2017 Fiscal Year Research-status Report
癌関連転写因子の標的非コードRNA解析による消化器癌病態の解明
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16K09285
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| Research Institution | Sapporo Medical University |
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Principal Investigator |
井戸川 雅史 札幌医科大学, 医学部, 講師 (00404749)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | lncRNA / p53 / ChIP-seq / 癌 / 転写因子 / non-coding RNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
癌の約半数で変異が認められる癌抑制遺伝子であるp53の標的長鎖非コードRNA（long non-coding RNA, lncRNA）を探索するために， FLAGタグのついた正常型p53および癌において高頻度に認められる８種類の変異型p53を発現するアデノウイルスベクターを用いて，p53欠失の癌細胞H1299に対して過剰発現させ，抗FLAG抗体によるクロマチン免疫沈降後，沈降産物の次世代シーケンサー解析（ChIP-seq）を行った．その結果，正常型p53では多数の結合ピークを認めたが，変異型p53においては，ほとんどピークを認めなかった．変異型p53が変異によって新規機能を獲得し通常とは違う結合パターンを示すことを想定したが，DNA結合領域に変異を持つものが多く，今回の実験系では結合自体がほとんど検出できなかった．そこで，正常型p53発現によるmRNA発現の変化を次世代シーケンサーによるmRNA発現解析（RNA-seq）により定量した．更にp53正常型であるU2OS細胞を，p53を分解するMDM2を阻害する薬剤であるNutlin-3aで処理し，内因性のp53を活性化させた系でもChIP-seq，RNA-seqを行った．その結果，U2OSとH1299細胞でそれぞれ，4205，4726のlncRNAが２倍以上の発現上昇を認めた．更にChIP-seqのデータと比較したところ，U2OSで2倍以上発現上昇を認めたlncRNAのうち1194（28.4%），H1299では371(10.0%)において，lncRNA遺伝子近傍にp53の結合が認められた．このうち，両者に共通のものが96あり，特にp53の直接標的lncRNAである可能性が高いと考えられた．これらの中で，NEAT1というlncRNAに着目して，更に解析を進めているところである．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の計画通り，研究が進んでいるため．
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続き，研究計画に従って研究を進めていく予定である．
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| Causes of Carryover |
学内の共通機器の利用などによって，受託解析費用や消耗品の購入が抑えられたため．
次年度，研究計画通りに進捗しなかった際に使用する予定である．
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