2018 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of polymorphism of bovine major histocompatibility complex (BoLA) haplotypes associated with enzootic bovine leukemia
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16K08039
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| Research Institution | Jumonji University |
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Principal Investigator |
竹嶋 伸之輔 十文字学園女子大学, 人間生活学部, 教授 (60342812)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | ウシ主要組織適合遺伝子複合体 / 次世代シークエンサー / ARS-UCD1.2 / UMD3.1 / BoLA-DRB3タイピング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、疾患との関連性が指摘されているウシ主要組織適合抗原（BoLA)クラスIIを含むBoLA全領域の次世代シークエンサーによる遺伝子解析法を開発し、これまで指摘されてきた疾患とBoLAとの相関性について、より正確に絞り込むことを可能とする事を目的として実施した。最終年度は、国内のウシのBoLA-DRB3タイピングを行い、異なるハプロタイプを有する個体10頭（DRB3*12:01/14:01, *14:01/*16:01, *16:01/*16:01, *05:03/*12:01, *02:01/*15:01, *07:01/*10:01, *07:01/*09:02, *07:01/*14:01, *11:01/*12:01,*10:01/*11:01)を選抜した。次に、次世代シークエンサーを用いてBoLA領域のターゲット・リシークエンスを実施するために、リファレンスとなるウシゲノムシークエンスとして2018年に新たに報告されたARS-UCD1.2と2004年から用いられているUMD3.1の比較を行った。さらに、BoLA領域全長をカバーするプローブ設計を、遺伝子領域のみ、あるいは遺伝子のない領域も含む全領域の二種類について行い、そのタイピング効率を比較した。最終的にBoLA領域内の疾患関連SNPを見いだすために用いる最適なターゲットリシークエンス法として、リファレンスゲノムはARS-UCD1.2を用い、遺伝子のない領域も含めた、ウシ23番染色体6.98Mbase-7.59および25.40Mbase-28.96Mbaseの領域に設定したプローブを選定した。これらのプローブを用いたターゲットリシークエンスを、10種類の遺伝子型を有する個体を用いて実施し、10頭でx70～x148倍と、十分なシークエンス深度が得られた。また、得られたシークエンス情報と、サンガー法によるBoLA-DRB3遺伝子の塩基配列を比較したところ、全ての固体について正確にSNPがタイピングできていたことが確認され、本方法がBoLA領域内の疾患関連SNPの探索に適している事が示された。
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