2018 Fiscal Year Annual Research Report
Nation-wide spatio-temporal phylogenomics of E. coli O157 and search for high risk O157 lineages
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16H05190
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
林 哲也 九州大学, 医学研究院, 教授 (10173014)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大西 真 国立感染症研究所, 副所長, 副所長 (10233214)
秋庭 正人 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 動物衛生研究部門, 研究領域長 (60355211)
伊藤 武彦 東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (90501106)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 腸管出血性大腸菌O157 / ゲノム / 疫学 / HUS |
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| Outline of Annual Research Achievements |
(1)ゲノム情報の取得：2010年のヒト分離株と残りのウシ由来株のドラフト配列を取得した（2005、2015年のヒト由来株と一部のウシ由来株は前年度までに取得済み）。
(2)高精度系統解析と比較ゲノム解析：ヒト由来株株（2354株）とウシ由来株（270株）のドラフト配列と参照配列（O157堺株）との比較から、O157のコアゲノム領域に存在する全SNPを同定した。これを用いて、ゲノム情報に基づく高精度系統解析を行った。その結果、我が国における優勢クローン・亜系統を同定し、中期的なO157クローンのturnover（ヒト優勢クローンの変化）を明らかにした。ウシ常在系統とヒト優勢クローンとの関連性については特に優位な関連は認められなかった。
(3) Stx2定量系の構築：Stx2の定量に関しては、これまで使用してきた測定系が国内では発売中止となったため、新たに測定系を開発した。現在、プロトタイプの段階であるが、条件設定や感度検定等が終了し次第、主な系統から代表株を選択し、系統毎のStx2産生量を測定する予定となっている。
(4)Stx2ファージのサブタイピング：リード配列を利用した新たなタイピング法を開発し、全株のStx2ファージのサブタイプを決定した。この解析により、各亜系統に特異的なStx2ファージサブタイプを同定した。さらに、複数の亜系統内でサブタイプの変化が生じていることが明らかになった。Stx2産生量の測定ができた段階で、Stx2ファージのサブタイプとStx2産生量との関連を解明する予定である。
(5)現在進行中のより詳細な解析：公共データベースから海外株の配列を取得し、高精度系統解析を再度行うとともに、優勢クローンの出現時期の推定、系統特異的遺伝子の同定、臨床情報等と菌株の系統情報の統合解析等を進めており、高リスククローン・亜系統の同定とその特性と動態の解明を目指している。
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| Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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