2016 Fiscal Year Annual Research Report
Molecular mechanism of alternative splicing regulation by phytochrome
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16H04808
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
松下 智直 九州大学, 農学研究院, 准教授 (20464399)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | フィトクロム / 選択的スプライシング / 植物 / 遺伝子発現制御 / 光受容体 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
植物の主要な光受容体であるフィトクロムは、PIFと呼ばれる転写因子群を介して標的遺伝子の転写制御を行うことで、植物の光応答を引き起こすと考えられている。しかし我々は最近、フィトクロムの下流因子として新奇スプライシング因子RRC1を順遺伝学的に同定したことをきっかけに、フィトクロムが転写制御に加え、それとほぼ同じ規模で選択的スプライシング制御も行うことで、植物の光応答を引き起こすことを明らかにした。そこで本研究では、現在不明である、フィトクロムによる選択的スプライシング制御の分子機構解明を目的として、RRC1が当該制御にどのように関与するのかを明らかにし、さらに当該制御に関わる新奇因子の同定を試みる。本年度は、シロイヌナズナ芽生えの脱黄化過程において大規模なmRNA-seq解析を行うことで、野生株で見られるフィトクロムシグナル依存的な選択的スプライシングパターン変化にRRC1やRRIPが必要であることを明らかにした。さらに、フィトクロムによる選択的スプライシング制御を受ける1500ほどの標的遺伝子について、フィトクロムシグナルの有無によって変化するスプライス部位周辺のエキソンもしくはイントロン領域に濃縮される塩基配列をそれぞれ解析することで、当該制御に関わるシス配列候補を同定した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
申請書に記載の計画通り、mRNA-seq解析によってフィトクロムによる選択的スプライシング制御へのRRC1 / RRIPの関与を明らかにし、またフィトクロムによる選択的スプライシング制御の標的遺伝子に濃縮されるシス配列を同定することができたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
フィトクロムによる選択的スプライシング制御の分子機構解明を目指し、さらに今後、当該制御に関わるRRC1 / RRIP以外の新奇スプライシング因子の同定を狙う。そのために、２つの戦略で研究を進める。1つは、活性型全長フィトクロム分子に結合するスプライシング因子を網羅的に同定するという、上流からのアプローチであり、もう一つは、フィトクロムによる選択的スプライシング制御の標的遺伝子に濃縮されるシス配列に結合するスプライシング因子を同定するという、下流からのアプローチである。
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Research Products
(10 results)
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[Journal Article] Light controls protein localization through phytochrome-mediated alternative promoter selection2017
Author(s)
Ushijima T, Hanada K, Gotoh E, Yamori W, Kodama Y, Tanaka H, Kusano M, Fukushima A, Tokizawa M, Yamamoto YY, Tada Y, Suzuki Y, and Matsushita T
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Journal Title
Cell
Volume: 171
Pages: 1316-1325
DOI
Peer Reviewed
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