2018 Fiscal Year Research-status Report
低頻度モザイク変異検出技術を用いた生殖細胞モザイク変異の推定診断法開発
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16K09975
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| Research Institution | Showa University |
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Principal Investigator |
加藤 光広 昭和大学, 医学部, 教授 (10292434)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中村 和幸 山形大学, 医学部, 助教 (20436215)
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| Project Period (FY) |
2016-04-01 – 2020-03-31
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| Keywords | モザイク変異 / de novo変異 / デジタルPCR / 次世代シーケンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
両親の保因者検査が陰性のde novo変異では、次子への再発率は低いが、両親のどちらかの生殖細胞モザイク変異によって、罹患児の両親における同胞の再発率は一般集団より高くなる。生殖細胞モザイク変異の頻度は疾患毎に異なるが、生殖細胞モザイク変異の正確な頻度の測定は難しく、多くの疾患では生殖細胞モザイク変異の頻度は不明である。近年解析技術の進歩によりモザイク変異の検出機会が増えており、モザイク変異の頻度は従来考えられていたよりも多いと考えられる。低頻度体細胞モザイク変異の診断法を開発し、より正確な遺伝相談に寄与する。これまでに脳形成障害とてんかん症候群を中心に小児神経疾患の原因遺伝子解析を行い、患児と両親のトリオ検体で年間200家系以上を新たに収集した。その結果、初年度は47例、昨年度53例、今年度は85例のde novo変異を同定した。モザイク変異の検出法として、次世代シーケンサーを用いたディープシーケンスのためのカスタムターゲットパネルを作成し、脳形成異常、早期発症てんかん性脳症など 19例でde novo変異を同定したが、患児および両親の検体にモザイク変異を疑わせる変異アレルと野生型アレルの比率の偏りはなかった。当初はde novoと考えられたDCX変異で変異アレルを疑わせるピークが認められた母親の検体を用いて、Taqmanプローブを用いてデジタルＰＣＲ法による検証を行ったが、変異アレルは検出できなかった。本変異については、さらに手技的な見直しを行い再検証予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
遺伝子解析の症例集積は患児と両親のトリオ検体で年間200家系以上が新たに収集されており、de novo変異の同定は順調に進んでいる。しかし、親の体細胞モザイク変異が疑われる例は少なく、まだ低頻度生殖細胞モザイク変異を同定できていない。デジタルＰＣＲによるモザイク変異の検出を陽性コントロールを用いて確認を行ったが、上手く検出できなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
親の生殖細胞モザイク変異の可能性があるきょうだい発症例を積極的に収集解析する。カスタムターゲットパネルを用いてディープシーケンスを行い、微量な変異アレルの検出を行うと共に、変異検出の最少限界を調べる。デジタルＰＣＲによるモザイク変異検出技術を確立し、Sanger法では変異アレルが検出されない両親検体を解析する。dCAPS法とサイクリングプローブ法による定量PCRを行う。
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| Causes of Carryover |
7月に交通事故に遭い入院加療を余儀なくされ、一時的に実験ができなかった。また、デジタルPCRによる低頻度モザイク変異検出が当初の想定より難しく、追加の実験が必要になっているため、山形大学医学部小児科の中村和幸助教を研究分担者に加えて解析を行う予定である。
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[Journal Article] The ARID1B spectrum in 143 patients: from nonsyndromic intellectual disability to Coffin?Siris syndrome2018
Author(s)
van der Sluijs PJ, Jansen S, Vergano SA, Adachi-Fukuda M, Alanay Y, AlKindy A, Baban A, Bayat A, Beck-Wodl S, Berry K, Bijlsma EK, Bok LA, Brouwer AFJ, van der Burgt I, Campeau PM, et al.
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Journal Title
Genetics in Medicine
Volume: 未定
Pages: 未定
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Presentation] De novo variants affecting autoinhibition of Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, cause neurodevelopmental disorders2018
Author(s)
Hirotomo Saitsu, Tenpei Akita, Kazushi Aoto, Mitsuhiro Kato, Masaaki Shiina, Hiroki Mutoh, Mitsuko Nakashima, Ichiro Kuki, Shin Okazaki, Shinichi Magara, Takashi Shiihara, Kenji Yokochi, Kaori Aiba, Jun Tohyama, Chihiro Ohba, Satoko Miyatake, Noriko Miyake, Kazuhiro Ogata, Atsuo Fukuda, Naomichi Matsumoto
Organizer
American Society of Human Genetics
Int'l Joint Research
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[Presentation] Epileptic spasms in five children carrying WDR45 mutations2018
Author(s)
Taikan Oboshi, Yukitoshi Takahashi, Asako Horino, Yuiti Kimizu, Shinsaku Yoshitomi, Tokito Ymaguchi, Hiroko Ikeda, Hidenobu Otani, Katumi Imai, Hideo Shigematsu, Yushi Inoue, Mitsuhiro Kato
Organizer
19th International Symposium on Severe Infantile Epilepsy Treatment
Int'l Joint Research
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[Presentation] Biallelic variants in CNPY3 cause West syndrome with hippocampal malrotation and characteristic fast waves2018
Author(s)
Mitsuhiro Kato, Hiroki Mutoh, Tenpei Akita, Takuma Shibata, Hiroyuki Wakamoto, Hiroko Ikeda, Hiroki Kitaura, Kazushi Aoto, Mitsuko Nakashima, Tianying Wang, Chihiro Ohba, Satoko Miyatake, Noriko Miyake, Akiyoshi Kakita, Kensuke Miyake, Atsuo Fukuda, Naomichi Matsumoto, Hirotomo Saitsu
Organizer
13th European Congress on Epileptology
Int'l Joint Research
