2018 Fiscal Year Research-status Report
siRNA screeningによる新規エピジェネティクス治療標的の探索
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16K09321
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| Research Institution | Nagoya City University |
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Principal Investigator |
岡本 泰幸 名古屋市立大学, 大学院医学研究科, 研究員 (60444973)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
林 香月 名古屋市立大学, 大学院医学研究科, 講師 (00405200)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | エピジェネティクス / スクリーニング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
SiRNA whole genome screeningで同定された17遺伝子の中には、RNA制御に関する遺伝子群とエピジェネティクスに直接あるいは間接的な関与が報告されている遺伝子群にわけられた。RNAの制御に関する遺伝子は主にsplicingに関連した遺伝子であった。同定した遺伝子と共に複合体を形成する遺伝子に関しても同様に細胞株を使用しノックアウト後の遺伝子発現を検討した結果、同定した遺伝子と同様に複合体を形成する遺伝子でもがん抑制遺伝子の発現活性化を認めた。この結果より、複合体としてメチル化によって発現抑制された遺伝子の再活性化に関与していることがわかった。また、エピジェネティクスに関連する遺伝の中でDNAメチル化との関連に関して報告のない遺伝子であったが、共免疫沈降によりDNAメチル化を認識することで知られるたんぱく質と複合体を形成することがわかった。このことは同遺伝子がヒストン修飾を制御する際にDNAメチル化を認識してターゲットを判断している可能性が示唆された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
ターゲット遺伝子をノックダウンした細胞で施行したchip-sequencingのマッピングの結果が予測に反したものであった。検討の結果、DNAサンプルからシークエンスライブラリを作製するさいに、プライマーのライゲーション不良が原因で適切なライブラリが作製されていなかったことが原因と考えられた。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在RNA制御に関する遺伝子に関して独立した研究としては進める計画がある。
Chip-seqとRNA-seqの統合解析を進めDNAメチル化を制御するエピジェネティクスマップを作製したい。
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| Causes of Carryover |
ターゲット遺伝子をノックダウンした細胞で施行したchip-sequencingのマッピングの結果が予測に反したものであった。理由を検討するためにマッピング処理の問題であるのか、プログラミングの問題であるのかなどを検討するのに多くの時間を費やした。同期間に関してはコンピュータを用いた検討が主体であり試薬の使用が少なかった。
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