早期癌における予後不良因子の推定と予後関連遺伝子の解析

2016 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 16K09044
• Research Institution: Tokai University
• Principal Investigator: 柴田 健雄 東海大学, 医学部, 講師 (30366033)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: SEER / 乳癌 / 大腸癌 / 子宮癌 / ICGC

Outline of Annual Research Achievements

SEER(The Surveillance, Epidemiology, and End Results)データベースに関して、全癌のデータセットを連結し、時系列にソートして再発と転移のレコードの切り分けを行った。乳癌、大腸癌、子宮癌などについて時系列に沿ってデータを組み直し、予後解析のためのデータセットを構築した。ICGC(International Cancer Genome Consortium)データベースについては乳癌データを基に、関連分析や回帰分析を実行するためのデータ形式に再構成することを試みた。特にシークエンスによるGene expressionレベルデータが巨大であり、64GBメモリを搭載したコンピュータでもフリーズするため、128GBメモリを搭載できるコンピュータを構築中である。ICGCに登録されている乳癌データベースには臨床データが含まれていなかったため、TCGAデータベースのIDとICGCのIDを照合して、TCGAデータベースから取得した臨床データを連結させた。
日本のがんデータベースについて、子宮頚癌、卵巣癌、外陰癌などについて予後解析を行い、Journal of Gynecologic Oncologyに論文投稿し、Society of Gynecologic Oncology とAmerican Society of Clinical Oncologyの大会に演題投稿を行った。特に外陰癌はまれな癌であり、1092例を有する本データベースによって予後規定因子の解析を行ったことは意義深く、貴重な成果であると考えられる。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

SEER(The Surveillance, Epidemiology, and End Results)データベースに関して、全癌のデータセットを連結し、時系列にソートして再発と転移のレコードの切り分けを行った。乳癌、大腸癌、子宮癌などについて時系列に沿ってデータを組み直し、予後解析のためのデータセットを構築した。現在これらの再構築データについて精査中である。
ICGC(International Cancer Genome Consortium)データベースについては乳癌データを基に、関連分析や回帰分析を実行するためのデータ形式に再構成することを試みた。特にシークエンスによるGene expressionレベルデータが巨大であり、64GBメモリを搭載したコンピュータでもフリーズするため、128GBメモリを搭載できるコンピュータを構築中である。ICGCに登録されている乳癌データベースには臨床データが含まれていなかったため、TCGAデータベースのIDとICGCのIDを照合して、TCGAデータベースから取得した臨床データを連結させた。
がんゲノムデータでは複雑な交絡関係があるため、回帰分析の他に複数のMachine Learningの技法により推定して精度を比較する解析環境を準備している。

Strategy for Future Research Activity

SEERデータについては時系列データセットについて、予後規定因子の解析を進める。
ICGCデータについて、コンピュータ能力が足りなかったが、128GBメモリを搭載できるパーツを入手し、構築する予定である。Machine LearningについてはWekaを導入し、複数のアルゴリズムで推定することを検討しているが、コンピュータの能力不足だった場合にはMicrosoftのクラウドシステムのAzure MLなどの端末能力に依存しないシステムも検討している。

Research Products

• [Journal Article] 産婦人科医師リクルート活動へのヒント発掘 ―第1 報 神奈川県内私立大学医学生への調査 (2017)
  • Author(s): 三上幹男,信田政子,柴田健雄,明石敏男,新井努,新井正秀,五十嵐豪,石本人士,伊藤めぐむ,小川公一,榊原秀也,染谷健一,中沢和美,長塚正晃,西井修,平吹知雄,松島隆,持丸佳之,角田新平,鈴木直,海野信也,野眞佐男,高橋恒男
  • Journal Title: 日医雑誌 Volume: 145(10) Pages: 2155-2162
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 産婦人科医師リクルート活動へのヒント発掘 ―第2 報 神奈川県内初期臨床研修医への調査 (2017)
  • Author(s): 三上幹男,信田政子,柴田健雄,明石敏男,新井努,新井正秀,五十嵐豪,石本人士,伊藤めぐむ,小川公一,榊原秀也,染谷健一,中沢和美,長塚正晃,西井修,平吹知雄,松島隆,持丸佳之,角田新平,鈴木直,海野信也,野眞佐男,高橋恒男
  • Journal Title: 日医雑誌 Volume: 145(10) Pages: 2163-2168
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Lactococcus lactis JCM5805 activates anti-viral immunity and reduces symptoms of common cold and influenza in healthy adults in a randomized controlled trial (2016)
  • Author(s): Takeo Shibata, Masaya Kanayama, Munetaka Haida, Shuhei Fujimoto, Takashige Oroguchi, Kenji Sata, Nobutaka Mita, Tomoko Kutsuzawa, Mayumi Ikeuchi, Mayu Kondo, Kimitoshi Naito, Michio Tsuda, Yasuhiro Nishizaki, Naoaki Ishii
  • Journal Title: Journal of Functional Foods Volume: 24 Pages: 492-500
  • Peer Reviewed