Molecular cytogenetic studies of MYC and PVT1 rearrangements in refractory and relapsed lymphoma

2018 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16K09856
• Research Institution: Kyoto Prefectural University of Medicine
• Principal Investigator: 谷脇 雅史 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 特任教授 (80163640)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 名越 久朗 京都府立医科大学, 医学部附属病院, 研究員 (80713924) [Withdrawn] ; 知念 良顕 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (10757602)
• Project Period (FY): 2016-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: 難治性リンパ腫 / 8q24染色体異常 / キメラmRNA / PVT1 / long noncoding RNA / 遺伝子増幅

Outline of Annual Research Achievements

悪性リンパ腫における難治性のメカニズムを解明するために，びまん性大細胞型Ｂリンパ腫（DLBCL）症例から樹立された細胞株を対象として分子細胞遺伝学的に解析した．【方法】染色体分染法，spectral karyotyping (SKY)，fluorescence in situ hybridization (FISH)，オリゴヌクレオチドアレイ，RT-PCR，RQ-PCR，塩基配列決定法によった．PVT1遺伝子に特異的なFISHプローブはBACクローンからPVT1-AとPVT1-Sを作製した．PVT1-AはCTD-3066D11とRP11628C14 でPVT1遺伝子をはさみ，PVT1-SはCTD-2267H2とRP11-164J24でPVT1遺伝子のみをカバーする．【結果】DLBCL症例から愛知医科大学で樹立された細胞株AMU-ML2のSKY解析により，第8染色体由来の派生染色体をder(8)(8pter→8q24::hsr::6p21→6pter)と同定し，均一染色部位（homogeneously staining region, hsr）を検出した．LSI IGH/MYC（VYSIS）をプローブとするdouble-color FISH (DC-FISH)解析では，der(8)のhsrにMYC遺伝子の高度増幅を認めた．オリゴヌクレオチドアレイ解析の結果，染色体8q24における増幅単位のサイズは1.4Mbであり，MYC遺伝子とPVT1遺伝子の両者が含まれていた．PVT1-Aプローブを用いたDC-FISHでもPVT1遺伝子の高度増幅を認めた．また，del(17)(p?)も認め，TP53遺伝子のフレームシフト変異を伴っていた．
【考察】長鎖非コードRNA (long noncloding RNA, lncRNA) PVT1は，すでに報告したキメラ遺伝子形成だけでなく高度増幅によっても，難治性リンパ腫の分子病態に関与する可能性がある．

Research Products

• [Journal Article] A novel method of amplified fluorescent in situ hybridization for detection of chromosomal microdeletions in B cell lymphoma. (2019)
  • Author(s): Mizuno Y, Chinen Y, Tsukamoto T, Takimoto-Shimomura T, Matsumura-Kimoto Y, Fujibayashi Y, Kuwahara-Ota S, Fujino T, Nishiyama D, Shimura Y, Kobayashi T, Horiike S, Taniwaki M, Kuroda J.
  • Journal Title: Int J Hematol. Volume: 109 Pages: 593-602
  • DOI: 10.1007/s12185-019-02617-x
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Establishment and characterization of a novel vincristine-resistant diffuse large B-cell lymphoma cell line containing the 8q24 homogeneously staining region. (2018)
  • Author(s): Mizuno S, Hanamura I, Ota A, Karnan S, Kanasugi J, Nakamura A, Takasugi S, Uchino K, Horio T, Goto M, Murakami S, Gotou M, Yamamoto H, Watarai M, Shikami M, Hosokawa Y, Miwa H, Taniwaki M, Ueda R, Nitta M, Takami A.
  • Journal Title: FEBS Open Bio. Volume: 8 Pages: 1977-1991
  • DOI: 10.1002/2211-5463.12538
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Outcomes after R-CHOP in patients with newly diagnosed advanced follicular lymphoma: a 10-year follow-up analysis of the JCOG0203 trial. (2018)
  • Author(s): Watanabe T, Tobinai K, Wakabayashi M, Morishima Y, Kobayashi H, Kinoshita T, Suzuki T, Yamaguchi M, Ando K, Ogura M, Taniwaki M, Uike N, Yoshino T, Nawano S, Terauchi T, Hotta T, Nagai H, Tsukasaki K; JCOG0203 Collaborators.
  • Journal Title: Lancet Haematol. Volume: 5 Pages: e520-e531
  • DOI: 10.1016/S2352-3026(18)30155-8
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Dual targeting of bromodomain-containing 4 by AZD5153 and BCL2 by AZD4320 against B-cell lymphomas concomitantly overexpressing c-MYC and BCL2 (2018)
  • Author(s): Takimoto-Shimomura Tomoko、Tsukamoto Taku、Maegawa Saori、Fujibayashi Yuto、Matsumura-Kimoto Yayoi、Mizuno Yoshimi、Chinen Yoshiaki、Shimura Yuji、Mizutani Shinsuke、Horiike Shigeo、Taniwaki Masafumi、Kobayashi Tsutomu、Kuroda Junya
  • Journal Title: Investigational New Drugs Volume: 37 Pages: 210-222
  • DOI: 10.1007/s10637-018-0623-8
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Efficacy and safety of obinutuzumab in patients with previously untreated follicular lymphoma: a subgroup analysis of patients enrolled in Japan in the randomized phase III GALLIUM trial. (2018)
  • Author(s): Ohmachi K, Tobinai K, Kinoshita T, Ishikawa T, Hatake K, Ichikawa S, Ohmine K, Kamitsuji Y, Choi I, Chou T, Tsukasaki K, Kumagai K, Taniwaki M, Uchida T, Kikukawa Y, Kubo K, Mihara K, Tsukamoto N, Izutsu K, Yoshida I, Ishida F, Usui N, Iida S, Murayama T, Ueda E, Kuriki H, Ando K
  • Journal Title: Int J Hematol. Volume: 108 Pages: 499-509
  • DOI: 10.1007/s12185-018-2497-0
• [Journal Article] R-High-CHOP/CHASER/LEED with autologous stem cell transplantation in newly diagnosed mantle cell lymphoma: JCOG0406 STUDY (2018)
  • Author(s): Ogura M, Yamamoto K, Morishima Y, Wakabayashi M, Tobinai K, Ando K, Uike N, Kurosawa M, Gomyo H, Taniwaki M, Nosaka K, Tsukamoto N, Shimoyama T, Fukuhara N, Yakushijin Y, Ohnishi K, Miyazaki K, et al.; Japan Clinical Oncology Group- Lymphoma Study Group (JCOG-LSG)
  • Journal Title: Cancer Sci. Volume: 109 Pages: 2830-2840
  • DOI: 10.1111/cas.13719
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Establishment and Characteristics of a Novel Mantle Cell Lymphoma-derived Cell Line and a Bendamustine-resistant Subline (2018)
  • Author(s): Takimoto-Shimomura T, Nagoshi H, Maegawa S, Fujibayashi Y, Tsukamoto T, Matsumura-Kimoto Y, Mizuno Y, Chinen Y, Mizutani S, Shimura Y, Horiike S, Taniwaki M, Kobayashi T, Kuroda J
  • Journal Title: Cancer Genomics Proteomics Volume: 15 Pages: 213-223
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] B細胞リンパ腫細胞株から検出した新規キメラ遺伝子PVT1-ELK2AP (2018)
  • Author(s): 松本 洋典, 滝 智彦, 知念 良顕, 佐々木 奈々, 吉田 美穂子, 堤 康彦, 名越 久朗, 志村 和穂, 兼子 裕人, 堀池 重夫, 黒田 純也, 谷脇 雅史
  • Organizer: 第80回日本血液学会学術集会
• [Presentation] 増幅FISH法によるB細胞リンパ腫のCDKN2A微小欠損の検出 (2018)
  • Author(s): 水野 芳美, 知念 良顕, 塚本 拓, 下村 とも子, 志村 勇司, 古林 勉, 堀池 重夫, 谷脇 雅史, 黒田 純也
  • Organizer: 第80回日本血液学会学術集会
• [Presentation] マントル細胞リンパ腫におけるBRD4標的遺伝子の解析 (2018)
  • Author(s): 塚本 拓, 中畑 新吾, 佐藤 隆一, 金井 昭教, 中野 正和, 稲葉 俊哉, 谷脇 雅史, 田代 啓, 森下 和広, 黒田 純也
  • Organizer: 第80回日本血液学会学術集会
• [Presentation] Genome-Wide Analysis of BRD4-Targets Reveals the Therapeutic Relevance of Simultaneous Targeting of BCR Pathway and Ikzf-Myc Axis in Mantle Cell Lymphoma (2018)
  • Author(s): Junya Kuroda, Taku Tsukamoto, Shingo Nakahata, Kazuhiro Morishita, Ryuichi Sato Akinori Kanai, Toshiya Inaba, Masakazu Nakano, Kei Tashiro and Masafumi Taniwaki
  • Organizer: 60th Annual Meeting and Exposition