2019 Fiscal Year Annual Research Report
Analyses of the dynamics of drug-resistant hepatitis C virus clones focusing on the defective HCV clones
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16K09358
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
大鶴 繁 京都大学, 医学研究科, 准教授 (60437225)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
上田 佳秀 京都大学, 医学研究科, 講師 (90378662)
小池 薫 京都大学, 医学研究科, 教授 (10267164)
竹田 治彦 千葉大学, 予防医学センター, 日本学術振興会特別研究員(PD) (40647525)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | C型肝炎ウイルス / 欠損型クローン / 薬剤耐性変異 / 肝臓学 / ディープシークエンス / 第3世代シークエンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
インターフェロンフリー療法に伴い出現する薬剤耐性C型慢性肝炎ウイルス(HCV)の動態を、欠損型HCVに着目することで明らかにすることを目的とした。京都大学病院及びその関連病院でのインターフェロンフリー療法の治療前および再発時の血清検体を集積し、ディープシークエンシングにより主要な薬剤耐性変異の動態について解析した。
8例の欠損型HCV症例を同定し、治療前に存在した欠損型HCVが再燃時に検出されなくなるなど、ダイナミックなクローン多様性の変化が観察された。また、長鎖塩基配列を連続して解読可能な第3世代シークエンサーを用いて、多様な欠損型HCVを一分子レベルで同定し、治療前後で欠損型HCVの多様性が大きく変化していることが明らかになった。同一患者血清には単一の欠損型HCVではなく、様々な部位に様々な長さの欠損型HCVクローンが共存していることが判明した。すなわち、これまで塩基置換という観点からHCVゲノムの多様性が論じられてきたが、本解析結果からHCVゲノムには欠損部位の多様性というゲノム構造異常の多様性があることが分かり、感染ウイルス全体のゲノムの多様性を極めて複雑にしていることが分かった。さらに、治療前と再燃時では欠損型HCVの多様性が大きく変化していることが明らかになった。各薬剤耐性変異の有無と領域欠損有無に基づくと、同一血清内に数千のハプロタイプのHCVが共存していることが明らかとなった。
本研究では塩基置換だけではなく欠損型クローンという構造異常に着目して最新のシークエンシング技術を用いて解析した点に新規性があり、従来考えられてきた以上に複雑な多様性を持ってウイルスがヒトに感染しているという新たな病態を明らかにすることができた。今回確立したプラットフォームを用いることで今後多数例による統計学的解析が期待でき、C型肝炎ウイルス撲滅にむけた病態解明に貢献したと考えられる。
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[Journal Article] A. Single-molecular real-time deep sequencing reveals the dynamics of multi-drug resistant haplotypes and structural variations in hepatitis C virus genome.2020
Author(s)
Yamashita T, Takeda H, Takai A, Arasawa S, Nakamura F, Mashimo Y, Hozan M, Hata A, Ohtsuru S, Seno H, Ueda Y and Sekine A
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 10
Pages: 2651-2651
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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