2018 Fiscal Year Annual Research Report
Cross-organ analysis of DNA methylation alteration during multi-organ carcinogenesis
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16K08720
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
新井 恵吏 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (40446547)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | がん / エピゲノム / DNAメチル化 / 臓器横断的 / 胃 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
淡明細胞型腎細胞がん104検体・肺腺がん168検体・胃腺がん105検体・肝細胞がん37検体・乳がん97検体・尿路上皮がん46検体・浸潤性膵管がん91検体 (合計646検体)の、Infinium 27Kならびに450Kアレイを用いて取得されたメチロームデータを用いて、胃がんでその他の臓器がんに比して高DNAメチル化状態にある16プローブを抽出した。これらの16プローブのDNAメチル化状態は、いずれも高い感度と特異度をもって胃がんを他の臓器がんから弁別できた。公共データベースTCGAとGEO上の、胃がんならびに自験例に含まれないがん種のメチロームデータを参照し、人種や採取施設に依存せず胃がんの識別能の高いProbe Aに着目した。
Infinium解析例から学習群106検体を選び、Probe Aを含む遺伝子領域のDNAメチル化状態をパイロシークエンス法によって精密定量した。受信者動作特性(ROC)解析では曲線下面積(AUC)0.917、感度95.6%、特異度76.3%で胃がんを他の臓器がんから識別できた。Youden法で胃がんを他の臓器がんから識別する閾値を定め、新規症例111検体で検証を行ったところ、感度81.8%、特異度79.5%で胃がんを識別できることが確かめられた。
Probe Aはイオンチャネルのサブユニットをコードする遺伝子Aの転写調節部位に位置している。(1)Probe Aは胃がんのみならず非がん胃組織でも高DNAメチル化状態にあること、(2)Probe Aが低メチル化状態の臓器でも遺伝子Aの発現は概して低いことから、Probe Aの高DNAメチル化は、胃の臓器特異的なDNAメチル化プロファイルががんでも保持されたものであり、発がんに機能的に寄与するのではなく、サロゲートマーカーであると考えた。
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[Journal Article] Establishment of Patient-Derived Organoids and Drug Screening for Biliary Tract Carcinoma.2019
Author(s)
Saito Y, Muramatsu T, Kanai Y, Ojima H, Sukeda A, Hiraoka N, Arai E, Sugiyama Y, Matsuzaki J, Uchida R, Yoshikawa N, Furukawa R, Saito H.
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Journal Title
Cell Rep
Volume: 27
Pages: 1265-1276
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Genome-wide DNA methylation profile of early-onset endometrial cancer: Its correlation with genetic aberrations and comparison with late-onset endometrial cancer.2019
Author(s)
Makabe T, Arai E, Hirano T, Ito N, Fukamachi Y, Takahashi Y, Hirasawa A, Yamagami W, Susumu N, Aoki D, Kanai Y.
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Journal Title
Carcinogenesis
Volume: in print
Pages: in print
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Epigenome mapping of human normal purified hepatocytes: personal epigenome variation and genome-epigenome correlation.2018
Author(s)
Arai E, Miura F, Totoki Y, Yamashita S, Tian Y, Gotoh M, Ojima H, Nakagawa H, Takahashi Y, Nakamura H, Hama N, Kato M, Kimura H, Suzuki Y, Ito T, Shibata T, Kanai Y.
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Journal Title
Epigenomics
Volume: 10
Pages: 955-979
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] The Japanese Society of Pathology Guidelines on the handling of pathological tissue samples for genomic research: Standard operating procedures based on empirical analyses.2018
Author(s)
Kanai Y, Nishihara H, Miyagi Y, Tsuruyama T, Taguchi K, Katoh H, Takeuchi T, Gotoh M, Kuramoto J, Arai E, Ojima H, Shibuya A, Yoshida T, Akahane T, Kasajima R, Morita KI, Inazawa J, Sasaki T, Fukayama M, Oda Y
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Journal Title
Pathol Int
Volume: 68
Pages: 63-90
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Genome-wide DNA methylation analysis in nonalcoholic steatohepatitis-related hepatocellular carcinomas.2019
Author(s)
Tian Y, Arai E, Kuramoto J, Makiuchi S, Tsuda N, Ojima H, Fukamachi Y, Takahashi Y, Hiraoka N, Yoshida T, Kanai Y
Organizer
11th AACR-JCA Joint Conference on Breakthroughs in Cancer Research
Int'l Joint Research
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[Presentation] Genome-wide DNA methylation analysis during non-alcoholic steatohepatitis-related multistage hepatocarcinogenesis: Comparison with hepatitis virus-related carcinogenesis2018
Author(s)
Kuramoto J, Arai E, Tian Y, Funahashi N, Hiramoto M, Nammo T, Nozaki Y, Takahashi Y, Ito N, Shibuya A, Ojima H, Sukeda A, Seki Y, Kasama K, Yasuda K, Kanai Y
Organizer
American Association of Cancer Reserach Annual Meeting 2018
Int'l Joint Research
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