2016 Fiscal Year Research-status Report
網羅的発現解析を応用した膠原病の疾患関連パスウェイおよびｌｎｃＲＮＡの探索
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16K09886
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
川崎 綾 筑波大学, 医学医療系, 助教 (30532816)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | SLE / ANCA関連血管炎 / 発現解析 / 疾患感受性遺伝子 / lncRNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
マイクロアレイを用いた末梢血の網羅的トランスクリプトーム解析および疾患関連研究により、全身性エリテマトーデス（SLE）、ANCA関連血管炎（AAV）と関連する遺伝子の探索を行っている。
１．パスウェイ解析
SLEでは、末梢血のトランスクリプトーム解析において、インターフェロン誘導遺伝子群の発現増加(IFN signature)が複数の研究により報告されている。本研究では、IFN signature遺伝子発現とSLEおよびAAVの関連について解析した。SLEおよび顕微鏡的多発血管炎(MPA)において、IFN signature遺伝子群の発現増加が観察された。さらにSLE、MPA間でIFN signature遺伝子発現パターンに相違があることが示唆された。
２．関連研究
免疫応答に関わるETS1遺伝子は、アジア人集団を対象としたゲノムワイド関連研究によりSLEとの関連が報告されている。末梢血におけるETS1遺伝子の発現とAAVとの関連を調べたところ、AAVにおいてETS1発現量の減少が認められた。そこでSLEの疾患感受性多型であるrs1128334 とAAVとの関連について検討した。多発血管炎性肉芽腫症（GPA）およびPR3-ANCA陽性血管炎において、SLEのリスクアリルであるrs1128334 Aの有意な増加が観察された。またMPO-ANCA陽性血管炎でもAアリルの増加傾向が認められた。rs1128334はETS1遺伝子の３’非翻訳領域に位置し、AアリルがETS1遺伝子の発現低下と関連することが報告されている。本研究の結果により、ETS1の発現低下がAAVと関連する可能性が示唆された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
疾患特異的パスウェイの検出が難しく、個々のパスウェイ関連遺伝子の解析まで至らなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
発現関連遺伝子・long non-coding RNA (lncRNA)の検出、さらにそれらを対象とした疾患関連研究によるSLE、AAV疾患感受性遺伝子の同定を試みる。
前年度に引き続き、マイクロアレイ発現データを用いて疾患関連パスウェイの検出を試みる。さらに疾患群で増加あるいは減少しているlncRNAや機能的重要性が示唆される遺伝子に着目して解析を進めていく。RT-PCRにより関連の確認も行う。
発現解析により疾患との関連が示唆された遺伝子が、SLE、AAVの疾患感受性と関連するか否かを疾患関連研究により調べる。関連解析では、SLE約900例、AAV約500例、健常対照群約850例を対象とする。
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| Causes of Carryover |
パスウェイ解析を受託解析で行う予定であったが、フリーのソフトを用いて解析を行ったため残額が生じた。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
発現解析、SNPタイピングに予算を使用する。必要に応じて次世代シークエンシング解析を行う。
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[Presentation] Association of ETS1 Polymorphism in 3’ Untranslated Region with Granulomatosis with Polyangiitis and PR3-ANCA-Positive Vasculitis in a Japanese Population2017
Author(s)
Aya Kawasaki, Keita Yamashita, Fumio Hirano, Ken-ei Sada, Shigeto Kobayashi, Hidehiro Yamada, Hiroshi Furukawa, Kunihiro Yamagata, Takayuki Sumida, Nobuyuki Miyasaka, Shigeto Tohma, Shoichi Ozaki, Seiichi Matsuo, Hiroshi Hashimoto, Hirofumi Makino, Yoshihiro Arimura, Masayoshi Harigai, Naoyuki Tsuchiya
Organizer
The 18th International Vasculitis & ANCA Workshop 2017
Place of Presentation
東京大学伊藤国際学術研究センター（東京都文京区）
Year and Date
2017-03-27
Int'l Joint Research
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[Presentation] Interferon Signature Genes Are Differentially Expressed Between Microscopic Polyangiitis and Systemic Lupus Erythematosus Peripheral Blood Transcriptomes2016
Author(s)
Aya Kawasaki, Daisuke Tsukui, Yuya Kondo, Yoshitaka Kimura, Kurumi Asako, Hiroshi Furukawa, Hajime Kono, Takayuki Sumida, Naoyuki Tsuchiya
Organizer
2016 ACR/ARHP Annual Meeting
Place of Presentation
Walter E. Washington Convention Center(Washington, DC, USA)
Year and Date
2016-11-14
Int'l Joint Research
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