2019 Fiscal Year Annual Research Report
Comprehensive analysis for responsible genes associated with fatty acid composition in cattle
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16H05015
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| Research Institution | Kobe University |
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Principal Investigator |
万年 英之 神戸大学, 農学研究科, 教授 (20263395)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
小林 栄治 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 畜産研究部門, ユニット長 (00186727)
本多 健 神戸大学, 農学研究科, 助教 (10432551)
笹崎 晋史 神戸大学, 農学研究科, 准教授 (50457115)
大山 憲二 神戸大学, 農学研究科, 教授 (70322203)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | ウシ / 脂肪酸組成 / 責任遺伝子 / 全ゲノムリシーケンス / 関連解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、同定されたBTA9のQTLに対して、近年次世代シーケンス技術の発達により利用可能となった全ゲノムリシーケンス解析を適用し責任候補多型の網羅的探索を試みた。全ゲノムリシーケンス解析には、GWASのDNAプール作成に用いたC18:1に関する上位および下位の個体より、それぞれ4個体ずつ用いた。GWASにおいて最も低いp値を示したSNP（Hapmap43702-BTA-84086）より上流および下流に5Mbpを候補領域とし、解析に用いた8個体にリファレンスを加えた9個体間で多型探索を実施した結果、全39,658多型を検出した。そのうち10,045多型が遺伝子内に位置していた。さらにHapmap43702-BTA-84086との連鎖不平衡（LD）程度を予測する指標として上位4個体と下位4個体間にけるアリルの異なる数を算出し、4アリル以上異なっていた1,993多型を候補として絞り込んだ。続いてそれらの候補多型が位置していた23遺伝子について、NCBIデータベースを基に機能の調査を実施した。結果として、脂肪酸の代謝に関わることが予想されたCYB5R4、MED23、VNN1の3遺伝子を候補遺伝子と認め、それぞれの遺伝子における候補多型として、CYB5R4 c.*349G>T、MED23 c.3700G>A、VNN1 c.197C>Tを選出した。これらSNPの兵庫県黒毛和種899頭におけるC18:1との関連を調査した結果、3 SNPはいずれもC18:1と有意な関連を示し、QTLに対する責任変異である可能性を示した。特に、CYB5R4 c.*349G>TはHapmap43702-BTA-84086よりも低いp値を示し、遺伝分散を説明する割合も最も高い値が算出されたため、現段階における最有力候補であることを示した。
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| Research Progress Status |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和元年度が最終年度であるため、記入しない。
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