2017 Fiscal Year Research-status Report
カンピロバクター食肉汚染防除のための鶏腸管・環境メタゲノム解析
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16K08015
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
渡辺 孝康 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任助教 (70725514)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
関崎 勉 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (70355163)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | カンピロバクター / 食中毒 / メタゲノム解析 / 16S rRNA遺伝子 / Nested PCR |
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| Outline of Annual Research Achievements |
まず、昨年度まで実施していた定量的PCRにおいて、検出限界値を下回るが検出値が存在している検体があったことから、本年度は過去に論文報告もあるnested PCRを用いて、カンピロバクターを特異的かつ高感度に検出することとした。Nested PCRは、通常のPCRにて増幅したDNA断片を、次のPCRの鋳型とすることで、特異性のみならず感度も高めることができる手法である。その結果、定量的PCRにて陰性となった検体でも、nested PCRでは陽性となるものが存在していることが確認された。研究計画当初はnested PCRの使用を意図していなかったが、この検討を以って、以後はnested PCRをカンピロバクター検出の方法の一つとすることで方針転換した。また、昨年度は、異なる２回の出荷時期と、空舎期間からの採材であったが、本年度は生後の連続した6週間において、1週間ごとに盲腸便および環境試料を収集した。4ヶ所の国内養鶏場のそれぞれにおいて、各時期で検体の種類ごとにそれぞれ4検体ずつ採取した。このような状況で、nested PCRとメタゲノム解析を行ったところ、週齢ごとのカンピロバクターの検出パターンを確認できた。今後、カンピロバクターと存在量が相関関係にあるような細菌や、時期ごとあるいはカンピロバクターの有無によって存在量の多少に有意性のある細菌などの検出を行っていく予定である。その際、検体の追加が望ましいと判断された際には、適時検体収集を検討することとしている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
昨年度に引き続き、複数の養鶏場から検体を提供していただいた結果、昨年度は実施できなかった週齢ごとの比較などが順調に行えている。Nested PCRは研究計画当初に本格実施を想定していなかったが、定量的PCRを活用している経験を活かして、大きな遅滞を生じることなく実施できている。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年度は、昨年度に懸案となった鶏インフルエンザの流行動向を踏まえ、養鶏場の協力が得られやすい時期に検体収集を集中させた。今後は解析の進展に応じ、適時検体収集を検討することに加え、現時点で保持しているデータの更なる詳細解析に注力していく。
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