2016 Fiscal Year Research-status Report
既知フォールドの再配線による新規フォールド予測法の開発
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16K07315
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
千見寺 浄慈 名古屋大学, 工学研究科, 助教 (10420366)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | タンパク質 / 立体構造予測 / 疎水性相互作用 / βシート |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、新規フォールド構造に対しても有効な立体構造予測方法を開発することである。そのための具体的な戦略として、既知構造を再配線することで新規なフォールドを作り出すということに着目した。このため、28年度は再配線の際に必要な種々の手法の開発に取り組んだ。一つ目は左巻きのβαβユニットを検知する方法の開発である。βシートで定義される平面の法線ベクトルとβシートからαヘリックスへのベクトルから計算される右巻き／左巻きの判定方法を開発した。この手法を用いて立体構造データベースに登録されている構造に対して左巻きのβαβユニットを探索したところ、既知の左巻きβαβユニットはすべて検出できただけでなく、新規なものも多数検知することができ、この手法の有効性が確認できた。二つ目は仮想原子を用いたコンタクトナンバーを用いた新しい疎水性相互作用エネルギーの評価方法の開発である。新たに開発した相互作用エネルギーを用いて天然構造とデコイの認識テストを行ったところ、既存のコンタクトナンバーやデプスと比べて統計的に有意に優れていることがわかった。また、これらの研究の副産物として、当初予想していなかったが、βシート構造の新たな法則を見出すことに成功した。この法則を用いて、与えられたβシート構造がスーパーフォールドか否かを判定する方法を開発することに成功した。29年度以降は、これらを統合して立体構造予測システムの開発および、さらなる蛋白質立体構造のルール発見を行う。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究の目的である新規な立体構造予測手法を開発に必要となるループクロスの検出方法や、新規な疎水性相互作用を記述する方法論の開発を、当初の予定通りに完成することができた。また、当初予想していなかったβシート構造の新たな法則を見出すことにも成功した。
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| Strategy for Future Research Activity |
28年度の成果に立脚して、立体構造予測方法の開発と、新たな蛋白質立体構造におけるルール発見に向けて、研究を推進する。
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| Causes of Carryover |
研究が想定外の方向に大きく進んだため、その分当初予定していた論文執筆に遅れが出た。そのため、予定していた論文投稿料および英文校正料を次年度に繰り越すことになった。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
H28年度の繰越金は、論文投稿料等に利用し、積極的に成果を発表する。
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