2017 Fiscal Year Annual Research Report
Comprehensive analysis of splicing regulation and splicing quantitative trait loci (sQTL) in brains of major psychoses
| Project/Area Number |
16H06254
|
|---|
| Research Institution | Yokohama City University |
|---|
Principal Investigator |
高田 篤 横浜市立大学, 医学部, 講師 (90643693)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
|
| Keywords | 選択的スプライシング / ゲノム / 統合失調症 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
H29年度までの研究において、脳内で選択的スプライシングと有意に関連する量的形質座位（splicing quantitative trait loci: sQTL）を網羅的に同定し、そのリソースを作成した。さらに、ゲノムワイド関連解析（genome-wide association study: GWAS）で統合失調症等と関連を認めた座位では有意にsQTLが多いこと、統合失調症とゲノムワイドな有意水準で関連する108の座位のうち4つで、関連SNPが脳sQTLとして働いていることを明らかにした（Takata et al., Nature Communications 2017）。上述の、脳神経系でsQTLとして働く統合失調症関連SNPのうち一部については、iPS細胞由来神経細胞を用いた、他グループからの独立した研究でも同様の所見が確認された。また、スプライスサイト近傍のエクソン領域の変異を含めて、自閉スペクトラム症患者で認めるde novo変異の統合的バイオインフォマティクス解析（ゲノムデータと遺伝子発現データ等の複合的解析）を行い、その結果を報告した（Takata et al., Cell Reports 2018）。統合失調症群と健常群で選択的スプラインイベントを比較した解析では、多重検定の補正を超えて有意な差を認めるイベントは同定されなかった。深部イントロンに存在し、選択的スプライシングに影響を及ぼすことによって疾患リスクに関与する変異について、RNA-seqを用いた予備的検討を行った。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の予定通り、統合失調症群と健常群で選択的スプラインイベントを比較した解析を行ったが、多重検定の補正を超えて有意な差を認めるイベントは同定されなかった。また関連プロジェクトとして、自閉スペクトラム症患者のゲノムデータを、遺伝子発現データ等と複合的に解析し、その成果を学術誌に報告した。
|
| Strategy for Future Research Activity |
GWASで疾患との関連を認めるゲノム領域に絞るなど合理的な方法で検定仮説を減らし、精神神経疾患の病態に関与する可能性がある選択的スプライシングイベントの同定を目指す。また、昨年度に予備的解析を行った、深部イントロンに存在し、選択的スプライシングに影響を及ぼすことによって疾患リスクに関与する変異の同定及び実験的証明を目指す。さらに、選択的スプライシングに関与する稀な変異の同定を目指して、全ゲノムシーケンスデータを用いた予備的解析を行うことを計画している。
|
