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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Molecular mechanisms of phenotypic plasticity for abnormal growth in interspecific hybrids of wheat

Research Project

Project/Area Number 16H04862
Research InstitutionKobe University

Principal Investigator

宅見 薫雄  神戸大学, 農学研究科, 教授 (50249166)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2020-03-31
Keywords生殖隔離 / 高密度連鎖地図 / ゲノム解析 / 種間雑種
Outline of Annual Research Achievements

パンコムギ育種において、タルホコムギ等の近縁野生種からの病害抵抗性遺伝子や種子貯蔵タンパク質遺伝子の導入が図られているが、実際には種間の生殖隔離が障壁となっている。コムギ近縁種間で交雑を行うと種間雑種において「Grass clump dwarf(異常分げつ矮性)」と呼ばれる表現型がしばしば観察されるが、二粒系コムギとタルホコムギの種間雑種では低温下でtype IIネクローシス、常温下では異常分げつ矮性を示す。本研究ではこのような雑種生育異常の原因遺伝子の単離を目指す。
今年度は、この異常分げつ矮性のタルホコムギ側原因遺伝子Net2に加えて、ハイブリッドクロロシスのタルホコムギ側原因遺伝子Hch1の2つの遺伝子座について解析を進めた。ハイブリッドクロロシス系統の幼苗葉の経時的なRNA-seq解析データに基づき候補遺伝子を1つに絞り込むとともに、RT-PCR解析により絞り込んだ遺伝子が二粒系コムギとタルホコムギの雑種特異的に発現すること、クロロシスを発症する交雑組合せではそうでない組合せよりもこの遺伝子の発現量が高いことを明らかにした。また、候補遺伝子領域内には正常な雑種を作る系統とクロロシスを示す雑種を作る系統間でcDNA内に1箇所非同義置換があり、プロモーター領域には複数のSNPsが認められた。Net2領域でもHch1と同様の方法により、候補遺伝子を2つにまで絞り込むことができた。
また、二粒系コムギとAegilops umbellulataの種間雑種で見られる温度に影響されない異常分げつ矮性について、Ae. umbellulata側の原因遺伝子を6U染色体長腕上に位置づけ、RNA-seqデータを取得した。さらに二粒系コムギと野生一粒系コムギの雑種に見られる雑種矮性について、バルクRNA-seq解析によって原因遺伝子を7Am染色体長碗上に位置付けた。この異常分げつ矮性ではmiR156-SPL遺伝子モジュールに温度非感受性で発現異常が認められた。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (19 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Introgression of chromosomal segments conferring early heading date from wheat diploid progenitor, Aegilops tauschii Coss., into Japanese elite wheat cultivars2020

    • Author(s)
      Takumi Shigeo、Mitta Seito、Komura Shoya、Ikeda Tatsuya M.、Matsunaka Hitoshi、Sato Kazuhiro、Yoshida Kentaro、Murai Koji
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 15 Pages: e0228397

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0228397

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Heterologous expression of wheat WRKY transcription factor genes transcriptionally activated in hybrid necrosis strains alters abiotic and biotic stress tolerance in transgenic Arabidopsis2020

    • Author(s)
      Kuki Yasunobu、Ohno Ryoko、Yoshida Kentaro、Takumi Shigeo
    • Journal Title

      Plant Physiology and Biochemistry

      Volume: 150 Pages: 71~79

    • DOI

      10.1016/j.plaphy.2020.02.029

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Diploid genome differentiation conferred by RNA sequencing-based survey of genome-wide polymorphisms throughout homoeologous loci in Triticum and Aegilops2020

    • Author(s)
      Tanaka Sayaka、Yoshida Kentaro、Sato Kazuhiro、Takumi Shigeo
    • Journal Title

      BMC Genomics

      Volume: 21 Pages: 246

    • DOI

      10.1186/s12864-020-6664-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Origin of wheat B-genome chromosomes inferred from RNA sequencing analysis of leaf transcripts from section Sitopsis species of Aegilops2019

    • Author(s)
      Miki Yuka、Yoshida Kentaro、Mizuno Nobuyuki、Nasuda Shuhei、Sato Kazuhiro、Takumi Shigeo
    • Journal Title

      DNA Research

      Volume: 26 Pages: 171~182

    • DOI

      10.1093/dnares/dsy047

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genome-wide polymorphisms from RNA sequencing assembly of leaf transcripts facilitate phylogenetic analysis and molecular marker development in wild einkorn wheat2019

    • Author(s)
      Asami Michikawa、Kentaro Yoshida、Moeko Okada、Kazuhiro Sato、Shigeo Takumi
    • Journal Title

      Molecular Genetics and Genomics

      Volume: 294 Pages: 1327~1341

    • DOI

      10.1007/s00438-019-01581-9

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] コムギ近縁野生種における集団構造と出穂期制御の関係、及びその育種利用2020

    • Author(s)
      宅見薫雄
    • Organizer
      日本生態学会第67回大会
    • Invited
  • [Presentation] コムギ近縁野生種のMあるいはNゲノムを持つ合成異質6倍体の作出と表現型変異2020

    • Author(s)
      田中紗弥夏、吉田健太郎、長岐清孝、池田達哉、宅見薫雄
    • Organizer
      日本育種学会第137回講演会
  • [Presentation] RNA-seq-based bulked segregant analysis of the causal U-genome gene for grass-clump dwarfism in interspecific hybrids between tetraploid wheat and wild wheat relative Aegilops umbellulata2019

    • Author(s)
      Moeko Okada、Kentaro Yoshida、Kazuhiro Sato、Shigeo Takumi
    • Organizer
      1st International Wheat Congress
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Genome-wide marker development based on RNA sequencing of leaf transcripts in wild einkorn wheat2019

    • Author(s)
      Asami Michikawa、Kentaro Yoshida、Moeko Okada、Kazuhiro Sato、Shigeo Takumi
    • Organizer
      1st International Wheat Congress
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] RNA-seq-based polymorphisms in the section Sitopsis species reveal the origin of wheat B-genome chromosomes2019

    • Author(s)
      Yuka Miki、Kentaro Yoshida、Kazuhiro Sato、Shigeo Takumi
    • Organizer
      1st International Wheat Congress
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Phenotypic variation and RNA-seq-based genome-wide polymorphisms in wild diploid wheat relative Aegilops umbellulata2019

    • Author(s)
      Nozomi Kasazumi、Moeko Okada、Kentaro Yoshida、Shigeo Takumi
    • Organizer
      1st International Wheat Congress
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Production and phenotypic analysis of synthetic allohexaploid lines having durum wheat and wild diploid relative genomes2019

    • Author(s)
      Shigeo Takumi、Asami Michikawa、Yuka Miki、Sayaka Tanaka、Moeko Okada、Kiyotaka Nagaki、Kazuhiro Sato、Tatsuya M. Ikeda、Kentaro Yoshida、Yoshihiro Matsuoka
    • Organizer
      1st International Wheat Congress
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 二粒系コムギと一粒系コムギ間の合成コムギにみられる雑種矮性原因遺伝子の遺伝解析2019

    • Author(s)
      道川麻美、吉田健太郎、佐藤和広,、宅見薫雄
    • Organizer
      日本育種学会第136回講演会
  • [Presentation] GRAS-Diによるタルホコムギ組換え自殖系統群の超高密度連鎖地図の作製2019

    • Author(s)
      三木祐香、榎宏征、鈴木一代、稲盛稔、吉田健太郎、宅見薫雄
    • Organizer
      日本育種学会第136回講演会
  • [Presentation] 2倍体コムギ近縁野生種Aegilops umbellulataのRNA-seqデータに基づくGWA解析系の確立2019

    • Author(s)
      笠澄望、岡田萌子、吉田健太郎、宅見薫雄
    • Organizer
      日本育種学会第136回講演会
  • [Presentation] RNA-seqによって得られたゲノムワイド多型データに基づくコムギ2倍体近縁種間の系統関係2019

    • Author(s)
      田中紗弥夏、吉田健太郎、佐藤和広、宅見薫雄
    • Organizer
      日本育種学会第136回講演会
  • [Presentation] 早生型合成コムギへのパンコムギ品種戻し交配後選抜系統のグラフィカルジェノタイピング2019

    • Author(s)
      古村翔也、吉田健太郎、三田聖人、池田達哉、佐藤和広、村井耕二、宅見薫雄
    • Organizer
      日本育種学会第136回講演会
  • [Remarks] Laboratory of Plant Genetics, Kobe University

    • URL

      https://www.plantgeneticskobeu.org/?lang=ja

  • [Remarks] 神戸大学インターゲノミクス研究会

    • URL

      http://www.research.kobe-u.ac.jp/ans-intergenomics/index.html

URL: 

Published: 2021-01-27  

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