2017 Fiscal Year Annual Research Report
植物の生態型分化機構研究：アキノキリンソウ群多様化の比較ゲノム解析
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16H04827
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
伊藤 元己 東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (00193524)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
久保田 渉誠 東京大学, 大学院総合文化研究科, 助教 (10771701)
阪口 翔太 京都大学, 人間・環境学研究科, 助教 (50726809)
牧 雅之 東北大学, 学術資源研究公開センター, 教授 (60263985)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 生態型分化 / アキノキリンソウ / ゲノム解析 / 種分化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
28年度に引き続き、アキノキリンソウの全ゲノム配列の決定のための配列取得を行った。28年度の同様に、PacBio RSIIによるロングリード解析とIllumina HiSeqによりショートリード解析の追加解析を行い、全体カバー率は75%、遺伝子カバー率は85％まで上昇し、これを第一次ドラフトゲノム配列として用いた。さらなるカバー率の上昇を目指し、chromiumシステムによる解析を行った。このデータは現在、アセンブル中であり、30年度に加える予定である。
リファレンスゲノム配列が得られたため、リシークエンスにより、生態型特有のゲノム配列の抽出を行った。29年度は北海道産の蛇紋岩型アキノキリンソウと林床型アキノキリンソウ（通常タイプ）および屋久島産イッスンキンカについて、各10個体について、Illumina HiSeqによるショートリード解析の配列情報を得て、リファレンス配列を参照して配列の統合を行った。その上で、各生態型に特有の配列をゲノムワイドに探索し、20領域以上の候補領域の特定を行った。
28年度に作成したF1を用いて、相互交配によりF2個体の作成を試みた。その結果、多数種子が得られたので播種した。3月末現在、まだ開花には至らないが、葉の形質を見る限り、両親生態型に近い個体から中間の形態の個体まで多様なF2個体が得られている。これらの個体は開花後に形質測定とリシークエンスによるゲノム配列決定を行い、ゲノム配列と形質の関連解析および自然選択圧の検出を行う。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
全ゲノムリファレンス配列のドラフトが得られたため、その後の解析は順調に進行した。
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| Strategy for Future Research Activity |
特に研究計画上の問題はないので、予定通り研究を進める。
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