2018 Fiscal Year Annual Research Report
Antimicrobial resistance and their impact of microbial ecosystem in urban river and pond
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16K00604
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| Research Institution | Chuo University |
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Principal Investigator |
西川 可穂子 中央大学, 商学部, 教授 (20345416)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 孝昌 国立医薬品食品衛生研究所, 遺伝子医薬部, 室長 (30226526)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 薬剤耐性菌 / 抗菌剤 / 表層水 / 細菌叢 / メタゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、環境表層水中に含まれる薬剤耐性菌（AMR)について東京都内の河川を中心に調査を行なった。昨年度までの結果から、調査した都内河川・池の地点全てでAMRが検出され、予想以上にAMRが広く分布していることが明らかとなった。特に、スクリーニングに使用された薬剤６種の中では、アンピシリン・スルバクタム合剤(SAM20)、クラリスロマイシン(CLR15)への耐性が多く、検出率はそれぞれ64%、54%であった。分離菌の半数はこのSAM20とCLR15の２剤に対して同時に耐性を持っており、この２剤の臨床使用期間が２５年以上と長期に及ぶことが関係していると考えられる。検出された耐性菌は、環境菌だけでなく、動物由来、植物由来に加え、臨床で感染報告のある菌など多様な菌が存在していた。
今年度は、培養できない表層水中の細菌の薬剤耐性の状況(Resistome)について調査した。河川および池の水試料をそれぞれ２地点採取し、次世代シークエンサー(illumina)で解析をした。得られたシークエンスはAmrPlusPlus(Galaxy-based metagenomics pipeline）で薬剤耐性遺伝子を検出した。その結果、2,289のAMR遺伝子が合計32,883のリード数検出された。耐性があった薬剤クラスは２２に及ぶが、最も多い耐性遺伝子は、βラクタム(23%)で、以下代表的なものとして多剤耐性ポンプや制御に関するもの（15%)、フルオロキノロン(11%)、アミノグリコシド（８％）であった。水中の微生物生態系全体におけるAMR遺伝子は多種類で膨大に存在していることが示唆された。検出リード数は少なかったものの、現在臨床で問題となっているmcr-1(コリスチン耐性）やndm-1(New Delhi metallo-beta-lactamase)も検出されており、今後も注視が必要である。
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