2017 Fiscal Year Research-status Report
MS/MSシミュレーションによる、高感度タンパク質リン酸化部位同定法の開発
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16K08206
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| Research Institution | Meijo University |
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Principal Investigator |
今西 進 名城大学, 薬学部, 准教授 (00757502)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
妹尾 洋 愛知医科大学, 医学部, 教授 (50236113)
水野 智博 名城大学, 薬学部, 助教 (40711669)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 質量分析 / プロテオミクス / リン酸化部位同定 / シミュレーション / プログラム開発 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
フィンランドTurku大学との共同研究により、リン酸化シミュレーション用アルゴリズムおよびそのユーザーインターフェイスの開発・改良をすすめ、このプログラムをSimPhosphoバージョン1とした。その際、Q Exactive質量分析計およびTripleTOF質量分析計を用いて前年度に取得したモデルデータを使用し、SimPhosphoの動作確認を行いつつ適宜修正した。
このSimPhosphoをTripleTOFデータに対して用いることにより、SpectraSTによるスペクトルライブラリ検索によるリン酸化ペプチド同定が行えることを確認した。さらにSimPhosphoではシミュレーション条件を種々変更できるようにしたことから、最も高感度にリン酸化部位特異的に同定できる条件を検討した。その結果、最適化条件を用いることにより、世界的に汎用されているMaxQuantデータベース検索と比べ、2倍以上高感度にリン酸化部位同定を行うことができるようになった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
平成28年度に新たにTripleTOF 6600質量分析計が導入されたため、当初の研究計画では平成29年度までに予定されていたモデルデータの取得が、平成28年度に実施できていた。そこで、TripleTOFデータへのSimPhosphoの互換性を検討した。また、平成29年度に目標にしていたSimPhosphoの改良・調整を行い、さらに、平成30年度に予定していた他の主要プログラムとの比較検討も行った。ただし、いまのところ、SimPhosphoは一リン酸化のシミュレーションにしか対応できていないため、平成28年度の目標にしていた多リン酸化シミュレーションアルゴリズムの開発を続けている。
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| Strategy for Future Research Activity |
SimPhosphoの改良をすすめ、多リン酸化シミュレーションへの対応を目指す。また、リン酸化プロテオミクス試料の調製および測定を行い、リン酸化部位の同定に対してのみではなく、定量解析におけるSimPhosphoの有効性も検討する。
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| Causes of Carryover |
(理由)
平成28年度に名城大学分析センターに最新型質量分析計が導入されたため、他施設での装置使用が当初想定していたより少なくなり、結果その使用料が計画より少なくなった。それに対し、名城大学での消耗品費の増額が発生している。また、研究の進捗状況から判断し、平成28年度に計画していた海外出張を行わず、平成29年度および平成30年度での国外学会発表費用にまわすことにした。主にこれらの理由により、次年度使用額が生じた。
(使用計画)
上記の通り、次年度使用額は消耗品の購入および海外旅費に使用する予定である。
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Research Products
(13 results)
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[Journal Article] Rules for PP2A-controlled phosphosignalling and drug responses2018
Author(s)
Otto Kauko, Susumu Y. Imanishi, Evgeny Kulesskiy, Teemu Daniel Laajala, Laxman Yetukuri, Anni Laine, Mikael Jumppanen, Pekka Haapaniemi, Luyao Ruan, Bhagwan Yadav, Veronika Suni, Taru Varila, Garry Corthals, Juri Reimand, Krister Wennerberg, Tero Aittokallio, Jukka Westermarck
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Journal Title
bioRxiv
Volume: -
Pages: 271841
DOI
Open Access / Int'l Joint Research
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[Presentation] Systemic map of protein phosphatase 2A (PP2A)-regulated phosphotargets and drug responses in cancer cells2017
Author(s)
Otto Kauko, Susumu Imanishi, Evgeny Kulesskiy, Teemu D. Laajala, Laxmana Yetukuri, Artur Padzik, Mikael Jumppanen, Pekka Haapaniemi, Bhagwan Yadaw, Veronika Suni, Taru Varila, Garry Corthals, Wennerberg Krister, Tero Aittokallio, and Jukka Westermarck
Organizer
AACR annual meeting 2017
Int'l Joint Research
