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2017 Fiscal Year Annual Research Report

新奇性追求に関わる遺伝的基盤の探索とその進化生態学的意義の検証

Research Project

Project/Area Number 16J07227
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

勝村 啓史  岡山大学, 自然科学研究科, 特別研究員(PD)

Project Period (FY) 2016-04-22 – 2019-03-31
Keywords新奇性追求 / 行動実験 / 遺伝的多型 / 地域集団 / QTL解析
Outline of Annual Research Achievements

本年度は新奇性追求に関わる遺伝子を特定するために,(1)QTL解析に向けた交雑個体の作成,(2)作成した交雑個体の行動評価,(3)行動実験後の個体から全脳の摘出の3つの目的を立て取り組んだ.
【(1)QTL解析に向けた交雑個体の作成】前年度に確立した新奇性追求の強さを定量する実験系を用いて,新奇性追求行動に明確な差が認められた2つメダカ地域系統の交雑個体群作成を実施した.
【(2)作成した交雑個体の行動評価】F1,F2世代の新奇性追求行動の程度を,F0世代と同様に前年度に確立した新奇性追求の強さを定量する実験系を用いて測定した.F1世代では,ほぼ全ての個体で新奇性追求行動が強い地域集団と同程度の値を示し,強い新奇性追求行動がドミナントである可能性を示した.F2世代では,新奇性追求行動が強い地域集団と弱い集団と同程度の値を示す個体が出現し,それらの中間の値をとる個体も出現した.
【(3)行動実験後の個体から全脳の摘出】新奇性追求行動の関与するゲノム領域,遺伝子数をしぼるため,mRNA-seqを実施するために,行動実験後の個体から,全脳の摘出を実施した.上述の2で新奇性追求行動を測定した個体から全脳の摘出(計108個)を実施し,新奇性追求行動評価で高い値を示した12個と低い値を示した12個を選び出した.
以上の3つに加え,前年度に立ち上げたRAD-seqの改善を実施し,メダカ334個体から約60,000 SNPを得た.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

F2交雑個体を作成する過程で少し苦戦したが,RAD-seqとmRNA-seqによる新奇性追求行動関連遺伝子座同定への準備が整ったため.

Strategy for Future Research Activity

RAD-seq法を用いたQTL解析によって新奇性追求行動の程度に関連するゲノム領域を特定と,全脳m RNAを用いたstrand-specific mRNA-seq解析を進める.

  • Research Products

    (9 results)

All 2018 2017

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 4 results) Presentation (5 results)

  • [Journal Article] Abnormal nuclear morphology is independent of longevity in a zmpste24 -deficient fish model of Hutchinson-Gilford progeria syndrome (HGPS)2018

    • Author(s)
      Tonoyama Yasuhiro、Shinya Minori、Toyoda Atsushi、Kitano Takeshi、Oga Atsunori、Nishimaki Toshiyuki、Katsumura Takafumi、Oota Hiroki、Wan Miles T.、Yip Bill W.P.、Helen Mok O.L.、Chisada Shinichi、Deguchi Tomonori、Au Doris W.T.、Naruse Kiyoshi、Kamei Yasuhiro、Taniguchi Yoshihito
    • Journal Title

      Comparative Biochemistry and Physiology Part C: Toxicology & Pharmacology

      Volume: 209 Pages: 54~62

    • DOI

      10.1016/j.cbpc.2018.03.006

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Medaka population genome structure and demographic history unveiled via Genotyping-by-Sequencing2017

    • Author(s)
      Katsumura Takafumi、Oda Shoji、Mitani Hiroshi、Oota Hiroki
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/233411

    • Open Access
  • [Journal Article] Experimental evidence reveals the UCP1 genotype changes the oxygen consumption attributed to non-shivering thermogenesis in humans2017

    • Author(s)
      Nishimura Takayuki、Katsumura Takafumi、Motoi Midori、Oota Hiroki、Watanuki Shigeki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 5570

    • DOI

      10.1038/s41598-017-05766-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] An ancestral haplotype of the human PERIOD2 gene associates with reduced sensitivity to light-induced melatonin suppression2017

    • Author(s)
      Akiyama Tokiho、Katsumura Takafumi、Nakagome Shigeki、Lee Sang-il、Joh Keiichiro、Soejima Hidenobu、Fujimoto Kazuma、Kimura Ryosuke、Ishida Hajime、Hanihara Tsunehiko、Yasukouchi Akira、Satta Yoko、Higuchi Shigekazu、Oota Hiroki
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 12 Pages: e0178373

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0178373

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] wy変異体メダカを用いた側弯症発症メカニズムの微細形態学的解析2018

    • Author(s)
      西槇俊之,内田健太郎,勝村啓史,山田稔,尾田正二,小賀厚徳,太田博樹,高相晶士,小川元之
    • Organizer
      第123回日本解剖学会総会全国学術集会
  • [Presentation] 奨励研究の申請許可と採択を受けて -メダカ全身組織バーチャルスライドの作製とそのデータベース化2018

    • Author(s)
      西槇俊之,勝村啓史,太田博樹,小川元之
    • Organizer
      第29回生物学技術研究会
  • [Presentation] UCP1遺伝子型による寒冷環境下のヒト非震え産熱能変化2017

    • Author(s)
      勝村啓史,西村貴孝,本井碧,綿貫茂喜,太田博樹
    • Organizer
      日本遺伝学会第89回大会
  • [Presentation] 脊椎弯曲 wy メダカを用いた整形外科的疾患解明へのアプローチ2017

    • Author(s)
      西槇俊之,内田健太郎,山田稔,勝村啓史,大貫裕子,尾田正二,小賀厚徳,太田博樹,高相晶士,小川元之
    • Organizer
      第51回日本側彎症学会学術集会
  • [Presentation] 野生メダカをモデルとした消化管長多型をもたらす進化メカニズムの解明2017

    • Author(s)
      勝村啓史,太田博樹
    • Organizer
      第33回日本霊長類学会大会 自由集会

URL: 

Published: 2018-12-17  

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