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2016 Fiscal Year Research-status Report

アロステリック制御を実現するタンパク構造の設計原理

Research Project

Project/Area Number 16K05518
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

冨樫 祐一  広島大学, 理学研究科, 特任准教授 (50456919)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) FLECHSIG HOLGER  広島大学, 理学研究科, 助教 (00758964)
Project Period (FY) 2016-04-01 – 2020-03-31
Keywordsアロステリック制御 / 分子内情報伝達 / 構造機能相関 / 生体高分子 / タンパク質 / 粗視化分子動力学 / 進化的最適化 / 計算生物物理学
Outline of Annual Research Achievements

アロステリック制御に不可欠な、構造変化を介した情報伝達を実現する設計原理を明らかにすることを目指し、解析的アプローチと構成的アプローチとの両面から研究を展開した。
解析的アプローチからは、本研究開始前に開発した、分子内での構造変化の伝播を粗視化モデルを用いて評価する手法(本年度初頭に論文出版済)を、実際のアロステリックタンパクに展開した。シミュレーションそのものは半自動化できており、また計算量も比較的小さいため、様々な分子で無差別にシミュレーションを行うことはできている。半面、現時点での問題点として、アロステリック制御に関わる部位の設定が手作業に頼っており、作業が遅れ気味であることが挙げられる。これについては、他の複数の公開データベースを用いて、引き続き自動化の方策を探っている。並行して、多数のリガンド結合部位の間でアロステリック制御を示すなど、特徴あるタンパク(酵素)分子について、構造歪み伝播の時系列(順序関係)を含めた検討を個別に進めている。
構成的アプローチでは、本研究開始前の予備実験で、2つの離れた部位間で構造変化を伝える(一方を閉じるともう一方も閉じる)ような弾性ネットワークモデルを進化的最適化により生成することに成功していた。本年度はこれを進め、応答様式の異なるネットワークモデルを生成することに成功し、構造や力学特性と応答との関係に踏み込んだ。通常の基準振動解析を用いた手法では評価しにくい、構造変化の時系列(順序関係)について、特に構造歪みの伝播する過程を可視化して議論を進めた。さらに、構造を部分的に破壊することにより、変異に対する頑健性の評価を行い、現実のタンパク分子と同様に、特定の箇所への局所的な変異により情報伝達が途絶する場合があることを示した。ここまでの成果をまとめ、論文1編を投稿・プレプリント公開した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

構成的アプローチによる研究については、すでに、当初の想定より内容を加えた形で論文投稿に至るなど、当初計画以上に進展している。一方で、解析的アプローチによる研究については、対象分子・部位決定のデータベースを用いた自動化にまだ困難があり、手作業に頼っていることもあって、やや遅れ気味である。全体としてはほぼ計画通りの進展となっている。

Strategy for Future Research Activity

解析的アプローチによる研究を効率的に進めるため、活性部位のデータベースなど、公開データの選定・利用を進める。

Causes of Carryover

次年度、研究分担者が研究代表者と異なる機関に異動することなどに伴い、当初計画よりも必要経費(研究打合せ旅費など)の増加が予想される状況となった。これに対応すべく、本年度使用額の節減に努めた結果、研究分担者の消耗品費・雑費を当初計画より抑えることができたため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

上記の通り、次年度に必要な費用が当初計画よりも増加すると予想されるため、次年度分とあわせて充てることにより、研究実施への影響を回避する。

  • Research Products

    (14 results)

All 2017 2016 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] マックス・プランク協会 フリッツ・ハーバー研究所(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      マックス・プランク協会 フリッツ・ハーバー研究所
  • [Int'l Joint Research] 北京計算科学研究センター(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      北京計算科学研究センター
  • [Int'l Joint Research] オックスフォード大学(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      オックスフォード大学
  • [Presentation] 生体高分子の構造・反応クロストークと少数性問題―酵素反応と動的クロマチン構造を例に2017

    • Author(s)
      Romain Amyot, 中川 正基, 冨樫 祐一
    • Organizer
      生命動態システム科学四拠点・CREST・PRESTO・QBiC合同シンポジウム2017“生命動態の分子メカニズムと数理”
    • Place of Presentation
      理化学研究所 生命システム研究センター(大阪府吹田市)
    • Year and Date
      2017-03-17 – 2017-03-18
  • [Presentation] クロマチン動態プローブ開発2017

    • Author(s)
      栃尾 尚哉, 川嵜 亮祐, 青木 大将, 梅原 康平, 吉村 優一, 上脇 隼一, Holger Flechsig, 冨樫 祐一, 楯 真一
    • Organizer
      生命動態システム科学四拠点・CREST・PRESTO・QBiC合同シンポジウム2017“生命動態の分子メカニズムと数理”
    • Place of Presentation
      理化学研究所 生命システム研究センター(大阪府吹田市)
    • Year and Date
      2017-03-17 – 2017-03-18
  • [Presentation] アロステリック制御を実現するタンパク構造基盤の探索2017

    • Author(s)
      冨樫 祐一
    • Organizer
      定量生物学の会 第八回年会
    • Place of Presentation
      自然科学研究機構 岡崎カンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
    • Year and Date
      2017-01-08 – 2017-01-09
  • [Presentation] A generalised structural and dynamical model of allosteric proteins2017

    • Author(s)
      Holger Flechsig
    • Organizer
      Berlin Center for Studies of Complex Chemical Systems Seminar “Complex Nonlinear Processes in Chemistry and Biology”
    • Place of Presentation
      ベルリン工科大学(ドイツ・ベルリン)
    • Year and Date
      2017-01-06
    • Invited
  • [Presentation] 生体分子の状態・形・少数性がシステムにもたらす効果~抽象モデルから2016

    • Author(s)
      冨樫 祐一
    • Organizer
      細胞動態システム科学研究会2016
    • Place of Presentation
      淡路夢舞台国際会議場(兵庫県淡路市)
    • Year and Date
      2016-12-21
    • Invited
  • [Presentation] Search for Common Structural Basis of Mechanical Communication in Proteins: from Known Structures2016

    • Author(s)
      Yuichi Togashi
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2016-11-27
  • [Presentation] Evolutionary optimisation of elastic network structures: Models of allosteric proteins2016

    • Author(s)
      Holger Flechsig
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2016-11-25
  • [Presentation] State, Shape, and Small-Number Issues in Molecular Machinery2016

    • Author(s)
      Yuichi Togashi
    • Organizer
      Interdisciplinary Applications of Nonlinear Science
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(鹿児島県鹿児島市)
    • Year and Date
      2016-11-06
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A generalized structural and dynamical model of allosteric proteins2016

    • Author(s)
      Holger Flechsig
    • Organizer
      Interdisciplinary Applications of Nonlinear Science
    • Place of Presentation
      鹿児島大学(鹿児島県鹿児島市)
    • Year and Date
      2016-11-04
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A generalized structural and dynamical model of allosteric proteins2016

    • Author(s)
      Holger Flechsig
    • Organizer
      研究会「理論と実験」2016
    • Place of Presentation
      広島大学(広島県東広島市)
    • Year and Date
      2016-10-07
  • [Remarks] 計算生物学研究チーム(広島大学大学院理学研究科数理分子生命理学専攻)

    • URL

      http://www.cbbc.hiroshima-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2018-01-16   Modified: 2022-02-16  

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