2017 Fiscal Year Research-status Report
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16K09698
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| Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
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Principal Investigator |
吉田 誠克 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (90457987)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
水野 敏樹 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30264782)
水田 依久子 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (80397760)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 脳白質疾患 / 小血管病 / エキソーム解析 / 遺伝性疾患 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
GFAP遺伝子およびNOTCH3遺伝子検査の目的で当施設に依頼された約400検体のうち、1)両遺伝子検査とも陰性の症例で、家族内発症あるいは孤発性で家系内の複数の検体が得られている、2)画像検査にて共通する所見が認められる複数の孤発症例、の条件を満たす以下の成人発症脳白質疾患をそれぞれ抽出した。
1) 頭部MRIにて小血管および白質病変を前側頭極に認める常染色体優性遺伝形式が想定される1家系(発症者3名、未発症者2名)と画像上同様の病変を認める60歳未満発症で常染色体優性遺伝形式が想定される家族歴を有する発端者家系とは別家系の24検体を抽出してエキソーム解析を行った。得られたデータをBWAおよびBoetie2を用いてマッピング、続いてGATKを用いてバリアントを同定、SnpEffにてアノテーション付加を行った。発端者家系においてアミノ酸置換を伴うバリアントで公共データベースに登録のない、機能予測ソフトで病原性が示唆される候補遺伝子の同定を行ったうえで非血縁者群から同一のバリアントの同定を試みる。
2)progressive ataxia with palatal tremor (PAPT)に対してこれまでの4例に新たに同意を取得した2例を追加してエキソーム解析を行った。得られたデータの解析手順は1)と同様である。疾患関連バリアント検索として両側下オリーブ核肥大(HOD)をきたす疾患において報告されている遺伝子(POLG, TTC19, AIFM1,SURF1)および既知の通常変異による脊髄小脳変性症、t-RNA synthetase遺伝子を昨年同様に除外した。本症候群はまれな症候群であるが孤発性疾患がほとんどであるため疾患に対する効果が中等度以上のrare variantsを仮定して疾患関連遺伝子の検索を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
1)発端者家系から罹患者3世代3名と非罹患者2名の検体を収集し、また同一病態と想定される発端者家系とは非血縁関係にある検体に対するエキソーム解析を実施した。今後候補バリアントの同定を進めていく予定である。
2)PAPTの症例を2例追加してエキソーム解析を再度行った。既知の疾患関連遺伝子を除外したうえで候補遺伝子の同定を再施行している。
以上の点より疾患関連遺伝子を同定して機能解析までを予定していた当初の計画と比較すると進捗状況はやや遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
1) 発端者家系においてアミノ酸置換を伴うバリアントに対して公共データベースや機能予測ソフト、in-house dataを駆使して候補遺伝子の同定を行ったうえで非血縁者群から同一のバリアントの同定を試みる。候補遺伝子を同定できれば機能解析を実施する。
2) 疾患に対する効果が中等度以上のrare variantsを仮定して疾患関連遺伝子の検索を行う。候補遺伝子が同定できれば機能解析を実施する。
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| Causes of Carryover |
(理由)機能解析のための抗体・培養試薬の購入が見積もり時と比べて少なかったため。
(使用計画)候補遺伝子確認のためのPCRに用いる研究試薬、機能解析のための抗体・培養試薬に用いる計画である。
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