2017 Fiscal Year Research-status Report
ゲノム情報に基づくタイラギの遺伝子攪乱リスクの評価
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16K07859
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| Research Institution | Fisheries Research and Education Agency |
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Principal Investigator |
關野 正志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, グループ長 (90371799)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
藤原 篤志 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 中央水産研究所, 主幹研究員 (30443352)
橋本 和正 国立研究開発法人水産研究・教育機構, 西海区水産研究所, 主任研究員 (40372007)
佐々木 猛智 東京大学, 総合研究博物館, 准教授 (70313195)
山田 勝雅 熊本大学, くまもと水循環・減災研究教育センター, 特別研究員 (80569195)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 交雑 / 遺伝子浸透 / 保全遺伝学 / 二枚貝 / 集団遺伝学 / タイラギ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
集団解析用のサンプル採集を終了した。サンプル数は下記の通りである（計342個体）。
函館（無鱗型生息地）、N=46；愛知（日間賀島；無鱗型生息地）、N=35；長崎（五島；有鱗型生息地）、N=33；香川県（無鱗型・有鱗型同所生息地）、N=228。
これらについてDNA解析用に閉殻筋を採取し、貝殻は形態解析に用いるため乾燥して保管してある。全個体についてゲノムDNAを抽出し、DNA濃度を測定した。順次RAD法による核DNA解析とミトコンドリアDNAシーケンス解析を行っている。函館の33個体、日間賀島の5個体、長崎の全個体および香川県の有鱗型39個体については予備的に統計解析まで行った。
それぞれの個体について制限酵素SbfIを使ったRADライブラリーを作成した。イルミナNextSeq 500により得られたシーケンスリードをBWA（Li and Durbin 2009）を用いて無鱗型個体のショットガンシーケンスで得られたレファレンスゲノムにマッピングした。Stacks (Catchen et al. 2013) を使ってRADタグを決定し，それらの個体内・個体間比較を通してSNPサイトを同定した。種々のフィルタリング後、1,867サイトが多型解析に利用可能であった。Structure によるクラスタリングの結果(Pritchard et al. 2000)、無鱗型・有鱗型が同所的に生息する香川の有鱗型個体の半数近くは、多かれ少なかれ無鱗型のDNAを受け継いでいることが明らかになり、少なくとも無鱗型から有鱗型への遺伝子浸透が起こっていることが示唆された。またミトコンドリアDNAについても、形態は有鱗型であるにも関わらず、無鱗型のハプロタイプを持つ個体が認められた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
2年目でサンプル収集とDNA抽出を終了した。またDNA解析は順調に進んでいる。3年目の前半ですべてのDNAデータを取得することを計画していたが、この目標は十分達成できる。形態解析も順次行っており、問題はない。
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| Strategy for Future Research Activity |
最終年度である本年度の前半ですべてのDNAデータを取得する。形態解析については11月完了を目処に進める。その後、3ヶ月程度かけて、全個体を使った統計解析を行う予定である。
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| Causes of Carryover |
RAD解析において、実験の改良により、次世代型シーケンサーで一度に解析できる個体数を増やすことが出来たため、試薬代を節約した。これにより次年度解析する個体数を十分カバーすることが出来る。さらにデータ確認のための再実験のために使用する。分担者の山田については使用額がゼロであった。これは年度途中で分担者が西海区水研から熊本大学に異動となったため、予定していた支援職員の雇用ができなくなったため、主たる支出となるの人件費を使用しなかったためである。新所属での雇用手続きの調整が終了したため，昨年度不履行だった人件費を今年度分に充填して，計画書通りの形態測定を行う予定である。
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[Journal Article] Genotyping-by-sequencing for construction of a new genetic linkage map and QTL analysis of growth-related traits in Pacific bluefin tuna2018
Author(s)
Uchino T, Hosoda E, Nakamura Y, Yasuike M, Mekuchi M, Sekino M, Fujiwara A, Sugaya T, Tanaka Y, Kumon K, Agawa Y, Sawada Y, Sano M, Sakamoto T
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Journal Title
Aquaculture Research
Volume: 49
Pages: 1293-1301
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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