2016 Fiscal Year Research-status Report
単一遺伝子疾患バリアントにおいて多型か変異かを区別する効率的手法確立
Project/Area Number |
16K08978
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Research Institution | Nihon University |
Principal Investigator |
中山 智祥 日本大学, 医学部, 教授 (00339334)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
羽田 明 千葉大学, 大学院医学研究院, 教授 (00244541)
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Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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Keywords | 単一遺伝子疾患 / バリアント / 多型 / 変異 / ハプロタイプ |
Outline of Annual Research Achievements |
本研究でのターゲットになっている疾患は単一遺伝子疾患として申請者が今まで遺伝学的検査・解析してきた常染色体優性遺伝形式である多発性内分泌腫瘍症1型および2型、常染色体劣性遺伝病であるGitelman症候群、網膜色素線条症である。 バリアントが遺伝子機能に影響を与えるか否かは大きく3つの方向性から検証する。1. 分子生物学的方法は変異を挿入した発現ベクターや転写活性測定、2. ヒトでは実際そのバリアントを有する者の遺伝子翻訳産物(タンパク質)レベル測定、代謝産物測定、3. ソフトウェアを用いての蛋白質3Dや機能に対する影響予測を実施する。また疾患を持たないコントロール群にバリアントが無いことも確認する。このように多角的に解析し、最終的に多型か変異を区別する効率的手法を確立することを目指す。 様々な遺伝性疾患の存在を考慮すると、経済的・労力的観点からも、効率的な方法の開発が待たれる。本申請研究で開発する方法は遺伝学的検査として遺伝カウンセリングの臨床現場で多型と変異を見分けることにつながっている。 これら疾患について、末梢血サンプル収集が進んでいる。遠心後血漿を分離し、-70から-80℃のディープフリーザーに凍結保存している。バフィーコートの白血球からゲノムDNAを抽出した。一部のDNAは濃度調整し、今後すぐに使用可能な状態にある。これらのサンプルについては特に家族歴を正確に聴取することで、遺伝性が関与しているか否かを検証できるようにしている。これらの原因遺伝子変異については、随意解析しているが、それ以外の、遺伝子の機能に影響のない多型などのバリアントについては、改めて塩基配列データを注意深く観察し全バリアントの有無を見る。特に一般の原因変異検出のための遺伝学的検査では解析しないイントロン領域やプロモーター領域について解析を進める。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
サンプル収集に係る労力以外には、必要機器、ソフトウェアはすでに導入されている。プロテオミクス解析実施に用いるMALDI-TOF MSはすでに運用されており、蛋白質データベースなど必要機器、ソフトウェアを用いている。ゲノミクス解析について次世代シークエンサーは配備されている。特にターゲットリシークエンシングあるいはエクソーム解析実施および、特定領域における多検体解析に力を発揮できる。また、正確な遺伝型決定にはキャピラリーシークエンサーが用いられている。研究分担者間の連携も順調で、随時研究進捗状況についてお互いに報告し合っている。
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Strategy for Future Research Activity |
今後も常染色体優性遺伝形式病である多発性内分泌腫瘍症1型および2型、常染色体劣性遺伝病であるGitelman症候群、網膜色素線条症の患者さんからのDNAサンプルの収集を継続していき、血漿を-70から-80℃のディープフリーザーに凍結保存するとともに随時核酸抽出を進める。DNA濃度を測定し、解析に使用できるように一定濃度に調整する。 次世代シークエンサーによるターゲットリシークエンシングあるいはエクソーム解析、キャピラリーシークエンサーによるダイレクトシークエンシングなどでの塩基配列決定、TaqMan(R) PCR法など遺伝型決定を駆使し、対象者において一つの遺伝子全長の塩基配列決定を進める。研究分担者間の連携については引き続き、随時研究進捗状況についてお互いに報告し合い、研究を円滑に進める。
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