2016 Fiscal Year Research-status Report

成人期発症脳白質疾患の遺伝学的病態解明研究

Research Project

Project/Area Number	16K09698
Research Institution	Kyoto Prefectural University of Medicine
Principal Investigator	吉田誠克京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (90457987)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	水野敏樹京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30264782) 水田依久子京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (80397760)
Project Period (FY)	2016-04-01 – 2019-03-31
Keywords	脳白質疾患 / 小血管病 / エキソーム解析 / 遺伝性疾患
Outline of Annual Research Achievements	GFAP遺伝子およびNOTCH3遺伝子検査の目的で当施設に依頼された約400検体のうち、1)両検査とも陰性の症例で、家族内発症例あるいは孤発例で家系内の複数の検体が得られている、あるいは2)画像検査にて共通する所見が認められる複数の孤発症例、の条件を満たす成人発症脳白質疾患を一次スクリーニングとして選出した。 1）該当する100検体に対して臨床所見と画像所見を検討し、小血管および白質病変を側頭葉前部に認める症例25検体を抽出した。さらに家系内の非発症者で協力の得られた3名を加えた計28例に対してエキソーム解析を行うことにした。 2）progressive ataxia with palatal tremor (PAPT)の4症例に対して解析対象者に対してエキソーム解析を行った。得られたデータをBWAおよびBowtie2を用いてマッピング、続いてGATKを用いてバリアントを同定、SnpEffにてアノテーション付加を行った。疾患関連バリアント検索としてまず両側下オリーブ核肥大(HOD)をきたす疾患において報告されている遺伝子(POLG、 TTC19、AIFM1、SURF1)および既知の通常変異による脊髄小脳変性症、t-RNA synthetase遺伝子、グリア関連遺伝子を検索したが有意な変異を認めなかった。さらに共通のホモ接合体変異を仮定して絞り込みを行ったが候補バリアントは得られなかった。引き続き、複合ヘテロ接合体および常染色体優性遺伝を仮定して検索を継続している。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 3: Progress in research has been slightly delayed. Reason 1）GFAPおよびNOTCH3両遺伝子検査が陰性で、家族内発症例あるいは孤発例で家系内の複数の検体が得られた患者のエキソーム解析を平成28年度中に計画していたが、対象症例および家系内の非発症者の選定および同意取得に時間を要した。 2）PAPTについてはエキソーム解析を終了し、データ解析まで順調に進展したが候補遺伝子の同定に至っていない。以上の点より進捗状況としてはやや遅れていると判断する。
Strategy for Future Research Activity	1）エキソーム解析を進める。家系内の非発症者から協力を得られている家系の解析により候補遺伝子を絞り、さらに他の家系と共通の遺伝子の同定を試みる。 2）複合ヘテロ接合体および常染色体優性遺伝を仮定して候補遺伝子の同定を試みる。さらに新たに同意を得た1症例を追加することにより解析の促進を図る。
Causes of Carryover	エキソーム解析の遅延に伴い、候補遺伝子の確認に用いるPCR研究試薬や病態解明のための抗体・培養試薬の購入が見積もり時と比べて少なかったため。
Expenditure Plan for Carryover Budget	候補遺伝子確認のためのPCRに用いる研究試薬、病態解明のための抗体・培養試薬に用いる計画である。また、対象症例の増加が見込まれる場合には次世代シーケンサー試薬の購入に使用する計画である。