2016 Fiscal Year Research-status Report
ゲノム情報に基づくタイラギの遺伝子攪乱リスクの評価
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16K07859
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| Research Institution | Fisheries Research and Education Agency |
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Principal Investigator |
關野 正志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (90371799)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤原 篤志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (30443352)
橋本 和正 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 西海区水産研究所, 主任研究員 (40372007)
佐々木 猛智 東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)
山田 勝雅 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 西海区水産研究所, 任期付研究員 (80569195)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 集団ゲノム学 / 分子生態学 / 交雑 / 遺伝子浸透 / 二枚貝 / 遺伝的多様性保全 / 集団遺伝学 / RAD |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、準絶滅危惧種である大型二枚貝タイラギの有鱗型と無鱗型の二型について、その遺伝的差異をゲノムワイドに調べた上で、由来不明な、形態では識別できない個体や，mtDNAによる分類と形態分類が矛盾する個体の素性を明らかにする。そのために、形態，mtDNA 型および核DNAマーカー型を照合する。本年度は、１）後述のRADseq（Restriction site-associated DNA sequencing)解析に用いる、有鱗型と無鱗型が排他的に生息する地域からのサンプル（Refサンプル）と由来不明個体が頻出する地域からのサンプルの収集および２）ゲノムワイドDNA解析のためのRADseq手法の確立を行った。
1)有鱗型のRefサンプルとして長崎県五島から33個体、無鱗型のRefサンプルとして函館から46個体、由来不明個体が頻出する地域のサンプルとして、香川県高松・坂出から228個体を採集した。これらについて、閉殻筋からのゲノムDNA抽出を完了した。有鱗型と無鱗型のRefサンプルについてmtDNAのCOI解析を行ったところ、すべて形態分類とmtDNA分類結果が一致した。全個体について貝殻は乾燥・保管し、次年度以降の形態解析に用いる予定である。
２）タイラギにおける、制限酵素SbfIを用いたRADライブラリー作製法を開発した。上記のRefサンプルを使って次世代型DNAシーケンサー（NextSeq 500; illumina）によるライブラリーのシーケンシングを行ったところ、約1800のSNP（一塩基多型）が利用できることが分かった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
計画では、2年間で由来不明個体が頻出する地域のサンプルを収集する予定であったが、研究初年度で十分な数のサンプルが得られ、DNA抽出まで終えることができた。初年度にRADseq解析手法を確立することを計画していたが、Refサンプルについてはデータまで得ることができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
次年度は、RADseq解析を進め、必要に応じて新たなサンプルを収集する。並行してmtDNA解析と形態解析を行う。研究は計画以上に進んでおり、計画の変更や研究遂行上の問題点は見当たらない。
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| Causes of Carryover |
タイラギ収集について、県水試や他水研の研究者の好意・協力を得て、購入費を低く抑えることができた。またDNA抽出について、キットを使わずに、労力は大きかったが古典的な方法を用いたことにより、試薬代を節約した。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
節約することにより生じた剰余金は、コストのかかるDNA解析の試薬や人件費に充当する。
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