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2016 Fiscal Year Research-status Report

統合的網羅解析によるポリA分解酵素の機能解明

Research Project

Project/Area Number 16K07241
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

千葉 由佳子  北海道大学, 理学研究院, 准教授 (70509546)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
KeywordsポリA鎖 / シロイヌナズナ / mRNA分解 / 翻訳制御
Outline of Annual Research Achievements

mRNAのポリA鎖長はmRNAの安定性と翻訳効率に影響を与えうる転写後調節にとって重要な要素であり,厳密に調節される必要がある。モデル植物であるシロイヌナズナは複数のポリA分解酵素をもつ。いくつかのポリA分解酵素の逆遺伝学解析が行われ,それぞれが異なる表現型を示すことから,それぞれが別個の標的遺伝子をもつと考えられている。我々はポリA分解酵素のひとつであるAtCCR4a/bに着目して研究を進めている。atccr4a/b二重変異株は栄養応答やバイオマスなどの生育に関連する様々な表現型を示すことから,農学的観点からも重要なポリA分解酵素と考えられる。
本研究ではatccr4a/b二重変異株とそのコントロール株を用いて,ポリA鎖長を網羅的に検出するTAIL-seqを行うことで標的遺伝子群を同定し,さらに翻訳効率を網羅的に測定するRibo-seqとmRNA蓄積量の網羅的解析であるRNA-seqを組み合わせることで,mRNAの安定性と翻訳効率のどちらに影響をおよぼしているのかを明らかにする。TAIL-seqとRibo-seqは植物においてはその研究例はいまだ限られており,本年度はそれらの実験系の確立に取り組んだ。Ribo-seqに関しては最近発表された論文 (Hsu et al., PNAS, 2016) をもとに,我々が用いる植物サンプルに適した実験プロトコールへと改変し確立した。現段階で予備的なデータを得ており,今後詳細に解析を進める。TAIL-seqは動物細胞においてその手法は確立しているが (Chang et al., Mol. Cell, 2014, Lim et al, Genes & Dev., 2016),植物に適応させるためには実験手法に改良が必要であることが判明したため,さらなる予備実験が必要であることが明らかとなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

TAIL-seqは植物を対象にした場合は,当初予定していた方法ではうまくいかないことが判明し,予定外の予備実験が必要となったため若干遅れている。一方で,並行して進めているRibo-seqは我々の研究サンプルに適した実験系を確立することができ,RNA-seqとあわせてすでに予備的データを得ていることから,全体として考えるとおおむね順調といえる。

Strategy for Future Research Activity

本年度得られたRibo-seqの予備的データを詳細に解析することによって,どのような遺伝子群の翻訳効率がatccr4a/b二重変異株で変化しているのかを明らかにする。翻訳効率の算出にはRNA-seqのデータが必要であり,すでにこちらも予備的データを得ているので,mRNAの蓄積に対するatccr4a/b二重変異の影響に関しても明らかにできる。その後,atccr4a/b二重変異株が示す様々な表現型のうち,どの表現型に着目して実験を進めるか吟味したうえで,バイオロジカルリピートを含む本実験を行う。TAIL-seqは精度のよいデータを得るためにさらに詳細な予備実験を行い,実験系の確立を目指す。

  • Research Products

    (15 results)

All 2017 2016

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] mRNA分解制御から植物の環境ストレス応答を考える2017

    • Author(s)
      鈴木悠也,南雲亜希子,荒江星拓,千葉由佳子
    • Journal Title

      生物科学 特集号,「植物RNA代謝制御研究の最前線:植物の在り方をRNAから読み解く」

      Volume: 印刷中 Pages: 印刷中

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Minimum Open Reading Frame, AUG-Stop, Induces Boron-Dependent Ribosome Stalling and mRNA Degradation.2016

    • Author(s)
      Tanaka M., Sotta N., Yamazumi Y., Yamashita Y., Miwa K., Murota K., Chiba Y., Hirai Y. M., Akiyama T., Onouchi H., Naito S., and Fujiwara T.
    • Journal Title

      The Plant Cell

      Volume: 28 Pages: 2830-2849

    • DOI

      10.1105

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] シロイヌナズナCCR4-NOT複合体サブユニットと標的認識に働くRNA結合タンパク質の探索と同定2017

    • Author(s)
      荒江星拓,鈴木悠也,千葉由佳子
    • Organizer
      第58回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学 (鹿児島県・鹿児島市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-18
  • [Presentation] ホウ素輸送体NIP5;1における5’UTRに存在するAUGUAAを介した転写制御機構の可能性2017

    • Author(s)
      田中真幸,反田直之,千葉由佳子,尾之内均,内藤哲,藤原徹
    • Organizer
      第58回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学 (鹿児島県・鹿児島市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-18
  • [Presentation] シロイヌナズナの脱アデニル化酵素AtCCR4Cの発芽における機能解析2017

    • Author(s)
      宮島柾記,鈴木悠也,千葉由佳子
    • Organizer
      第58回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学 (鹿児島県・鹿児島市)
    • Year and Date
      2017-03-16 – 2017-03-18
  • [Presentation] Poly(A) status of clock genes is important for robust circadian rhythm in Arabidopsis.2017

    • Author(s)
      Yuya Suzuki, Akiko Nagumo, Masami Y. Hirai, C. Robertson McClung, Pamela J. Green, Yukako Chiba
    • Organizer
      Strategies of plants and animals on environmental response/adaptation.
    • Place of Presentation
      Okayama Univ. (Okayama, Okayama)
    • Year and Date
      2017-03-09
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Coordinated regulations of mRNA synthesis and degradation during cold acclimation in Arabidopsis.2017

    • Author(s)
      Toshihiro Arae, Shiori Isai, Akira Sakai, Katsuhiko Mineta, Masami Y. Hirai, Yuya Suzuki, Shigehiko Kanaya, Junji Yamaguchi, Satoshi Naito, and Yukako Chiba
    • Organizer
      Environmental Stress Adaptation and Memory in Plants.
    • Place of Presentation
      RIKEN (Kanagawa, Yokohama)
    • Year and Date
      2017-02-27 – 2017-02-28
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Interactome analysis of Arabidopsis deadenylases, AtCCR4a/4b, determined a large CCR4-NOT complex.2016

    • Author(s)
      Toshihiro Arae, Yuya Suzuki, Yukako Chiba
    • Organizer
      9th Annual Meeting of the molecular bioilogy society of Japan.
    • Place of Presentation
      Pacifico Yokohama (Kanagawa, Yokohama)
    • Year and Date
      2016-11-30 – 2016-12-02
  • [Presentation] Cytoplasmic deadenylases AtCCR4a/4b are involved in the regulation of circadian clock gene expression in Arabidopsis.2016

    • Author(s)
      Akiko Nagumo, Yuya Suzuki, Masami Y. Hirai, C. Robertson McClung, Pamela J. Green, Yukako Chiba
    • Organizer
      39th Annual Meeting of the molecular bioilogy society of Japan.
    • Place of Presentation
      Pacifico Yokohama (Kanagawa, Yokohama)
    • Year and Date
      2016-11-30 – 2016-12-02
  • [Presentation] Physiological impacts of AtCCR4a/4b deadenylases, components of the CCR4-NOT complex in Arabidopsis.2016

    • Author(s)
      Yuya Suzuki, Akiko Nagumo, Toshihiro Arae, Masami Y. Hirai, Robertson McClung, Pamela J. Green, Junji Yamaguchi, Yukako Chiba
    • Organizer
      89th Annual Meeting of the Japanese Biochemistry Society.
    • Place of Presentation
      Sendai International Center (Miyagi, Sendai)
    • Year and Date
      2016-09-25 – 2016-09-27
    • Invited
  • [Presentation] Boron dependent stall of ribosome at AUG-Stop in the 5’ UTR of the Arabidopsis NIP5;1 gene encoding boron transporter required for efficient B uptake from soil.2016

    • Author(s)
      Mayuki Tanaka, Naoyuki Sotta,Kyoko Miwa, Katsunori Murota, Yui Yamashita, Yukako Chiba, Hitoshi Onouchi, Satoshi Naito, Toru Fujiwara
    • Organizer
      Ribosome structure and function
    • Place of Presentation
      Strasbourg (France)
    • Year and Date
      2016-07-06 – 2016-07-10
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Endocycle acceleration in the mutants of Arabidopsis deadenylases, AtCCR4a/4b2016

    • Author(s)
      Yuya Suzuki, Pamela J. Green, Junji Yamaguchi, Yukako Chiba:
    • Organizer
      The 2016 joint annual meeting of the RNA Society and the RNA Society of Japan
    • Place of Presentation
      International Conference Center (Kyoto, Kyoto)
    • Year and Date
      2016-06-28 – 2016-07-02
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Multiple deadenylases form a large AtCCR4-NOT complex in Arabidopsis2016

    • Author(s)
      Toshihiro Arae, Yuya Suzuki, Yukako Chiba
    • Organizer
      The 2016 joint annual meeting of the RNA Society and the RNA Society of Japan
    • Place of Presentation
      International Conference Center (Kyoto, Kyoto)
    • Year and Date
      2016-06-28 – 2016-07-02
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Poly(A) length of clock genes modulated by Arabidopsis deadenylases, AtCCR4a/4b is critical for the robust oscillation2016

    • Author(s)
      Akiko Nagumo, Yuya Suzuki, Masami Y. Hirai, C. Robertson McClung, Pamela J. Green4 Yukako Chiba
    • Organizer
      The 2016 joint annual meeting of the RNA Society and the RNA Society of Japan
    • Place of Presentation
      International Conference Center (Kyoto, Kyoto)
    • Year and Date
      2016-06-28 – 2016-07-02
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Boron-dependent ribosome stalling at AUGUAA, a minimum uORF, downregulates NIP5;1 expression in Arabidopsis thaliana.2016

    • Author(s)
      Mayuki Tanaka, Naoyuki Sotta, Kyoko Miwa, Yukako Chiba, Hitoshi Onouchi, Satoshi Naito, Toru Fujiwara
    • Organizer
      The 2016 joint annual meeting of the RNA Society and the RNA Society of Japan
    • Place of Presentation
      International Conference Center (Kyoto, Kyoto)
    • Year and Date
      2016-06-28 – 2016-07-02
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2018-01-16  

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