Development of expression biomarkers to estimate nutrient conditions

2018 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 16H06171
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (A)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Plant molecular biology/Plant physiology
• Research Institution: Ryukoku University
• Principal Investigator: Nagano Atsushi 龍谷大学, 農学部, 講師 (00619877)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: トランスクリプトーム / 栄養 / リン / 発現マーカー / 統計モデリング / 機械学習

Outline of Final Research Achievements

It is important to measure quantity of nutrients in plants for plant science and agriculture. In this study, we develop gene-expression markers to estimate the quantity of nutrients. Low-cost and high-throughput RNA-Seq library preparation system was updated for collecting massive transcriptome data to train the markers. We developed the markers using transcriptome data and trait data of samples in various nutrient conditions, temperature conditions, light conditions and circadian timings.

Free Research Field

植物分子生理学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究で開発した植物の栄養状態を推定する発現マーカーは、作物の栄養状態の診断や適切な施肥タイミングや施肥方法の検討に役立つと考えられる。また、野生植物への応用が可能になった場合には、熱帯林の一斉開花や、ブナの豊凶、地域の植生などを予測するモデルと組み合わせて用いることで、これらの予測の精度を高められる可能性がある。