2016 Fiscal Year Annual Research Report
新規分離培養戦略で実現する微生物ダークマターの獲得
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16H04833
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| Research Institution | Hiroshima University |
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Principal Investigator |
金田一 智規 広島大学, 工学研究院, 助教 (10379901)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
青井 議輝 広島大学, サステナブル・ディベロップメント実践研究センター, 特任講師 (40386636)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 群集・生態系多様性 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Candidate division SR1門、Candidate division BD1-5門およびCandidate division OD1門を対象に系統解析とFISHプローブの作製、プローブを用いた可視化を行った。SR1門とBD1-5門についてはそれぞれに特異性を有するプライマーセットを使用することで系統樹を作製することができた。それぞれの系統樹を用いて4つのFISHプローブを設計することができた。さらにClone-FISH法によりホルムアミド濃度を最適化することができた。最終的に活性汚泥内のSR1門とBD1-5門の可視化に成功した。OD1門については特異性を有するプライマーセットの選定が難しく、系統樹の構築には至っていない。
Candidate division TM7門に関しては、既報のプライマーセットの特異性を疑問視する論文が発表されたため、プライマーセットの特異性の評価を行った。素の結果、TM7に特異性を有する定量PCR用のプライマーセットを選定することができた。
セルソーターを用いた新規分離培養手法には関しては複合微生物系であるアナモックス細菌の分離に成功し、分離手法の確立に成功している。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ほとんどの項目は順調に進んでいるが、OD1については系統解析の段階から進んでいないため。
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| Strategy for Future Research Activity |
Candidate division SR1門、Candidate division BD1-5門およびCandidate division OD1門を対象としたFISHプローブによる可視化を早期に実現させ、できるだけ早くMAR-FISH法を行い、各細菌群の増殖可能な有機物の特定を行う。さらにバイオリアクターを用いた対象細菌群の集積培養についても取り組む。
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