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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Study on the residual green alga-derived nucleomorphs in dinoflagellates

Research Project

Project/Area Number 16H04826
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

稲垣 祐司  筑波大学, 計算科学研究センター, 教授 (50387958)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 谷藤 吾朗  独立行政法人国立科学博物館, 動物研究部, 研究員 (70438480)
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywords細胞内共生 / 二次共生 / ヌクレオモルフ / ゲノム縮退 / 渦鞭毛藻
Outline of Annual Research Achievements

細胞内共生した緑藻と紅藻が葉緑体化した「二次共生」の過程で、ほとんどの共生藻は葉緑体以外の細胞内構造を失った。しかし、クロララクニオン藻とクリプト藻は高度に縮退したゲノムをふくむ共生藻痕跡核〔ヌクレオモルフ;NM〕を保持しているため、二次共生に伴う共生藻核ゲノム縮退の中間段階モデルとして研究されてきた。一方で、ゲノム縮退過程をより詳しく理解するには縮退段階の異なるNMゲノムが有効だが、NMをもつ新たな真核藻類は過去30年間発見されていなかった。本研究では、NMをもつ新奇渦鞭毛藻TRD-151株およびMRD-132株を対象に、二次共生に伴う共生藻核ゲノムの進化の共通原理を解明することを目標とした。
H29年度までに検出したTRD-151株およびMRD-132株の共生緑藻由来遺伝子群についてさらに詳細に解析した。その結果、どちらの渦鞭毛藻においてmRNA合成、タンパク質合成、DNA複製に関わる共生緑藻由来タンパク質(ハウスキーピングタンパク質)は、宿主渦鞭毛藻ゲノムよりもNMゲノムにコードされる傾向が強いことが判明した。その一方、細胞内の代謝に関わる共生緑藻由来タンパク質は、宿主渦鞭毛藻ゲノムとNMゲノム双方にコードされていると予想された。これは、渦鞭毛藻細胞が共生緑藻を葉緑体として統合する過程で遺伝子の機能カテゴリー毎に、共生体ゲノムから宿主ゲノムへ転移のしやすさが異なることを示す。NMをもつクロララクニオン藻とクリプト藻においても、宿主ゲノム-共生体ゲノム間で遺伝子転移について、同様の傾向が報告されている。また、TRD-151株およびMRD-132株で検出された共生緑藻由来タンパク質の一部は、宿主ゲノムと共生体ゲノムの両方にコードされていることが判明した。これは2種の渦鞭毛藻において宿主ゲノム-共生体ゲノム間で遺伝子転移が完結していないことを示唆する。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (18 results)

All 2019 2018

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Horizontally-acquired genetic elements in the mitochondrial genome of a centrohelid Marophrys sp. SRT1272019

    • Author(s)
      Yuki Nishimura、Takashi Shiratori、Ken-ichiro Ishida、Tetsuo Hashimoto、Moriya Ohkuma、Yuji Inagaki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 4850

    • DOI

      10.1038/s41598-019-41238-6

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Patterns in evolutionary origins of heme, chlorophyll a and isopentenyl diphosphate biosynthetic pathways suggest non-photosynthetic periods prior to plastid replacements in dinoflagellates2018

    • Author(s)
      Matsuo Eriko、Inagaki Yuji
    • Journal Title

      PeerJ

      Volume: 6 Pages: e5345~e5345

    • DOI

      10.7717/peerj.5345

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Fates of Evolutionarily Distinct, Plastid-type Glyceraldehyde 3-phosphate Dehydrogenase Genes in Kareniacean Dinoflagellates2018

    • Author(s)
      Kamikawa Ryoma、Yazaki Euki、Tahara Michiru、Sakura Takaya、Matsuo Eriko、Nagamune Kisaburo、Hashimoto Tetsuo、Inagaki Yuji
    • Journal Title

      Journal of Eukaryotic Microbiology

      Volume: 65 Pages: 669~678

    • DOI

      10.1111/jeu.12512

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 新奇原生生物SRT308株が明らかにするユーグレノゾアの初期進化2019

    • Author(s)
      白鳥峻志,矢崎裕規,久米慶太郎,稲垣祐司,橋本哲男,石田健一郎
    • Organizer
      日本藻類学会第43回大会
  • [Presentation] 有孔虫の大規模分岐年代推定2019

    • Author(s)
      石谷佳之,矢崎裕規,氏家由利香,稲垣祐司
    • Organizer
      高知大学海洋コア総合研究センター共同利用成果報告会
  • [Presentation] ゲノム・トランスクリプトームデータを用いて推測される真核生物の初期分岐2019

    • Author(s)
      稲垣祐司
    • Organizer
      第1回ゲノム・分子進化・構造の会
    • Invited
  • [Presentation] Heterotrophic side of the tree of the eukaryotic life2019

    • Author(s)
      Yuji Inagaki
    • Organizer
      Seminor in Station Biologique de Roscoff
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 有殻アメーバのゲノム解析から見えてきた一次細胞内共生進化におけるDNAウイルスの役割2018

    • Author(s)
      松尾充啓,潟端篤,立川誠,水口洋平,野口英樹,豊田敦,藤山秋佐夫,鈴木穣,佐藤壮一郎,中山卓郎,神川龍馬,野村真未,稲垣祐司,石田健一郎,小保方潤一
    • Organizer
      日本共生学会第2回大会
  • [Presentation] オートファジーの普遍性の検証 ~オピストコンタとその近縁系統について~2018

    • Author(s)
      矢﨑裕規,上原忠晃,Guifre Torruella,水島昇,橋本哲男,稲垣祐司
    • Organizer
      第11回オートファジー研究会
  • [Presentation] 渦鞭毛藻細胞内共生珪藻にもオートファジーはあるのか?!2018

    • Author(s)
      矢﨑裕規,上原忠晃,坂本寛和,水島昇,橋本哲男,稲垣祐司
    • Organizer
      第51回日本原生生物学会大会
  • [Presentation] Recent progress in understanding the early evolution of eukaryotes based on phylogenomic data-analyses2018

    • Author(s)
      Yuji Inagaki
    • Organizer
      第10回「学際計算科学による新たな知の発見・統合・創出」シンポジウム
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] オピストコンタおよび近縁系統におけるオートファジー関連遺伝子の網羅的探索2018

    • Author(s)
      上原忠晃,矢﨑裕規,Guifre Torruella,橋本哲男,稲垣祐司
    • Organizer
      日本進化学会第20回大会
  • [Presentation] Orphan protistology,accelerating in Japan2018

    • Author(s)
      Takashi Shiratori,Akinori Yabuki,Euki Yazaki,Yuki Nishimura,Moriya Ohkuma,Katsunori Fujikura,Tetsuo Hashimoto,Yuji Inagaki,Ken-ichiro Ishida
    • Organizer
      Joint meeting of the Japan Society of Protistology and the Korean Society of Protozoologists
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Phylogenomic approach to the early evolution of Foraminifera2018

    • Author(s)
      Yoshiyuki Ishitani,Yurika Ujiie,Euki Yazaki,Takashi Toyofuku,Yukiko Nagai,Yuji Inagaki
    • Organizer
      FORAMS2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Novel eukaryotes for elucidating the early eukaryotic evolution2018

    • Author(s)
      Yuji Inagaki
    • Organizer
      ISEP18
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Genome analysis of a symbiotic cyanobacterium in a dinophysialean dinoflagellate,Orthocercus magnificus2018

    • Author(s)
      Takuro Nakayama,Yoshito Takano,Mami Nomura,Kogiku Shiba,Kazuo Inaba,Goro Tanifuji,Yuji Inagaki,Masakado Kawata
    • Organizer
      ISEP18
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Comparative genomics of photosynthetic and non-photosynthetic Cryptomonas (Cryptophyta) species2018

    • Author(s)
      Goro Tanifuji,Ryoma Kmikawa,Chista E Moore,Tyler Mills,Naoko T Onodera,John M Archibald,Yuji Inagaki,Tetsuo Hahismoto
    • Organizer
      ISEP18
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mitochondrial genome of strain SRT308: insights into structure and gene content fo the ancestral euglenozoan mitochondrial genome2018

    • Author(s)
      Euki Yazaki,Takashi Shiratori,Keitaro Kume,Tetsuo Hashimoto,Ken-ichiro Ishida,Yuji Inagaki
    • Organizer
      ISEP18
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2019-12-27  

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