2018 Fiscal Year Annual Research Report
Exome analysis identifed a molecular origin of primary immunodeficiency
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16H05356
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| Research Institution | The University of Tokushima |
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Principal Investigator |
峯岸 克行 徳島大学, 先端酵素学研究所(プロテオ), 教授 (10343154)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 原発性免疫不全症候群 / エクソーム解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
高IgE症候群の新規の原因遺伝子を同定するために、高IgE症候群の臨床症状を呈しながら、これまでに報告されている高IgE症候群の原因遺伝子、STAT3, TYK2 (Tyrosine kinase 2), DOCK8(Dedicator of cytokinesis 8), PGM3(Phosphoglucomutase 3)に異常のない高IgE症候群のゲノムDNAを用いて検討を行った。患児の末梢血由来のゲノムDNAから、Agilent社のSureSelect Humanを用いてエクソン領域を濃縮し、次世代シークエンスを実施した。候補遺伝子に対して、その遺伝子の免疫系での発現、これまでに明らかにされている遺伝子機能、遺伝子変異部位に存在する機能ドメイン、遺伝子多型頻度等のデータベース情報を利用して候補遺伝子変異をフィルタリングした。原因遺伝子の探索は、遺伝形式を仮定し、それぞれの仮説と一致したホモ、ヘテロ、コンパウンドヘテロの変異を抽出したのち、それが原因遺伝子変異かどうかをバイオインフォーマティクスにより詳細に検討した。マッピングと品質管理を実施したところ、すべての症例でdepthが20以上の領域が全エクソンの95％以上だった。変異検出をGenome Analysis Toolkitで行い、１名の高IgE症候群症例当たり約15000個の遺伝子変異を見出した。その内訳はナンセンス変異が約150個、フレームシフト変異が約150個、スプライス変異が約150個、それ以外のミスセンス変異が約14550個であった。これから、遺伝子の機能、発現、遺伝子の機能ドメインの部位、遺伝子多型の頻度等を考慮に入れて、数個の有力な原因候補遺伝子変異を得た。
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| Research Progress Status |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
平成30年度が最終年度であるため、記入しない。
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