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2017 Fiscal Year Research-status Report

葉断面からの再生をモデルとした種子植物の栄養繁殖の分子メカニズムの研究

Research Project

Project/Area Number 16K07408
Research InstitutionKyoto Sangyo University

Principal Investigator

木村 成介  京都産業大学, 総合生命科学部, 教授 (40339122)

Project Period (FY) 2016-04-01 – 2019-03-31
Keywords栄養繁殖 / 植物 / 不定芽 / 再生
Outline of Annual Research Achievements

植物の繁殖様式の中でも、葉、茎、根のような栄養器官から次の世代の植物個体が生じることで繁殖する方法を栄養繁殖という。北米原産の半水生のアブラナ科植物R. aquaticaは、自然界において、水の流れなどでちぎれた葉の断面から新しい個体を再生することで栄養繁殖をしている。本研究は、この葉の断面からの栄養繁殖(再生)のメカニズムを遺伝子レベルで明らかにすることを目的としている。
これまでの研究で、再生のメカニズムを分子レベルで明らかにするために経時的なトランスクリプトーム解析をすすめてきた。当該年度については、別プロジェクトにおいて、R. aquaticaのゲノム解読をおこなったので、ドラフトゲノム配列を参照配列とした網羅的解析を実施した。
R. aquaticaの栄養繁殖は、葉片の先端部側の断面からは再生せず、基部側の断面からのみ再生するという特徴がある。そこで、基部側と先端部側で比較トランスクリプトーム解析をおこなったところ、基部側でのみ再生に関わる遺伝子群の発現が誘導されていることがわかった。また、切断後初期の段階ではオーキシン応答性の遺伝子の発現が顕著に上昇していた。オーキシンの内生量を測定したところ、R. aquaticaでは、葉の切断後に基部側でIAA-Aspなどの蓄積がみられた。シロイヌナズナでは同様の蓄積は観察されなかった。これらの結果から、R. aquaticaでは、葉の切断後に極性輸送で基部側にオーキシンが輸送されて蓄積することが再生のトリガーになっていると考えられた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

R. aquaticaのゲノム配列情報を整備することができたことから、より精密な発現解析ができるようになった。また、当初予定にはなかったオーキシンの定量解析をおこなうことで、オーキシンの極性輸送が再生に関与していることを明らかにすることができた。また、成熟葉の断面からは再生することがないシロイヌナズナとのトランスクリプトーム解析も行い、現在データの解析をすすめている。さらに、再生過程におけるDNAのメチル化の変動を解析するために、バイサルファイトシークエンスを実施している。
計画が予定より早く進行している点に加え、当初計画には含まれていなかった先の内容の研究に着手できているという点で、当初計画よりも進展していると考えている。

Strategy for Future Research Activity

これまでに実施した大規模なトランスクリプトーム解析により栄養繁殖に関わる遺伝子ネットワークが明らかになりつつある。今後は、同定された遺伝子の機能解析をすすめる。葉片からの再生の過程については、現在、経時的な全ゲノムバイサルファイトシークエンス解析を勧めている。今後、得られた結果の解析をすすめ、分化した組織からの植物体再生のプロセスにおけるDNAメチル化の変動について知見を得たい。

Causes of Carryover

年度末に名古屋大学との共同研究打ち合わせを予定していたが延期となったため、旅費が必要なくなった。次年度に打ち合わせを延期するため、その分を繰り越した。

  • Research Products

    (12 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 2 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] Warwick University(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      Warwick University
  • [Journal Article] Comparative transcriptomics with self-organizing map reveals cryptic photosynthetic differences between two accessions of North American Lake cress2018

    • Author(s)
      Nakayama Hokuto、Sakamoto Tomoaki、Okegawa Yuki、Kaminoyama Kaori、Fujie Manabu、Ichihashi Yasunori、Kurata Tetsuya、Motohashi Ken、Al-Shehbaz Ihsan、Sinha Neelima、Kimura Seisuke
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 1~15

    • DOI

      10.1038/s41598-018-21646-w

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Chemical hijacking of auxin signaling with an engineered auxin?TIR1 pair2018

    • Author(s)
      Uchida Naoyuki、Takahashi Koji、Iwasaki Rie、Yamada Ryotaro、Yoshimura Masahiko、Endo Takaho A、Kimura Seisuke、Zhang Hua、Nomoto Mika、Tada Yasuomi、Kinoshita Toshinori、Itami Kenichiro、Hagihara Shinya、Torii Keiko U
    • Journal Title

      Nature Chemical Biology

      Volume: 14 Pages: 299~305

    • DOI

      10.1038/nchembio.2555

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Increased Phosphorylation of Ser-Gln Sites on SUPPRESSOR OF GAMMA RESPONSE1 Strengthens the DNA Damage Response inArabidopsis thaliana2017

    • Author(s)
      Yoshiyama Kaoru Okamoto、Kaminoyama Kaori、Sakamoto Tomoaki、Kimura Seisuke
    • Journal Title

      The Plant Cell

      Volume: 29 Pages: 3255~3268

    • DOI

      10.1105/tpc.17.00267

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] How Do Plants and Phytohormones Accomplish Heterophylly, Leaf Phenotypic Plasticity, in Response to Environmental Cues2017

    • Author(s)
      Nakayama Hokuto、Sinha Neelima R.、Kimura Seisuke
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 8 Pages: 1~7

    • DOI

      10.3389/fpls.2017.01717

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Asymmetries in leaf branch are associated with differential speeds along growth axes: A theoretical prediction2017

    • Author(s)
      Akiko Nakamasu, Nobuhiko J. Suematsu, Seisuke Kimura
    • Journal Title

      Developmental Dynamics

      Volume: 246 Pages: 981-991

    • DOI

      10.1002/DVDY.24587

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Adaptation of plants to aquatic environments: Studies on vegetative propagation in semi-aquatic plant, Rorippa aquatica2018

    • Author(s)
      Seisuke Kimura
    • Organizer
      第59回日本植物生理学会年会シンポジウム「Amazing Development -Revealing Unusual Developmental Phenomena in Plants 植物が見せるユニークな発生および成長様式を読み解く」
    • Invited
  • [Presentation] Rorippa aquaticaの栄養繁殖を正誤する遺伝子群の探索2018

    • Author(s)
      天野瑠美、中山北斗、桃井理沙、郡司玄、竹林裕美子、桶川友季、本橋健、 笠原博幸、Ali Ferjani、木村成介
    • Organizer
      第59回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Exploration of genes regulating vegetative propagation in Rorippa aquatica2017

    • Author(s)
      Rumi Amano, Hokuto Nakayama, Risa Momoi, Shizuka Gunji, Yumiko Takebayashi, Yuki Okegawa, Ken Motohashi, Hiroyuki Kasahara, Ali Ferjani, Seisuke Kimura
    • Organizer
      Taiwan-Japan Plant Biology 2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Rorippa aquaticaの栄養繁殖を制御する遺伝子群の探索2017

    • Author(s)
      天野瑠美、中山北斗、桃井理沙、郡司玄、竹林裕美子、 笠原博幸、Ali Ferjani、木村成介
    • Organizer
      日本植物学会第81回大会
  • [Presentation] Rorippa aquaticaにおける栄養繁殖とオーキシンの関係の解析2017

    • Author(s)
      桃井理沙、天野瑠美、中山北斗、小島美紀子、竹林裕美子、榊原均、木村成介
    • Organizer
      日本植物学会第81回大会
  • [Presentation] Rorippa aquaticaの栄養繁殖を制御する遺伝子群の探索2017

    • Author(s)
      天野瑠美、中山北斗、桃井理沙、郡司玄、竹林裕美子、 笠原博幸、Ali Ferjani、木村成介
    • Organizer
      日本植物形態学会第29回大会

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Published: 2018-12-17   Modified: 2022-02-22  

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