2016 Fiscal Year Research-status Report
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16K00412
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| Research Institution | The Noguchi Institute |
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Principal Investigator |
山田 一作 (小山内一作) 公益財団法人野口研究所, 研究部, 研究員 (50370185)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 複合糖質 / 化学構造表記 / 脂質 / タンパク質 / インフォマティクス / セマンティック・ウェブ / データベース / オントロジー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ライフサイエンス分野の情報についてセマンティック・ウェブ技術を活用して統合・連携し、学際領域の発展を推進し支援するための基盤を構築するために、各分野におけるセマンティック・ウェブ技術の活用事例からその特徴と問題点の整理を行った。まず、セマンティック・ウェブを指向した糖鎖構造表記法であるWeb3 Unique Representation of Carbohydrate Structures (WURCS)を有効活用するために、糖鎖分野のGlyTouCan, GlycoNAVI, UniCarbKBなどの各データベースおよびGlycO, GlycoRDFなどのオントロジーの整理を実施した。そして糖鎖構造表記について研究者と議論するために、Glycoscience Research Day, Society for Glycobiology Annual Meeting, 日本糖質学会等に参加した。脂質分野についてはLipidBankおよびLipidMAPSのデータベースの格納情報について整理した。また、脂質分野の研究者から脂質の表記について議論するために、日本脂質生化学会に参加した。また、タンパク質および代謝物などの表記については質量インフォマティクス研究会に参加し、参加者と議論を行った。また、タンパク質のデータについてUniProtにおける糖鎖修飾の記述方法の調査を実施した。そして、糖タンパク質や糖脂質などの複合糖質の表記法の開発を行った。糖タンパク質のResource Description Framework (RDF)を用いた記述では、糖鎖とタンパク質の複雑な組み合わせについても表現できるように開発を実施した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
糖鎖分野を中心に脂質、タンパク質、代謝物領域の化合物表記について整理した。そして、本研究実施期間においての開発する化合物構造として、はじめに糖タンパク質を選定し、表記法の開発を開始した。また、代謝物および脂質については構造分類が複雑なため、優先順位を付けて開発する計画である。
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| Strategy for Future Research Activity |
糖鎖分野を中心に脂質、タンパク質、代謝物領域の化合物表記について整理した。そして、本研究実施期間においての開発する化合物構造として、はじめに糖タンパク質を選定し、表記法の開発を開始した。また、代謝物および脂質については構造分類が複雑なため、優先順位を付けて開発する予定である。
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| Causes of Carryover |
旅費について予定よりも低く抑えることができたため。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
次年度の旅費として使用する計画である。
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