2016 Fiscal Year Research-status Report
Genetic exploration in the cause of developing rare lung diseases using whole exome sequence analyses
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16K09557
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| Research Institution | Tokyo Medical University |
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Principal Investigator |
瀬戸口 靖弘 東京医科大学, 医学部, 教授 (90206649)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 特発性間質性肺炎 / 特発性肺線維症 / PPFE / exsome / テロメア関連遺伝子 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
特発性間質性肺炎の中で臨床的特徴が際立つPleuroparenchymal fibroelastosis（PPFE)について次世代シークエンサーを用いてエクソームシークエンスを4症例実施。家族性間質性肺炎症例についても2症例のエクソームシークエンスを実施した。それぞれまずエクソン部分のみにデータを絞り込み、db SNP135データベース、1000genome2015年版データベース、pop freqでrare variantに絞り込みを行った。PPFEは、当初、臨床症状が特異なため、症例数が少なくても共通遺伝子variantへ絞り込めると予想してしたが、絞り込んでも3桁のvariantまでであった。症例のみでの絞り込みには、症例数を増やすことが必要であった。症例に追加については次年度に行うこととして、本年度は、家族内の兄弟、親で協力を得られた非発症者の全ゲノムエクソーム解析も行い、データの対比を実施した。家族間まで解析が終了したPPFE1症例について発症者のみに存在する1variantを特定した。この遺伝子は、テロメア関連の遺伝子で本邦では、まだ未報告のもので、欧米に於いてはDyskeratosis congenitaに伴う肺線維症で2015年Nature geneticsに報告されている遺伝子と同一のものであった。しかし、本症例では、皮膚所見は有さず肺所見のみで、今後機序等についての解析を実施する予定である。他のPPFE症例、家族性間質性肺炎についても次年度に順次解析を終了させていきたい。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
特発性間質性肺炎の中のPleuroparenchymal fibroelastosis(PPFE)4症例の全ゲノムエクソーム解析を実施し、variantの絞り混みを行った。共通のvariantが3桁と多く、協力を得られた症例の非発症者家族の全ゲノムエクソーム解析も実施し、1症例についてはテロメア関連遺伝子のrare varinatを特定した。残り3症例についても同様の検討を推進する。
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| Strategy for Future Research Activity |
エクソームシークエンス終了しているPPFE３症例と同一家族の非発症者のエクソームの対比を交え発症関連と考えられるvariantの絞り混みをおこなう。また、PPFEの対象症例を4症例追加する。また、家族性間質性肺炎のエクソーム解析にも着手する。
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| Causes of Carryover |
エクソーム解析で1症例について遺伝子特定まで進んだため、残り3症例と家族性間質性肺炎2症例については、エクソームシークエンスまででデータベースとの対比まで実施できず、34万円解析費用が残り、次年度解析を行うため繰り越しとした。研究は順調に進行している。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
2016年度の終了しなかったデータ解析と追加症例のエクソームシークエンスとその結果得られたvariantの解析に使用するため余剰金としては残らないと考える。
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Research Products
(4 results)
