2016 Fiscal Year Research-status Report
牛白血病を規定するウシ主要組織適合抗原(BoLA)ハプロタイプの網羅的多型解析
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16K08039
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
竹嶋 伸之輔 国立研究開発法人理化学研究所, 分子ウイルス学特別研究ユニット, 研究員 (60342812)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 牛白血病ウイルス / ウシ主要組織適合遺伝子複合体(BoLA) / 疾患感受性 / ゲノムリシークエンス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成28年度は感受性および抵抗性アリルを有するウシゲノムの収集およびBoLA領域の次世代シークエンサーによるターゲットリシークエンスの条件設定を行う事を目標とした。
本年度は（1）黒毛和種牛およびホルスタイン種のゲノムDNA、500頭の収集、（2）DRB3およびDQA1遺伝子のアリルタイピング、（3）収集したウシサンプルのBoLAクラスIIハプロタイプの予測、および（4）BLV抵抗性アリルであるDRB3*0902,DRB3*0701およびDRB3*1101を有する個体の収集、を目的としていた。本年度は、黒毛和種340頭およびホルスタイン種504頭より抽出したDNAを計844頭収集し、クラスIIハプロタイプおよびクラスIハプロタイプをNGS法により推定した。本サンプルより、抵抗性としてDH0902A(11/1), DH0902C(0/13), DH0701A(2/11), DH1101A(86/15), DH1101D(0/4), DH1401A(29/0), DH1401C(0/8)が検出され、感受性としてDH1501A(316/86), DH1501B(8/0), DH1601A(2/56), DH1601D(4,128)が検出された（ホルスタイン種頭数/黒毛和種頭数）。これらの個体からDH1601Dを有する個体3頭、DH1601Aを有する個体3頭、そしてDH1501Aを有する個体4頭の計10頭の黒毛和種を選抜し、全MHC領域のを含む、chr22:27,135,779-27,138,024, chr22:27,240,001-27550000 および chr23:25,155,545-31,621,350の領域にプローブを設定し、Miseqによるターゲットリシークエンスを行った。得られたデータをウシゲノムUMD3.1にアライメントし変異情報を検出するパイプラインを構築した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
ウシMHCのハプロタイプ推定を行うにあたり、当初の計画であった500頭を大きく超える844頭のゲノムDNAを収集し、さらに、NGSシステムを用いる事により、より広範なアリル情報に基づいてハプロタイプを推定する事に成功した。抵抗性・感受性アリルを含むハプロタイプを計11種類収集し、その中の3種類は既にターゲットリシークエンスも実施したことから、当初の計画以上の進展を見せたと言える。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年度で実施したNGSによるターゲットリシークエンス手法を、既に見つかった残りの8種類のハプロタイプに関しても実施し、その変異解析を実施する。また、ウシゲノムの収集は継続し、新たな感受性・抵抗性アリルを有するハプロタイプが検出されれば、それらについても解析する。
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| Causes of Carryover |
本年度行う予定となっていた次世代シークエンサーによるシーケンスの一部を来年度に繰り越したため、消耗品代が本年度は残った。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
平成29年度は新たに7種類のMHCハプロタイプのターゲットリシークエンスを行うため、平成28年度に使用しなかった次世代シークエンサーのための消耗品を購入する。
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[Presentation] A Vaccine Targeting Bovine Leukemia Virus Susceptible Cattle Suppresses Proviral Load2017
Author(s)
Yoko Aida, Lanlan Bai, Jiyun Kim, Pan He, Yuki Matsumoto, Noriaki Okimoto, Junya Yamagishi, Seiichi Tada, Yoshihiro Ito, Junko Kohara, Shin-nosuke Takeshima
Organizer
第18回国際HTLV会議
Place of Presentation
ホテルグランドアーク半蔵門（東京都千代田区）
Year and Date
2017-03-07 – 2017-03-10
Int'l Joint Research
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[Presentation] Molecular Genetic Analysis of Bovine Leukemia Virus (BLV) Worldwide ..2017
Author(s)
M Polat, S Takeshima, A Ohno, T Miyasaka, J Kim, M K, Y Matsumoto, K Yamada, M Arainga, T Murakami, K Hosomichi, V de la Barra Diaz, CJ Panei, ET Gonzalez, G Giovambattista, M Kanemaki, C N Mingala, HH Moe, KK Moe, T Shimogiri, M Onuma, Y Aida
Organizer
第18回国際HTLV会議
Place of Presentation
ホテルグランドアーク半蔵門（東京都千代田区）
Year and Date
2017-03-07 – 2017-03-10
Int'l Joint Research
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[Presentation] Development of a Bovine Leukemia Virus-like Particle Vaccine and Its Immunogenecity in Mice and Cattle2017
Author(s)
Hiroyuki Otsuki, Saeki Negishi, Lanlan Bai, Hirotaka Sato, Shin-nosuke Takeshima, Yoshitaka Imaizumi, Yasuko Nagai, Atsushi Iwamoto, Taichi Noro, Satoshi Sakamoto, Yuki Yamaguchi, Hiroshi Handa, Eiji Oishi, Yoko Aida
Organizer
第18回国際HTLV会議
Place of Presentation
ホテルグランドアーク半蔵門（東京都千代田区）
Year and Date
2017-03-07 – 2017-03-10
Int'l Joint Research
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