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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Unveiling cellular information transmission through optimality principle

Research Project

Project/Area Number 16K00325
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

長谷川 禎彦  東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 准教授 (20512354)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywords生物物理
Outline of Annual Research Achievements

生物には物理学にあるような統一的な理論がないと考えられている.しかし,現存する生体メカニズムは進化的に環境に適応したシステムとなっているため,「環境に対する最適性」がすべての生体メカニズムの根底に存在している.細胞は外界の情報をシグナル伝達系や転写翻訳ネットワークによって細胞内に伝える.情報伝達は細胞の中心的な機能であり非常に重要であるため,少ないエネルギーで正確に伝えることが出来るように高度に最適化されており,情報伝達機構における多くの疑問は最適性の観点から答えることが可能である.本研究ではこの点に着目し,数理最適化や最適制御理論を用いて細胞の情報伝達機構の解明を行うことを目標としていた.2016年度の研究では多変量情報を,細胞がどのように最適にデコードしているかを明らかにした.最適制御の理論を応用することで,最適な分子ネットワークの構成原理を求めた.さらに2017年度の研究では確率熱力学の知見を用いることで,細胞振動子ネットワークがどのように精度を担保しているかを明らかにした.具体的には,振動子はInformation Flowと呼ばれる情報の流れを用いることで,精度の分散を向上していることが明らかになった.2018年度の研究では,時系列データ解析のための,位相データ解析の手法を提案した.また,細胞におけるモデル化では,分子の拡散を無視したモデル化を行うが,どのような条件でこのような近似が可能かを理論的に示した.以上で上げた成果を査読付き論文誌(Physical Review E,Chaos)に発表した.

  • Research Products

    (9 results)

All 2019 2018

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (4 results)

  • [Journal Article] Topological Time-series Analysis with Delay-variant Embedding2019

    • Author(s)
      Quoc Hoan Tran and Yoshihiko Hasegawa
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 99 Pages: 032209

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.99.032209

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An Algebraic Method to Calculate Parameter Regions for Constrained Steady-state Distribution in Stochastic Reaction Networks2019

    • Author(s)
      Tan Van Vu and Yoshihiko Hasegawa
    • Journal Title

      Chaos

      Volume: 29 Pages: 023123

    • DOI

      10.1063/1.5047579

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Diffusion-Dynamics Laws in Stochastic Reaction Networks2019

    • Author(s)
      Tan Van Vu and Yoshihiko Hasegawa
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 99 Pages: 012416

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.99.012416

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Thermodynamics of Collective Enhancement of Precision2018

    • Author(s)
      Yoshihiko Hasegawa
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 98 Pages: 032405

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.98.032405

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multidimensional biochemical information processing of dynamical patterns2018

    • Author(s)
      Yoshihiko Hasegawa
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 98 Pages: 022401

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.97.022401

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ゆらぎの定理による確率過程のパラメータ推定手法2019

    • Author(s)
      土井彬史,長谷川禎彦
    • Organizer
      電子情報通信学会総合大会
  • [Presentation] Augmented Variational Superposed Gaussian Approximation for Langevin Equations with Rational Polynomial Functions2019

    • Author(s)
      Xingyan Chu, Yoshihiko Hasegawa
    • Organizer
      電子情報通信学会総合大会
  • [Presentation] Ott-Antonsen Ansatzを用いた大域結合系の最適制御2019

    • Author(s)
      瀬戸山 亘,長谷川禎彦
    • Organizer
      電子情報通信学会総合大会
  • [Presentation] Approximate Vanishing Ideal via Data Knotting2018

    • Author(s)
      計良宥志,長谷川禎彦
    • Organizer
      第17回情報科学技術フォーラム (FIT2018)

URL: 

Published: 2019-12-27  

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