はやや遅れているが、高分解能・高感度核共鳴振動分光装置を完成させる道筋の上で、大きな問題はなく、遅れを除けば順調に推移している。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度にはBL09XUおよびBL19LXUで実現する入射X線にあわせた高分解能モノクロメータを設計・製作する。これまでGe結晶を第一結晶として利用してきたが、放射線損傷を回避するとともに反射率を向上するために、Si結晶の利用を検討している。計算では現在の光学系の5割以上のフラックスが得られる予定である。
一方、平成28年度の製作した平行化レンズに放射線による劣化が観測されているため、本来の性能が発揮できるように平行化レンズの一部を修正・修復する。
平行化レンズおよび高分解能モノクロメータとともに平成29年度に製作した高分解能モノクロメータシステムを組み合わせ、高分解能・高感度核共鳴振動分光装置を構築する。この装置の反射率や分解能を評価するともに、鉄酵素試料の測定を行う。最終的には、開発した装置の性能を活かして、未だ酵素において観測されたことのない鉄と水素の伸縮振動モードの観測をめざす。

  • Research Products

    (15 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (14 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] University California Davis(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University California Davis
  • [Journal Article] Structural Relaxation and Viscoelasticity of a Higher Alcohol with Mesoscopic Structure2018

    • Author(s)
      Yamaguchi Tsuyoshi、Saito Makina、Yoshida Koji、Yamaguchi Toshio、Yoda Yoshitaka、Seto Makoto
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 9 Pages: 298~301

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.7b02907

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nuclear resonant scattering experiment with fast time response: Photonuclear excitation of Hg2012018

    • Author(s)
      Yoshimi A.、Hara H.、Hiraki T.、Kasamatsu Y.、Kitao S.、Kobayashi Y.、Konashi K.、Masuda R.、Masuda T.、Miyamoto Y.、Okai K.、Okubo S.、Ozaki R.、Sasao N.、Sato O.、Seto M.、Schumm T.、Shigekawa Y.、Stellmer S.、Suzuki K.、Uetake S.、Watanabe M.、Yamaguchi A.、Yasuda Y.、Yoda Y.、Yoshimura K.、Yoshimura M.
    • Journal Title

      Physical Review C

      Volume: 97 Pages: 024607

    • DOI

      10.1103/PhysRevC.97.024607

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 57Fe nuclear resonant inelastic scattering of Fe1.1Te2018

    • Author(s)
      Kurokuzu Masayuki、Kitao Shinji、Kobayashi Yasuhiro、Saito Makina、Masuda Ryo、Mitsui Takaya、Yoda Yoshitaka、Seto Makoto
    • Journal Title

      Hyperfine Interactions

      Volume: 239 Pages: 9

    • DOI

      10.1007/s10751-017-1484-9

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Measurement of nuclear resonant scattering on 61Ni with fast scintillation detector using proportional-mode silicon avalanche photodiode2018

    • Author(s)
      Inoue Keisuke、Kobayashi Yasuhiro、Yoda Yoshitaka、Koshimizu Masanori、Nishikido Fumihiko、Haruki Rie、Kishimoto Shunji
    • Journal Title

      Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A: Accelerators, Spectrometers, Detectors and Associated Equipment

      Volume: 880 Pages: 87~91

    • DOI

      10.1016/j.nima.2017.10.029

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ice crystal growth under the presence of krypton and methane at low temperature2018

    • Author(s)
      Kawauchi Taizo、Yoda Yoshitaka、Fukutani Katsuyuki
    • Journal Title

      Journal of Crystal Growth

      Volume: 483 Pages: 52~56

    • DOI

      10.1016/j.jcrysgro.2017.11.018

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Peroxide Activation for Electrophilic Reactivity by the Binuclear Non-heme Iron Enzyme AurF2017

    • Author(s)
      Park Kiyoung、Li Ning、Kwak Yeonju、Srnec Martin、Bell Caleb B.、Liu Lei V.、Wong Shaun D.、Yoda Yoshitaka、Kitao Shinji、Seto Makoto、Hu Michael、Zhao Jiyong、Krebs Carsten、Bollinger J. Martin、Solomon Edward I.
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 139 Pages: 7062~7070

    • DOI

      10.1021/jacs.7b02997

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Reaction Coordinate Leading to H2 Production in [FeFe]-Hydrogenase Identified by Nuclear Resonance Vibrational Spectroscopy and Density Functional Theory2017

    • Author(s)
      Pelmenschikov Vladimir、Birrell James A.、Pham Cindy C.、Mishra Nakul、Wang Hongxin、Sommer Constanze、Reijerse Edward、Richers Casseday P.、Tamasaku Kenji、Yoda Yoshitaka、Rauchfuss Thomas B.、Lubitz Wolfgang、Cramer Stephen P.
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 139 Pages: 16894~16902

    • DOI

      10.1021/jacs.7b09751

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Synchrotron radiation-based quasi-elastic scattering using time-domain interferometry with multi-line gamma rays2017

    • Author(s)
      Saito Makina、Masuda Ryo、Yoda Yoshitaka、Seto Makoto
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 12558

    • DOI

      10.1038/s41598-017-12216-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Thickness dependence of Morin transition temperature in iridium-doped hematite layers studied through nuclear resonant scattering2017

    • Author(s)
      Mibu Ko、Mikami Kazuaki、Tanaka Masaaki、Masuda Ryo、Yoda Yoshitaka、Seto Makoto
    • Journal Title

      Hyperfine Interactions

      Volume: 238 Pages: 92

    • DOI

      10.1007/s10751-017-1470-2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sm valence states and magnetic properties in SmBe13 and SmTi2Al20 investigated by Sm synchrotron-radiation-based M?ssbauer spectroscopy2017

    • Author(s)
      Tsutsui Satoshi、Kobayashi Yoshio、Nakamura Jin、Kubo Michael K.、Amagasa Shota、Yamada Yasuhiro、Yoda Yoshitaka、Shimizu Yusei、Hidaka Hiroyuki、Yanagisawa Tatsuya、Amitsuka Hiroshi、Yamada Akira、Higashinaka Ryuji、Matsuda Tatsuma D.、Aoki Yuji
    • Journal Title

      Hyperfine Interactions

      Volume: 238 Pages: 100

    • DOI

      10.1007/s10751-017-1473-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Impurity position and lattice distortion in a Mn-doped Bi2Te3 topological insulator investigated by x-ray fluorescence holography and x-ray absorption fine structure2017

    • Author(s)
      Hosokawa Shinya、Stellhorn Jens R?diger、Matsushita Tomohiro、Happo Naohisa、Kimura Koji、Hayashi Koichi、Ebisu Yoshihiro、Ozaki Toru、Ikemoto Hiroyuki、Setoyama Hiroyuki、Okajima Toshihiro、Yoda Yoshitaka、Ishii Hirofumi、Liao Yen-Fa、Kitaura Mamoru、Sasaki Minoru
    • Journal Title

      Physical Review B

      Volume: 96 Pages: 214207

    • DOI

      10.1103/PhysRevB.96.214207

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effect of silica nanoparticle filler on microscopic polymer α-relaxation dynamics2017

    • Author(s)
      Saito Makina、Mashita Ryo、Kishimoto Hiroyuki、Masuda Ryo、Yoda Yoshitaka、Seto Makoto
    • Journal Title

      Hyperfine Interactions

      Volume: 238 Pages: 99

    • DOI

      10.1007/s10751-017-1466-y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolution of synchrotron-radiation-based Mossbauer absorption spectroscopy for various isotopes2017

    • Author(s)
      Seto Makoto、Masuda Ryo、Kobayashi Yasuhiro、Kitao Shinji、Kurokuzu Masayuki、Saito Makina、Hosokawa Shuuich、Ishibashi Hiroki、Mitsui Takaya、Yoda Yoshitaka、Mibu Ko
    • Journal Title

      Hyperfine Interactions

      Volume: 238 Pages: 78

    • DOI

      10.1007/s10751-017-1446-2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fast x-ray detector system with simultaneous measurement of timing and energy for a single photon2017

    • Author(s)
      Masuda T.、Okubo S.、Hara H.、Hiraki T.、Kitao S.、Miyamoto Y.、Okai K.、Ozaki R.、Sasao N.、Seto M.、Uetake S.、Yamaguchi A.、Yoda Y.、Yoshimi A.、Yoshimura K.
    • Journal Title

      Review of Scientific Instruments

      Volume: 88 Pages: 063105~063105

    • DOI

      10.1063/1.4989405

    • Peer Reviewed

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-05-20  

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