• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2018 Fiscal Year Annual Research Report

Spatially and time-dependent analysis of initial phase of epigenetic regulation in X chromosome reactivation

Research Project

Project/Area Number 16K07244
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

西村 健  筑波大学, 医学医療系, 准教授 (80500610)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
KeywordsiPS細胞 / X染色体 / エピジェネティクス / SNP
Outline of Annual Research Achievements

前年度までに、iPS細胞誘導時のX染色体再活性化を検出するために、HprtノックアウトC57BL/6J(B6)とM. spretus(Sp)を掛け合わせたマウスから調整したMEFからiPS細胞誘導を行い、その誘導過程で、二本あるX染色体のいずれからRNAの転写が起きているかSNP cDNA typingで検定する系を構築した。そして、我々独自の3S reprogramming systemを用いて作製した、誘導が途中で停止したiPS細胞に対してSNP cDNA typingを行い、X染色体の再活性化状態の異なるiPS細胞を得ることに成功した。
そこで本年度は、それらのX染色体の再活性化状態の異なるiPS細胞において、X染色体上のどの領域から転写が起きているかRNA-seqによって明らかにし、その情報を元にX染色体再活性化において転写が開始される領域を同定することを試みた。
まず始めに、二本あるX染色体のいずれからRNAの転写が起きているか区別するためのRNA-seqの条件を決めるために、B6とSpを掛け合わせたマウスの体細胞から抽出したRNAに対してRNA-seqを行い、SNPの読み分けを試みた。その結果、通常のRNA-seqより2倍程度深く読むことによってSNPの区別が可能であることを明らかにした。次に、同様の条件を用いて、X染色体の再活性化状態の異なるiPS細胞についてRNA-seqを行い、各細胞におけるX染色体全体の転写プロファイルの情報を得た。SNPを用いて、各細胞において不活化X染色体からRNAが転写されている領域を探索した結果、X染色体上の二つの領域から、X染色体再活性化初期にRNAが転写されていることを明らかにした。
今後は、この同定した領域に結合する転写因子やヒストン修飾を明らかにすることによって、X染色体再活性化の分子機構を明らかにすることを目指す。

  • Research Products

    (7 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Live-cell imaging of subcellular structures for quantitative evaluation of pluripotent stem cells2019

    • Author(s)
      Nishimura Ken、Ishiwata Hiroshi、Sakuragi Yuta、Hayashi Yohei、Fukuda Aya、Hisatake Koji
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 1777

    • DOI

      10.1038/s41598-018-37779-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Tcl1による代謝リプログラミングがiPS細胞誘導を促進する2018

    • Author(s)
      西村健、久武幸司
    • Journal Title

      医学のあゆみ

      Volume: 265 Pages: 293~294

  • [Journal Article] Live cell imaging of X chromosome reactivation during somatic cell reprogramming2018

    • Author(s)
      Tran Thi Hai Yen、Fukuda Aya、Aizawa Shiho、Bui Phuong Linh、Hayashi Yohei、Nishimura Ken、Hisatake Koji
    • Journal Title

      Biochemistry and Biophysics Reports

      Volume: 15 Pages: 86~92

    • DOI

      10.1016/j.bbrep.2018.07.007

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Quantitative Assessment of Pluripotent Stem Cells by an Improved RM-DIC Imaging System2018

    • Author(s)
      Nishimura K, Ishiwata H, Sakuragi Y, Hayashi Y, Fukuda A, Hisatake K
    • Organizer
      2018 TERMIS World Congress
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] KLF4-dose dependent metabolic shift through TCL1 during iPSC generation2018

    • Author(s)
      Nishimura K, Kumar BA, Hayashi Y, Fukuda A, Hisatake K
    • Organizer
      ISSCR2018
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanistic analysis of the initiation of retroviral gene silencing by reprogramming factors2018

    • Author(s)
      Bui PL、Nishimura K、Hisatake K
    • Organizer
      The Exploring identity: lessons from genomes and epigenomes meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] iPS 細胞の品質管理を迅速かつ簡便に行える顕微鏡システムの開発

    • URL

      http://www.tsukuba.ac.jp/attention-research/p201902121500.html

URL: 

Published: 2019-12-27  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi