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2016 Fiscal Year Annual Research Report

同型・異型配偶境界生物間の遺伝子発現プロファイル比較で解く雌雄性出現の分子基盤

Research Project

Project/Area Number 16H06734
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

浜地 貴志  京都大学, 理学研究科, 特定研究員 (10784556)

Project Period (FY) 2016-08-26 – 2018-03-31
Keywords異型配偶 / 同型配偶 / 有性生殖 / 緑藻 / クラミドモナス / ボルボックス / 進化
Outline of Annual Research Achievements

地球上の多様性において重要な位置を占める後生動物も陸上植物も、有性生殖においてはサイズの大きい配偶子である卵と小さい配偶子である精子を作ることで実現している。しかし真核生物の系統関係に照らして有性生殖はもともと両交配型の配偶子サイズに差のない同型配偶が祖先的であったことが知られている。本研究課題は、同型配偶と異型配偶の生物間でゲノムとトランスクリプトームの情報を比較することで、進化生物学の重要な問題である、雌雄の二極化という大問題を分子生物学的に明らかにすることを主眼としている。その材料として本研究では、単細胞同型配偶緑藻のモデル生物であるクラミドモナスに近縁で初期多細胞生物のモデルとして注目されている卵生殖のボルボックスを含む群体性ボルボックス目緑藻の系統関係に着目し、同型配偶ヤマギシエラと異型配偶ユードリナのゲノム配列の遺伝子情報アノテーションを整備し、かつ両生物の有性生殖生活環の各ステージにわたるRNA-seqリードを産生して、各々の性・交配型に特異的にコードされた遺伝子群や、各々の性・交配型の有性生殖過程において特異的に発現する遺伝子群を探索・同定し、これらを同型配偶と異型配偶の生物の間で比較することによって、派生型である異型配偶の出現に対してどのような遺伝子群がリクルートされたのかをあぶり出すことが期待されるものである。
本研究期間においては、同型配偶ヤマギシエラと異型配偶ユードリナのゲノム配列を計算機的に解析して遺伝子モデルを構築し、両生物両性の性決定領域ゲノム配列のアノテーションを完了しこれを報告した (Hamaji et al 2018 Commun Biol)。これを基盤として、トランスクリプトームリードの産生と雌雄二極化原因遺伝子群の推定を目指した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

本研究期間に予定したトランスクリプトームリードの産生については前段階である大量培養・有性生殖誘導条件に予期しないバラツキを生じており確定に至っていない。

Strategy for Future Research Activity

引き続き条件を検討していき、同時に既に得られているクラミドモナスやボルボックスの無性・有性生殖トランスクリプトーム (Lopez, Hamaji et al 2015 Plant Physiol; Joo, Nishimura et al 2017 Plant Physiol; 浜地ら・未発表)のデータを元に候補遺伝子を推定していく。逆遺伝学的・分子遺伝学的手法についてはクラミドモナスで可能になったCRISPR法 (Greiner et al 2017 Plant Cell) の再現で有望な結果を得つつあり、すぐに推定された候補遺伝子の破壊を試みていく。

  • Research Products

    (20 results)

All 2018 2017 2016 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 3 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] ドナルド・ダンフォース植物科学センター/アリゾナ大学/カンザス州立大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      ドナルド・ダンフォース植物科学センター/アリゾナ大学/カンザス州立大学
  • [Int'l Joint Research] ウェスタンオンタリオ大学(カナダ)

    • Country Name
      CANADA
    • Counterpart Institution
      ウェスタンオンタリオ大学
  • [Journal Article] Anisogamy evolved with a reduced sex-determining region in volvocine green algae2018

    • Author(s)
      Takashi Hamaji, Hiroko Kawai-Toyooka, Haruka Uchimura, Masahiro Suzuki, Hideki Noguchi, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Shin-ya Miyagishima, James G Umen, Hisayoshi Nozaki
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 1 Pages: 17

    • DOI

      10.1038/s42003-018-0019-5

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Genetic basis for soma is present in undifferentiated volvocine green algae2017

    • Author(s)
      Grochau-Wright ZI, Hanschen ER, Ferris PJ, Hamaji T, Nozaki H, Olson BJSC, Michod RE
    • Journal Title

      Journal of Evolutionary Biology

      Volume: 30 Pages: 1205-1218

    • DOI

      10.1111/jeb.13100

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Multiple Independent Changes in Mitochondrial Genome Conformation in Chlamydomonadalean Algae2017

    • Author(s)
      Hamaji T, Kawai-Toyooka H, Toyoda A, Minakuchi Y, Suzuki M, Fujiyama A, Nozaki H, Smith DR
    • Journal Title

      Genome Biology and Evolution

      Volume: 9 Pages: 993-999

    • DOI

      10.1093/gbe/evx060

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Molecular evolutionary analysis of a gender-limited MID ortholog from the homothallic species Volvox africanus with male and monoecious spheroids2017

    • Author(s)
      Yamamoto K, Kawai-Toyooka H, Hamaji T, Tsuchikane Y, Mori T, Takahashi F, Sekimoto H, Ferris PJ, Nozaki H
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 12 Pages: e0180313

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0180313

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Identification and Characterization of Gamete Adhesion Factor FUS1 Orthologs in Isogamous Yamagishiella and Anisogamous Eudorina2017

    • Author(s)
      Hiroko Kawai-Toyooka, Takashi Hamaji, Haruka Uchimura, Masahiro Suzuki, Hideki Noguchi, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Shin-ya Miyagishima, Hisayoshi Nozaki
    • Organizer
      The Fourth International Volvox Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Anisogamy evolved with the reduced sex-determining region2017

    • Author(s)
      Takashi Hamaji, Hiroko Kawai-Toyooka, Haruka Uchimura, Masahiro Suzuki, Hideki Noguchi, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Shin-ya Miyagishima, James Umen, and Hisayoshi Nozaki
    • Organizer
      The Fourth International Volvox Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mating type locus-like regions in the homothallic species Volvox africanus2017

    • Author(s)
      Kayoko Yamamoto, Takashi Hamaji, Hiroko Kawai-Toyooka, Hideki Noguchi, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, and Hisayoshi Nozaki
    • Organizer
      The Fourth International Volvox Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] The volvocales genomes project2017

    • Author(s)
      Antariksh Tyagi, Takashi Hamaji, Hiroko Kawai-Toyooka, Masahiro Suzuki, Hideki Noguchi, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Hisayoshi Nozaki, Bradley J.S.C. Olson
    • Organizer
      The Fourth International Volvox Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] de novoゲノム配列決定で明らかになったボルボックス科緑藻におけるミトコンドリアDNA形状の進化過程2017

    • Author(s)
      浜地 貴志、豊岡 博子、豊田 敦、水口 洋平、鈴木 雅大、藤山 秋佐夫、野崎 久義、SMITH, David Roy
    • Organizer
      日本植物学会第81回大会(野田)
  • [Presentation] ボルボックス系列緑藻を用いた異型配偶化の解析:縮小した性決定領域を持つ異型配偶ユードリナ2017

    • Author(s)
      豊岡 博子、浜地 貴志、他、野崎 久義
    • Organizer
      日本植物学会第81回大会(野田)
  • [Presentation] ボルボックス系列緑藻の性決定ゲノム領域と性の進化2017

    • Author(s)
      浜地 貴志
    • Organizer
      第二回・性と生殖の懇談会
    • Invited
  • [Presentation] Evolution of volvocine mating-type/gender-specific genes deduced from de novo genome sequencing of isogamous Yamagishiella and anisogamous Eudorina2016

    • Author(s)
      Hiroko Kawai-Toyooka, Takashi Hamaji, Haruka Uchimura, Masahiro Suzuki, Atsushi Toyoda, Hideki Noguchi, Yohei Minakuchi, Asao Fujiyama, Shin-ya Miyagishima, Hisayoshi Nozaki
    • Organizer
      17th International Conference on the Cell & Molecular Biology of Chlamydomonas
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Identification and characterization of a cis-regulatory element for zygotic gene expression in Chlamydomonas reinhardtii2016

    • Author(s)
      Takashi Hamaji, David Lopez, Matteo Pellegrini, James Umen
    • Organizer
      17th International Conference on the Cell & Molecular Biology of Chlamydomonas
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ボルボックス系列緑藻のゲノム進化学で追う多細胞性と雌雄性の起源2016

    • Author(s)
      浜地 貴志
    • Organizer
      日本進化学会第18回東京大会
    • Invited
  • [Presentation] ボルボックス雌雄異体・同体種の進化の分子遺伝学的基盤の解明をめざして2016

    • Author(s)
      山本荷葉子, 森稔幸, 浜地貴志, 豊岡博子, 野崎久義
    • Organizer
      日本植物学会第80回大会(沖縄)
    • Invited
  • [Presentation] ボルボックス系列緑藻における雌雄性獲得前後での性決定領域の比較ゲノム解析2016

    • Author(s)
      浜地貴志, 豊岡博子, 内村悠, 鈴木雅大, 豊田敦, 野口英樹, 水口洋平, 藤山秋佐夫, 宮城島進也, 野崎久義
    • Organizer
      日本植物学会第80回大会(沖縄)
  • [Remarks] 最初のオスとメスを生み出した性染色体領域を全ゲノム解読から解明

    • URL

      http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5786/

  • [Remarks] A small blueprint of “Adam” unveiled

    • URL

      https://natureecoevocommunity.nature.com/users/76336-hisayoshi-nozaki/posts/30614-a-small-blueprint-of-adam-unveiled-based-on-de-novo-assemblies-of-four-nuclear-whole-genomes

URL: 

Published: 2018-12-17  

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