ピロリ菌関連胃癌・萎縮性胃炎におけるSNP-setによる遺伝要因探索と再現性検証

2016 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 16K09032
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: 菱田 朝陽 名古屋大学, 医学系研究科, 講師 (40447339)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 渡辺 能行 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (00191809) ; 細野 晃弘 名古屋市立大学, 大学院医学研究科, 助教 (00723454) ; 内藤 真理子 名古屋大学, 医学系研究科, 准教授 (10378010) ; 渡邉 美貴 愛知県がんセンター(研究所), 疫学・予防部, 技術専門職員 (60773695)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: 胃がん予防 / ピロリ菌 / 遺伝子多型 / 萎縮性胃炎

Outline of Annual Research Achievements

研究計画の初年度である今年度は、共同研究施設からの（遺伝子型を含む）データ収集と、血清の測定を行った。具体的には、愛知県がんセンター、京都府立医大、名古屋市立大、名古屋大からの、各1,069、722、1,090、1,305　検体（合計 4,186検体）について、すでにIllumina社のHumanOmniExpressExomeアレイを用いて決定した、964,193 SNPsの遺伝子型（うち、Quality Check後、約630,000 SNPsに絞り込み）のデータ、性別・年齢等の臨床情報、血清ヘリコバクターピロリ菌IgG抗体（HP IgG, >=10unitsを陽性）、血清ペプシノゲン値（PG I < 70 ng/ml, PG I/II < 3　を萎縮性胃炎あり、PG I < 30 ng/ml, PG I/II < 2　を重度萎縮性胃炎あり、と判定）の測定を行い、データ入力の後、ピロリ菌感染・萎縮性胃炎発生リスクに関する関連解析を、統計ソフト（PLINK 及び、CRAN R）を用いて、GWAS（genome-wide-association study）関連解析、および、SKAT（SNP-set Kernel Association Test）解析の各手法を用いて行った。解析においては、名古屋大（大幸研究）の1,305検体をディスカバリー用データとして用いて、ピロリ菌感染リスク、及び、萎縮性胃炎発生リスク各々に関する有意なSNP及びSNP-setをまず見出し、次に、バリデーション（レプリケーション）として、残る３地区の2,881検体をそれらのディスカバリーで見出されたSNP 及び SNP-setの再現性の検証に用いた。現在、SNP-setの組み方等、解析条件を調整しながら、結果を検討中である。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ピロリ菌感染・萎縮性胃炎リスクに関する遺伝子の遺伝子型決定、血清ピロリ菌抗体、ペプシノゲン値の測定を完了し、GWAS、SKATを用いた関連解析へと順調に移行している。

Strategy for Future Research Activity

関連解析結果に基づく成果発表および論文作成、（母体研究の進捗に伴い）胃がん症例に関するGWAS等の関連解析も予定している。

Causes of Carryover

既に遺伝子型測定が行われた検体データの解析が中心となり、新規の遺伝子型測定や、血清・血漿の測定が、予想された測定量・測定額をやや下回ったため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

今年度は、解析結果に応じ、追加の遺伝子、血清、血漿の測定を適宜行う予定である。